More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3077 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_3077  response regulator receiver protein  100 
 
 		 124 aa  251  3e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.74045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1706  response regulator receiver protein  53.1 
 
 		 131 aa  130  6e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3308  response regulator receiver protein  52.89 
 
 		 130 aa  128  3e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.678314  normal  0.215079 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3877  response regulator receiver protein  52.54 
 
 		 130 aa  126  8.000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0748  response regulator receiver protein  49.14 
 
 		 123 aa  126  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.390262  normal  0.11236 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4000  response regulator receiver protein  41.88 
 
 		 125 aa  121  3e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.508878 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3763  response regulator receiver protein  45.76 
 
 		 121 aa  120  6e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1817  response regulator receiver domain-containing protein  48.28 
 
 		 121 aa  120  9e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.202035 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0134  response regulator receiver protein  45.61 
 
 		 123 aa  119  9.999999999999999e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.81317  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0604  response regulator receiver protein  45 
 
 		 123 aa  119  9.999999999999999e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.72319  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2804  response regulator receiver protein  44.26 
 
 		 128 aa  118  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5197  response regulator receiver protein  46.49 
 
 		 134 aa  116  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1097  response regulator receiver protein  47.83 
 
 		 131 aa  110  6e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00801176  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3565  response regulator receiver protein  46.9 
 
 		 126 aa  110  7.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0960945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3554  response regulator receiver protein  44.72 
 
 		 125 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0426067 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4732  response regulator receiver protein  46.02 
 
 		 133 aa  105  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.788518  decreased coverage  0.0029072 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4585  response regulator receiver protein  46.02 
 
 		 124 aa  106  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0945273  normal  0.0607582 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4215  response regulator receiver  46.02 
 
 		 124 aa  106  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0783308  normal  0.412692 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3248  response regulator receiver protein  39.66 
 
 		 121 aa  100  5e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.500247 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4302  response regulator receiver protein  39.83 
 
 		 124 aa  99.4  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 454 aa  98.6  3e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  41.03 
 
 		 460 aa  96.3  1e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0845  response regulator receiver protein  42.28 
 
 		 125 aa  96.7  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.455865  normal  0.167506 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3612  response regulator receiver protein  35.59 
 
 		 128 aa  95.1  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0593  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  43.81 
 
 		 397 aa  94.7  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.177467  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.47 
 
 		 228 aa  94.4  4e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1212  response regulator receiver protein  36.67 
 
 		 123 aa  94  6e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1438  DNA-binding response regulator CzrR  42.74 
 
 		 224 aa  93.6  9e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4283  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.74 
 
 		 224 aa  93.6  9e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0230752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2324  two component LuxR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 245 aa  93.2  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.42123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1560  response regulator receiver protein  39.5 
 
 		 129 aa  93.2  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3794  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.71 
 
 		 376 aa  92  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0277983  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0423  response regulator receiver protein  39.29 
 
 		 123 aa  91.7  3e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.89687 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0170  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.74 
 
 		 232 aa  92  3e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0451  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.9 
 
 		 230 aa  92  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00532  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CusS  40.65 
 
 		 227 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3058  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  40.65 
 
 		 227 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0651  DNA-binding transcriptional activator CusR  40.65 
 
 		 227 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.589216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3075  DNA-binding transcriptional activator CusR  40.65 
 
 		 227 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204173  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00521  hypothetical protein  40.65 
 
 		 227 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3678  response regulator receiver protein  39.83 
 
 		 123 aa  91.3  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.716343  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4369  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.88 
 
 		 224 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0732935 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1527  response regulator receiver protein  39.47 
 
 		 119 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0618  DNA-binding transcriptional activator CusR  40.65 
 
 		 227 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000374882  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0588  DNA-binding transcriptional activator CusR  40.65 
 
 		 227 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.372008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0589  DNA-binding transcriptional activator CusR  40.65 
 
 		 227 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.180273  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0508  response regulator receiver domain-containing protein  39.13 
 
 		 121 aa  90.9  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.481314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0966  response regulator receiver  37.7 
 
 		 126 aa  90.5  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.734958  normal  0.0218415 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0599  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 313 aa  90.9  6e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.464892  normal  0.548622 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0825  response regulator receiver  37.93 
 
