More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4246 on replicon NC_007901
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007901  Rfer_4246  type II secretion system protein E  100 
 
 		 596 aa  1224    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6561  type II secretion system protein E  29.72 
 
 		 755 aa  168  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5555  type II secretion system protein E  28.89 
 
 		 770 aa  159  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.095618 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4762  type II secretion system protein E  30.79 
 
 		 641 aa  159  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.228994  normal  0.63689 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2833  type II secretion system protein E  30.98 
 
 		 616 aa  155  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.587179  normal  0.68865 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3528  type II secretion system protein E  31.67 
 
 		 586 aa  155  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.305202  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2419  type II secretion system protein E  31.1 
 
 		 559 aa  152  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5448  type II secretion system protein E  29.3 
 
 		 520 aa  152  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.40051  normal  0.0905589 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0131  type II secretory pathway and PulE/Tfp pilus assembly pathway ATPase PilB  29.44 
 
 		 578 aa  151  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1964  general secretion pathway protein E  32.79 
 
 		 583 aa  151  3e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1231  L(+)-tartrate dehydratase subunit beta (L-TTD beta)  31.34 
 
 		 583 aa  151  4e-35  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5243  type II secretion system protein E  28.03 
 
 		 518 aa  150  7e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.62369  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29150  type II secretion system protein E  30.68 
 
 		 568 aa  146  8.000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0342357  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1107  type II secretion system protein E  32.22 
 
 		 787 aa  146  9e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2028  type II secretion system protein E  30.73 
 
 		 541 aa  144  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.115803  normal  0.0405936 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2722  type II secretion system protein E  25.81 
 
 		 502 aa  144  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0462772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3223  type II secretion system protein E  29.11 
 
 		 564 aa  144  7e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.354851 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1576  type II secretion system protein E  30.54 
 
 		 546 aa  143  8e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.22471  normal  0.0615675 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0873  general secretory pathway protein E  27.96 
 
 		 871 aa  143  9e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0410  type II secretion system protein E  30.35 
 
 		 565 aa  142  9.999999999999999e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.430305  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1982  type II secretion system protein E  30.33 
 
 		 573 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.981524  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3984  type II secretion system protein E  31.74 
 
 		 611 aa  142  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.768816 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1743  type II secretion system protein E  31.96 
 
 		 577 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1684  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  33.51 
 
 		 577 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0417932  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0138  type II secretion system protein E  30.77 
 
 		 569 aa  141  3.9999999999999997e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2588  type II secretion system protein E  31.73 
 
 		 599 aa  140  4.999999999999999e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2614  type II secretion system protein E  31.02 
 
 		 580 aa  140  6e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.574914 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1138  type II secretory pathway, ATPase  29.92 
 
 		 582 aa  140  6e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5912  type II secretion system protein E  29.81 
 
 		 544 aa  140  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.444946  decreased coverage  0.00648046 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29490  putative type II secretion protein  31.05 
 
 		 575 aa  140  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02972  putative general secretion pathway GSPE-related protein  32.11 
 
 		 561 aa  139  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.976775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3473  response regulator receiver domain-containing protein  31.5 
 
 		 823 aa  139  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1052  general secretion pathway protein E (Type II traffic warden ATPase)(cholera toxin secretion protein EpsE)  30.77 
 
 		 585 aa  139  1e-31  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0326  type II secretion system protein E  31.98 
 
 		 612 aa  139  1e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.038954  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1644  general secretory pathway protein E  30.38 
 
 		 519 aa  139  2e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.161212  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1464  general secretory pathway protein E  28.84 
 
 		 519 aa  139  2e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1818  general secretory pathway protein E  29.63 
 
 		 519 aa  139  2e-31  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0017  type IV pilus biosynthesis protein PilQ  27.2 
 
 		 499 aa  139  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0966  type II secretion system protein E  30.11 
 
 		 746 aa  138  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.783688 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0316  type II secretion system protein E  32.73 
 
 		 497 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.218046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1039  type II secretion system protein E  30.94 
 
 		 583 aa  137  4e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0421  putative phytochrome sensor protein  30.92 
 
 		 770 aa  137  4e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0911  type II secretion system protein E  30.93 
 
 		 601 aa  137  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1864  type II secretion system protein E  32.68 
 
 		 573 aa  137  5e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.468476 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0893  type II secretion system protein E  31.23 
 
 		 557 aa  137  5e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0853399  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1300  general secretory pathway protein E  30.79 
 
 		 498 aa  137  5e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0246  type II secretion system protein E  29.6 
 
 		 560 aa  137  5e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00126346  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00254  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshE (pilus type IV)  29.01 
 
