More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5877 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007650  BTH_II0772  type II/IV secretion system protein  65.81 
 
 		 538 aa  639    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.182118  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5912  type II secretion system protein E  75.31 
 
 		 544 aa  738    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.444946  decreased coverage  0.00648046 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5660  type II secretion system protein E  99.21 
 
 		 594 aa  1030    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472724  normal  0.0115974 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5877  type II secretion system protein E  100 
 
 		 506 aa  1034    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0653  type II/IV secretion system protein  64.96 
 
 		 536 aa  625  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2254  type IV pilus protein PilQ  64.96 
 
 		 536 aa  624  1e-178  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1607  type II/IV secretion system protein  64.76 
 
 		 536 aa  622  1e-177  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0464448  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0661  type II/IV secretion system protein  64.76 
 
 		 536 aa  622  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.368751  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2170  type IV pilus protein PilQ  64.96 
 
 		 536 aa  624  1e-177  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.284038  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1982  type II/IV secretion system protein  64.76 
 
 		 536 aa  622  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.288567  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5448  type II secretion system protein E  47.36 
 
 		 520 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.40051  normal  0.0905589 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5243  type II secretion system protein E  46.53 
 
 		 518 aa  402  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.62369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4474  hypothetical protein  39.63 
 
 		 513 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59290  type IV B pilus protein  39.84 
 
 		 526 aa  336  5.999999999999999e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00365421  hitchhiker  0.000000107919 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1514  type II secretion system protein E  38.96 
 
 		 543 aa  298  1e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0017  type IV pilus biosynthesis protein PilQ  34.28 
 
 		 499 aa  277  3e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0114  ATP-binding protein  32.46 
 
 		 517 aa  250  4e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3731  type IV secretion system protein  35.86 
 
 		 517 aa  231  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5028  type II secretion system protein E  33.46 
 
 		 609 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5434  type II secretion system protein E  33.46 
 
 		 609 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0063  putative type IV secretion system protein PilQ  32.42 
 
 		 510 aa  191  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2103  type II secretion system protein E  33.41 
 
 		 571 aa  191  2e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2833  type II secretion system protein E  32.64 
 
 		 616 aa  188  2e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.587179  normal  0.68865 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2614  type II secretion system protein E  34.76 
 
 		 580 aa  187  3e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.574914 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0301  type II secretion system protein E  35.12 
 
 		 554 aa  187  3e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0641  type II secretion system protein E  31.48 
 
 		 560 aa  186  6e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1107  type II secretion system protein E  34.25 
 
 		 787 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1527  type II secretion system protein E  31.89 
 
 		 482 aa  184  3e-45  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.155656  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0170  general secretion pathway protein E  34.19 
 
 		 520 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4733  general secretory pathway protein E  35.36 
 
 		 523 aa  182  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0457665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4357  general secretory pathway protein E  34.02 
 
 		 524 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.555593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0719  general secretory pathway protein E  32.05 
 
 		 599 aa  180  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0585  type II secretion system protein E  33.75 
 
 		 392 aa  179  7e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1102  type II secretion system protein E  34.32 
 
 		 477 aa  180  7e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00726953  unclonable  0.00000000000588635 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0154  general secretory pathway protein E  34.1 
 
 		 521 aa  179  8e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4205  general secretory pathway protein E  34.1 
 
 		 521 aa  179  9e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.381078  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0154  general secretory pathway protein E  34.1 
 
 		 521 aa  179  9e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.11492 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0150  general secretory pathway protein E  34.1 
 
 		 521 aa  179  9e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0720  general secretory pathway protein E  32.05 
 
 		 599 aa  179  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1504  type II secretion system protein E  33.33 
 
 		 558 aa  179  1e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0729  general secretory pathway protein E  33.08 
 
 		 603 aa  177  3e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.26973  normal  0.525639 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0145  general secretory pathway protein E  35.36 
 
 		 523 aa  177  4e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1884  type II secretion system protein E  33 
 
 		 570 aa  177  4e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000000626903  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0594  general secretory pathway protein E  30.29 
 
 		 520 aa  176  7e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0152  type II secretion system protein E (GspE)  33.33 
 
 		 521 aa  176  7e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0157  type II secretion system protein E (GspE)  33.33 
 
 		 521 aa  176  8e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2098  putative pilus biogenesis protein  31.41 
 
 		 462 aa  176  9e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00233002  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3566  general secretion pathway protein E  33.59 
 
 		 521 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.294519  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0106  general secretory pathway protein E  33.25 
 
 		 514 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0608  general secretory pathway protein E  30.08 
 
 		 520 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000611826 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1684  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  32.18 
 