 		 204 aa  90.9  6e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.751719  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0906  response regulator receiver protein  37.7 
 
 		 126 aa  90.5  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0687715  normal  0.223091 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3000  response regulator receiver protein  37.93 
 
 		 124 aa  90.9  6e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  42.61 
 
 		 1366 aa  90.5  7e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2814  response regulator receiver protein  37.72 
 
 		 124 aa  90.5  7e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212392  normal  0.180632 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5515  response regulator receiver protein  42.48 
 
 		 134 aa  90.5  7e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0257  response regulator receiver  41.74 
 
 		 241 aa  90.5  8e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.926332  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0567  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.48 
 
 		 225 aa  90.5  8e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.463355  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0578  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.98 
 
 		 244 aa  90.1  8e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1236  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.9 
 
 		 219 aa  90.1  8e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3051  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.72 
 
 		 947 aa  89.7  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1319  response regulator receiver protein  38.66 
 
 		 129 aa  89.4  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2749  two component transcriptional regulator  42.48 
 
 		 241 aa  90.1  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000593879  unclonable  0.00000330773 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4325  two component transcriptional regulator  41.28 
 
 		 229 aa  89.7  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.974523  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0612  polar differentiation response regulator  38.98 
 
 		 123 aa  89.4  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  39.32 
 
 		 454 aa  89  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0930  response regulator receiver protein  36.89 
 
 		 126 aa  89  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.41216  normal  0.177566 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2599  phosphate regulon transcriptional regulator, PhoR  40.35 
 
 		 230 aa  89  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0576  polar differentiation response regulator  38.98 
 
 		 134 aa  89  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4732  response regulator receiver protein  38.89 
 
 		 123 aa  89.4  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.539442  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1368  response regulator receiver protein  41.03 
 
 		 125 aa  89  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.136056  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0214  response regulator receiver protein  38.6 
 
 		 139 aa  88.6  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  hitchhiker  0.00485635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5252  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  39.62 
 
 		 1698 aa  89.4  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1257  two component transcriptional regulator  40.35 
 
 		 230 aa  89  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.621627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0098  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 229 aa  89  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.761303  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2290  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 		 224 aa  88.6  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1558  phosphate regulon response regulator PhoB  43.36 
 
 		 239 aa  88.2  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0298  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  42.34 
 
 		 331 aa  88.6  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.7054  normal  0.177262 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04130  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  40.71 
 
 		 236 aa  88.2  3e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.118973  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2951  two component transcriptional regulator  42.61 
 
 		 236 aa  88.6  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  37.61 
 
 		 457 aa  88.6  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1748a  hypothetical protein  41.03 
 
 		 223 aa  88.6  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0697031  normal  0.305387 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1364  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 229 aa  88.2  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000657343  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3747  response regulator receiver protein  35.34 
 
 		 121 aa  88.6  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1924  two component transcriptional regulator  40.35 
 
 		 230 aa  88.6  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  0.399122 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2709  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 229 aa  88.2  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000407229  decreased coverage  0.000000263688 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2777  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 229 aa  88.2  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000628627  decreased coverage  0.000208697 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2768  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  43.36 
 
 		 229 aa  88.2  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0176064  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 227 aa  88.6  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1403  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 229 aa  88.2  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00109837  normal  0.0219543 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2981  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  43.36 
 
 		 229 aa  88.2  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000220801  hitchhiker  0.00121997 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1296  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 229 aa  88.2  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000460678  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2879  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 229 aa  88.2  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000143261  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1378  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 229 aa  88.2  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000291119  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 232 aa  88.2  4e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2281  two component transcriptional regulator  42.48 
 
 		 229 aa  88.2  4e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.331932  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.35 
 
 		 223 aa  88.2  4e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0925  response regulator receiver protein  37.82 
 
 		 123 aa  87.8  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1538  phosphate regulon transcriptional regulatory protein  40.71 
 
 		 228 aa  87.8  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.280381 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3615  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  39.47 
 
 		 224 aa  87.8  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4952  response regulator receiver protein  36.52 
 
 		 121 aa  87.4  5e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.699568  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>