More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3612 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3612  response regulator receiver protein  100 
 
 
128 aa  262  1e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4302  response regulator receiver protein  78.86 
 
 
124 aa  215  2e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4908  response regulator receiver protein  47.97 
 
 
130 aa  128  3e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00100675  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0497  response regulator receiver protein  50.89 
 
 
124 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.41839  hitchhiker  0.0000227207 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0748  response regulator receiver protein  42.86 
 
 
123 aa  112  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.390262  normal  0.11236 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3763  response regulator receiver protein  44.54 
 
 
121 aa  111  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3877  response regulator receiver protein  42.02 
 
 
130 aa  108  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1706  response regulator receiver protein  39.5 
 
 
131 aa  108  3e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4000  response regulator receiver protein  41.18 
 
 
125 aa  107  4.0000000000000004e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.508878 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1817  response regulator receiver domain-containing protein  43.33 
 
 
121 aa  107  7.000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.202035 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3308  response regulator receiver protein  38.52 
 
 
130 aa  106  9.000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.678314  normal  0.215079 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0134  response regulator receiver protein  42.61 
 
 
123 aa  104  4e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.81317  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2804  response regulator receiver protein  43.7 
 
 
128 aa  103  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0214  response regulator receiver protein  43.48 
 
 
139 aa  103  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  hitchhiker  0.00485635  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5197  response regulator receiver protein  44.64 
 
 
134 aa  102  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0046  response regulator receiver protein  43.09 
 
 
125 aa  101  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3554  response regulator receiver protein  38.52 
 
 
125 aa  101  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0426067 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3565  response regulator receiver protein  37.5 
 
 
126 aa  100  5e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0960945  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1527  response regulator receiver protein  44.35 
 
 
119 aa  100  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0604  response regulator receiver protein  39.83 
 
 
123 aa  98.6  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.72319  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1220  response regulator receiver protein  38.89 
 
 
130 aa  99.4  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4585  response regulator receiver protein  38.66 
 
 
124 aa  98.2  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0945273  normal  0.0607582 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4215  response regulator receiver  38.66 
 
 
124 aa  98.2  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0783308  normal  0.412692 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1097  response regulator receiver protein  41.07 
 
 
131 aa  97.4  5e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00801176  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4732  response regulator receiver protein  39.47 
 
 
133 aa  97.8  5e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.788518  decreased coverage  0.0029072 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6547  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.17 
 
 
865 aa  95.1  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.325935 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3077  response regulator receiver protein  35.59 
 
 
124 aa  95.1  3e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.74045  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0829  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.05 
 
 
1240 aa  94.7  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.35 
 
 
1245 aa  92.8  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0593  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.19 
 
 
397 aa  92.4  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.177467  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6680  response regulator receiver protein  38.84 
 
 
126 aa  92  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7418  response regulator receiver protein  38.84 
 
 
126 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.149776  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4328  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.03 
 
 
612 aa  91.7  3e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1263  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.7 
 
 
687 aa  91.7  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.618033  normal  0.0213865 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3580  response regulator receiver protein  35.83 
 
 
564 aa  90.5  6e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0287  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.52 
 
 
1160 aa  90.1  8e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3589  response regulator receiver protein  42.02 
 
 
126 aa  89.7  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.517802 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5184  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.14 
 
 
939 aa  89.7  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584953  normal  0.0776559 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.98 
 
 
228 aa  89.4  1e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1548  response regulator receiver protein  39.25 
 
 
124 aa  89.4  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  39.67 
 
 
961 aa  89  2e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2174  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
633 aa  89  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.634157  normal  0.649523 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0544  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  41.53 
 
 
981 aa  89  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.811836  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6560  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.21 
 
 
720 aa  89.4  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.441976  normal  0.646619 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0906  response regulator receiver protein  38.21 
 
 
126 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0687715  normal  0.223091 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2336  response regulator receiver protein  38.79 
 
 
133 aa  88.6  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.103968  normal  0.760096 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3678  response regulator receiver protein  35.9 
 
