More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2404 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2404  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  100 
 
 		 329 aa  588  1e-167  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.716678  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1067  transport system permease protein  99.39 
 
 		 329 aa  585  1e-166  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1384  transport system permease protein  93.92 
 
 		 329 aa  478  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4384  transport system permease protein  72.61 
 
 		 331 aa  340  2e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.122979 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1828  transport system permease protein  68.31 
 
 		 333 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2065  transport system permease protein  60.43 
 
 		 332 aa  333  2e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1345  iron compound ABC transporter, permease protein  68.92 
 
 		 333 aa  329  4e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1304  iron compound ABC transporter, permease protein  68.92 
 
 		 349 aa  328  8e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0490  transport system permease protein  66.67 
 
 		 333 aa  300  2e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.176737  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3048  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  55.28 
 
 		 358 aa  292  6e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0630  transport system permease protein  54.77 
 
 		 341 aa  285  9e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.317375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2924  transport system permease protein  54.78 
 
 		 336 aa  282  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0561377  normal  0.953611 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0794  transport system permease protein  55.88 
 
 		 341 aa  276  3e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6079  transport system permease protein  55.34 
 
 		 348 aa  275  6e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1002  transport system permease protein  54.13 
 
 		 333 aa  275  7e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.292434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0732  transport system permease protein  54.26 
 
 		 341 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3805  transport system permease protein  57.05 
 
 		 348 aa  270  2e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5678  transport system permease protein  53.53 
 
 		 342 aa  263  3e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8244  transport system permease protein  55.74 
 
 		 348 aa  263  4e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3152  transport system permease protein  56.13 
 
 		 346 aa  259  6e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2927  transport system permease protein  56.13 
 
 		 346 aa  257  2e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.182505 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0258  transport system permease protein  57.28 
 
 		 334 aa  256  3e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737096  normal  0.065439 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4254  transport system permease protein  55.59 
 
 		 329 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.325099 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3730  transport system permease protein  53.54 
 
 		 341 aa  248  1e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2739  transport system permease protein  55.04 
 
 		 327 aa  248  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246804  normal  0.0883796 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0085  transport system permease protein  55.23 
 
 		 349 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.813583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2512  transport system permease protein  55.56 
 
 		 326 aa  239  5e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0510  transport system permease protein  51.57 
 
 		 333 aa  236  3e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.531169 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1341  transport system permease protein  50.96 
 
 		 335 aa  231  1e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.925053  normal  0.253719 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  40.22 
 
 		 350 aa  206  6e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  43.5 
 
 		 338 aa  200  1.9999999999999998e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  45.99 
 
 		 370 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  43.17 
 
 		 345 aa  198  9e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0463  hemin permease  41.43 
 
 		 351 aa  196  6e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  40.06 
 
 		 343 aa  195  8.000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1165  putative vitamin B12 transport system permease protein BtuC  38.46 
 
 		 328 aa  192  7e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.320828  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3694  transport system permease protein  44.25 
 
 		 325 aa  192  1e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.326225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  40.9 
 
 		 371 aa  189  5.999999999999999e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  37.65 
 
 		 340 aa  187  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  43.9 
 
 		 356 aa  186  3e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1735  transport system permease protein  41.34 
 
 		 347 aa  184  1.0000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  42.32 
 
 		 347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  41.03 
 
 		 366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  39.59 
 
 		 345 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  40.47 
 
 		 348 aa  182  6e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1895  transport system permease protein  34.24 
 
 		 336 aa  182  7e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00113354  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  42.76 
 
 		 354 aa  182  9.000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  33.33 
 
 		 346 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1711  transport system permease protein  44.3 
 
 		 335 aa  179  8e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  35.62 
 
 		 330 aa  179  8e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  44.14 
 
 		 358 aa  178  1e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1943  transport system permease protein  41.3 
 
 		 338 aa  178  1e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1121  transport system permease protein  40.34 
 
 		 372 aa  177  2e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0471477  hitchhiker  0.00000000101745 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0961  transport system permease protein  38.3 
 
 		 343 aa  177  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  42.91 
 
 		 452 aa  176  3e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2134  transport system permease protein  42.81 
 
 		 357 aa  176  3e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0133047 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  43.26 
 
 		 352 aa  176  4e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  38.64 
 
 		 369 aa  176  5e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  37.85 
 
 		 345 aa  176  6e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  35 
 
 		 330 aa  175  8e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  31.44 
 
 		 337 aa  175  8e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2735  ABC transporter membrane spanning protein (hemin)  41.69 
 
 		 361 aa  174  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  44.95 
 
 		 370 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1214  transport system permease protein  40.58 
 
 		 342 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5101  transport system permease protein  41.94 
 
 		 346 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00326561  normal  0.03131 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  37.1 
 
 		 368 aa  173  5e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5389  transport system permease protein  41.37 
 
 		 346 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0238432  normal  0.284357 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3089  transport system permease protein  45.1 
 
 		 328 aa  171  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1290  hypothetical protein  39.52 
 
 		 350 aa  171  1e-41  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.385136 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4223  transport system permease protein  40.79 
 
 		 346 aa  171  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1140  transport system permease protein  37.5 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  39.67 
 
 		 334 aa  169  9e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  39.67 
 
 		 334 aa  169  9e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4231  ferric vibriobactin ABC transporter permease protein  41.12 
 
 		 344 aa  168  9e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.866695  normal  0.0198027 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  39.67 
 
 		 334 aa  169  9e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1188  transport system permease protein  51.85 
 
 		 320 aa  168  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1748  transport system permease protein  34.82 
 
 		 347 aa  167  2e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2274  transport system permease protein  40.5 
 
 		 346 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.687817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4295  transport system permease protein  43.66 
 
 		 347 aa  167  2.9999999999999998e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21270  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  41.75 
 
 		 367 aa  166  4e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.709289  normal  0.431946 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1392  transport system permease protein  44.68 
 
 		 340 aa  166  5e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal  0.0461748 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1049  transport system permease protein  38.77 
 
 		 338 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.542405 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  37.72 
 
 		 334 aa  165  8e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3206  transport system permease protein  40.21 
 
 		 345 aa  165  9e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.949015  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2600  transport system permease protein  41.73 
 
 		 346 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.630419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3915  transport system permease protein  41.22 
 
 		 332 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.383173  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3343  transport system permease protein  38.77 
 
 		 338 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.300006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1473  iron(III) ABC transporter, permease protein  39.2 
 
 		 338 aa  165  1.0000000000000001e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2357  iron compound ABC transporter, permease protein  37.58 
 
 		 327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  37 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2261  iron(III) ABC transporter, permease protein  36.39 
 
 		 343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.618819 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1489  transport system permease protein  38.7 
 
 		 373 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0445  transport system permease protein  36.94 
 
 		 336 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2981  transport system permease protein  39.02 
 
 		 353 aa  164  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.861253  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0551  transport system permease protein  35.8 
 
 		 332 aa  164  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2707  transport system permease protein  38.14 
 
 		 340 aa  163  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2123  transport system permease protein  42.66 
 
 		 366 aa  163  4.0000000000000004e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.24416  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  38.34 
 
 		 330 aa  163  4.0000000000000004e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4501  iron compound ABC transporter, permease protein  36.16 
 
 		 342 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  41.94 
 
 		 367 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>