 		 577 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0417932  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3666  type II secretion system protein E  32.7 
 
 		 566 aa  174  2.9999999999999996e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0643  type II secretion system protein E  30.4 
 
 		 371 aa  174  3.9999999999999995e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000183544  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1345  ATPases involved in pili biogenesis, PilB-like  31.71 
 
 		 563 aa  174  3.9999999999999995e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.931675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0617  type II secretion system protein E  30.05 
 
 		 467 aa  174  3.9999999999999995e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.201563  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0685  type II secretion system protein E  31.79 
 
 		 599 aa  173  5e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0911  type II secretion system protein E  34.35 
 
 		 601 aa  173  5e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0138  type II secretion system protein E  31.64 
 
 		 569 aa  174  5e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0152  type II secretion system protein E (GspE)  32.82 
 
 		 521 aa  173  5e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.203719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0579  type II secretion system protein E  33.62 
 
 		 576 aa  173  5.999999999999999e-42  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000642239 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4160  general secretory pathway protein E  35.06 
 
 		 578 aa  173  5.999999999999999e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00895585 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03177  general secretory pathway component, cryptic  32.91 
 
 		 493 aa  172  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.227231  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0387  general secretory pathway protein E  32.91 
 
 		 493 aa  172  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0387  general secretory pathway protein E  32.91 
 
 		 493 aa  172  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0402565 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3520  general secretory pathway protein E  32.91 
 
 		 493 aa  172  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189411  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1299  general secretory pathway protein E  34.26 
 
 		 575 aa  172  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0445374 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0122  type II secretion system protein E  31.65 
 
 		 514 aa  172  1e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.766789  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03128  hypothetical protein  32.91 
 
 		 493 aa  172  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.182977  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1812  pilus biogenesis protein, putative  30.48 
 
 		 462 aa  172  1e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.956983  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3314  type II secretion system protein E  33.17 
 
 		 491 aa  172  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3618  general secretory pathway protein E  35.36 
 
 		 523 aa  172  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.394925  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0167  general secretion pathway protein E  33.08 
 
 		 521 aa  171  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0090  type II secretion system protein E  32.51 
 
 		 567 aa  171  2e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000779667  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1280  general secretory pathway protein E  31.65 
 
 		 521 aa  171  3e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3407  type II secretion system protein E  34.44 
 
 		 568 aa  171  3e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1295  type II secretion system protein  30.73 
 
 		 566 aa  171  3e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00227246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1864  type II secretion system protein E  32.7 
 
 		 573 aa  171  3e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.468476 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3426  general secretory pathway protein E  33.5 
 
 		 497 aa  171  3e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3137  general secretory pathway protein E  33.5 
 
 		 497 aa  171  3e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2420  type II secretion system protein E  31.36 
 
 		 573 aa  171  4e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0547  ATPase, type IV pilus assembly protein PilB  30.73 
 
 		 565 aa  170  5e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2305  general secretion pathway protein E  32.71 
 
 		 503 aa  170  5e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2584  general secretory pathway protein E  33.17 
 
 		 486 aa  170  5e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.855979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05970  Tfp pilus assembly protein PilB  31 
 
 		 558 aa  170  6e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2672  type II secretion system protein E  33.25 
 
 		 611 aa  170  6e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.137026  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3393  type II secretion system protein E  34.75 
 
 		 513 aa  170  6e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.118784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2576  type II secretion system protein E  33.25 
 
 		 611 aa  170  6e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0841979  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02837  hypothetical type II secretion protein GspE  33.5 
 
 		 497 aa  170  7e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000237275  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02787  hypothetical protein  33.5 
 
 		 497 aa  170  7e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.0000039107  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3246  general secretory pathway protein GspE  35.03 
 
 		 497 aa  170  7e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.827332 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16170  type II secretion system protein E, GspE  36.81 
 
 		 569 aa  170  7e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0682  general secretory pathway protein E  28.36 
 
 		 520 aa  169  8e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.980899  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00952  GSPE-like protein  34.6 
 
 		 414 aa  169  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal  0.759947 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03832  type II secretory pathway ATPase  32.03 
 
 		 604 aa  169  1e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1284  type II secretion system protein E  33.25 
 
 		 611 aa  169  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.417466  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0226  general secretory pathway protein E  33.51 
 
 		 518 aa  169  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1783  type IV pilus biogenesis protein PilB, putative  31.74 
 
 		 574 aa  168  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3214  type II secretion system protein E  34.13 
 
 		 595 aa  168  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1743  type II secretion system protein E  33.08 
 
 		 577 aa  168  2e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0160  hypothetical protein  32.43 
 
 		 461 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>