 		 570 aa  137  6.0000000000000005e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03832  type II secretory pathway ATPase  33.33 
 
 		 604 aa  137  7.000000000000001e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0729  general secretory pathway protein E  30.37 
 
 		 603 aa  137  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.26973  normal  0.525639 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4590  general secretion pathway protein E  29.91 
 
 		 509 aa  137  8e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1295  type II secretion system protein  30.52 
 
 		 566 aa  136  9.999999999999999e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00227246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1341  type II secretion system protein E  31.22 
 
 		 570 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2118  type II secretion system protein E  30.97 
 
 		 594 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0579  type II secretion system protein E  29.1 
 
 		 576 aa  135  1.9999999999999998e-30  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000642239 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3271  type II secretion system protein E  30.5 
 
 		 574 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3880  type II secretion system protein E  30.7 
 
 		 567 aa  135  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0392  type II secretion system protein E  29.61 
 
 		 586 aa  134  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0173  type II secretion system protein E  29.88 
 
 		 637 aa  134  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0531  type II secretion system protein E  29.81 
 
 		 417 aa  134  3e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1966  type II secretion system protein E  33.16 
 
 		 642 aa  134  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56575  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1527  type II secretion system protein E  29.43 
 
 		 482 aa  134  3.9999999999999996e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.155656  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3618  general secretory pathway protein E  29.61 
 
 		 523 aa  134  5e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.394925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2305  general secretion pathway protein E  28.61 
 
 		 503 aa  134  5e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2090  type II secretion system protein E  31.07 
 
 		 573 aa  134  5e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1279  type II secretion system protein E  31.28 
 
 		 573 aa  134  6.999999999999999e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1010  type II secretion system protein E  30.71 
 
 		 598 aa  133  7.999999999999999e-30  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1299  general secretory pathway protein E  30.97 
 
 		 575 aa  133  9e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0445374 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0772  type II/IV secretion system protein  29.06 
 
 		 538 aa  133  9e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.182118  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3004  type II secretion system protein E  30.73 
 
 		 573 aa  133  9e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000330393 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03177  general secretory pathway component, cryptic  27.27 
 
 		 493 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.227231  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1274  type II protein secretion ATPase LspE  30.1 
 
 		 494 aa  133  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1787  type II secretion system protein E  30.02 
 
 		 544 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.23276  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2030  general secretion pathway protein E  29.67 
 
 		 502 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2420  type II secretion system protein E  30.56 
 
 		 573 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03128  hypothetical protein  27.27 
 
 		 493 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.182977  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1273  type II protein secretion ATPase LspE  29.59 
 
 		 494 aa  132  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0547  ATPase, type IV pilus assembly protein PilB  30.67 
 
 		 565 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0622  type II secretion system protein E  29.54 
 
 		 568 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1322  type II secretion system protein E  30.4 
 
 		 553 aa  131  3e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0787535 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0090  type II secretion system protein E  30.37 
 
 		 567 aa  131  3e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000779667  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1042  general secretory pathway protein E  28.65 
 
 		 570 aa  131  3e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.90473  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23990  general secretion pathway protein E  28.51 
 
 		 502 aa  132  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4573  MSHA biogenesis protein MshE  30.07 
 
 		 570 aa  131  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2288  type II secretion system protein E  29.55 
 
 		 598 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0404074  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3357  type II secretion system protein E  30.81 
 
 		 595 aa  131  4.0000000000000003e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.987223 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3483  type II secretion system protein E  29.55 
 
 		 598 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.136684  normal  0.490058 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3314  type II secretion system protein E  28.93 
 
 		 491 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0167  general secretion pathway protein E  28.87 
 
 		 521 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1090  response regulator receiver protein  32.61 
 
 		 846 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.874134  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3239  type II secretion system protein E  30.21 
 
 		 600 aa  130  5.0000000000000004e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0590846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2103  type II secretion system protein E  32.08 
 
 		 571 aa  131  5.0000000000000004e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0752  pilus assembly pathway ATPase PilB  31.19 
 
 		 577 aa  130  6e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.440841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0226  general secretory pathway protein E  29.05 
 
 		 518 aa  130  6e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1783  type IV pilus biogenesis protein PilB, putative  32.12 
 
 		 574 aa  130  7.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4500  putative general secretion pathway protein E  30.38 
 
 		 522 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5877  type II secretion system protein E  29.19 
 
 		 506 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5660  type II secretion system protein E  29.43 
 
 		 594 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472724  normal  0.0115974 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0388  MshA biogenesis protein MshE  29.02 
 
 		 594 aa  130  8.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000356112  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3137  general secretory pathway protein E  29.4 
 
 		 497 aa  130  8.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>