 
123 aa  88.2  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.716343  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0966  response regulator receiver  38.21 
 
 
126 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.734958  normal  0.0218415 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2175  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.61 
 
 
395 aa  88.6  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.924768  normal  0.400775 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3242  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.47 
 
 
441 aa  88.2  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0357  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.09 
 
 
1310 aa  87.8  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464939  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1964  response regulator  40 
 
 
568 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.58831  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2205  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.67 
 
 
887 aa  87.8  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.188088 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.7 
 
 
1499 aa  87.4  5e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2626  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 
392 aa  87.4  6e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5087  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.22 
 
 
1058 aa  87.4  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1865  response regulator receiver protein  37.29 
 
 
123 aa  87.4  7e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.111325  normal  0.212824 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1801  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  42.02 
 
 
699 aa  87  7e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000631548  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0605  adenylate/guanylate cyclase  36.67 
 
 
355 aa  87  8e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.657653  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4135  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  32.48 
 
 
922 aa  87  8e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000000370631  normal  0.0140414 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0930  response regulator receiver protein  37.4 
 
 
126 aa  87  8e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.41216  normal  0.177566 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  43.12 
 
 
795 aa  87  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1038  sensory box histidine kinase/response regulator  36.8 
 
 
513 aa  86.3  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.6 
 
 
1352 aa  86.7  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1018  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.47 
 
 
441 aa  86.7  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00729938  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0347  PAS  40 
 
 
513 aa  86.7  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.000000072068 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0999  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.75 
 
 
872 aa  86.3  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1212  response regulator receiver protein  37.86 
 
 
123 aa  86.3  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2699  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 
1099 aa  86.3  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00117538 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0979  response regulator receiver protein  39.17 
 
 
336 aa  86.3  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3859  response regulator receiver protein  39.42 
 
 
124 aa  85.5  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2890  peptidase M52, hydrogen uptake protein  35.48 
 
 
1053 aa  85.9  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0591  two component LuxR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
301 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477799  hitchhiker  0.00469436 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4238  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.33 
 
 
356 aa  85.9  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2508  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.68 
 
 
784 aa  85.5  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.033945 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1354  two component LuxR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
349 aa  85.9  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5566  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.59 
 
 
1203 aa  85.5  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0247633 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.62 
 
 
1002 aa  85.5  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0298  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  36.89 
 
 
331 aa  85.9  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.7054  normal  0.177262 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0381  sensory box histidine kinase/response regulator  37.61 
 
 
497 aa  85.5  2e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.5 
 
 
454 aa  85.5  2e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0067  histidine kinase  37.61 
 
 
486 aa  85.9  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2665  response regulator receiver protein  37.07 
 
 
133 aa  85.9  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0531061  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0072  histidine kinase  38.79 
 
 
810 aa  85.1  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0650  response regulator receiver protein  41 
 
 
123 aa  84.7  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.438565  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2948  histidine kinase  35.2 
 
 
800 aa  85.1  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.549542  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1328  Signal transduction histidine kinase-like protein  34.43 
 
 
763 aa  85.1  3e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3451  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:stage II sporulation E  39.13 
 
 
568 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.223622  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.97 
 
 
330 aa  84.7  4e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5786  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 
589 aa  84.7  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0113735 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 
317 aa  84.7  4e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2563  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
935 aa  84.3  5e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.851477 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3783  histidine kinase  39.5 
 
 
737 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.18481  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3999  adenylate/guanylate cyclase  35.25 
 
 
351 aa  84.3  5e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.558191 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1710  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.32 
 
 
720 aa  84.3  5e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.425295  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1761  two component LuxR family transcriptional regulator  38.52 
 
 
311 aa  84.3  6e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1349  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.32 
 
 
1578 aa  84  6e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1961  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.45 
 
 
1713 aa  84  7e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.280335  normal  0.123564 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2997  response regulator receiver protein  35.65 
 
 
150 aa  84  7e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0278  response regulator receiver protein  37.27 
 
 
121 aa  84  7e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.143889  normal  0.948049 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>