More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0630 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0630  transport system permease protein  100 
 
 		 341 aa  630  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.317375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0732  transport system permease protein  92.33 
 
 		 341 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0794  transport system permease protein  87.61 
 
 		 341 aa  487  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3048  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  76.7 
 
 		 358 aa  462  1e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3730  transport system permease protein  79.94 
 
 		 341 aa  429  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0085  transport system permease protein  82.32 
 
 		 349 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.813583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4254  transport system permease protein  79.75 
 
 		 329 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.325099 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2924  transport system permease protein  73.48 
 
 		 336 aa  391  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0561377  normal  0.953611 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2065  transport system permease protein  54.46 
 
 		 332 aa  295  9e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1002  transport system permease protein  53.64 
 
 		 333 aa  285  8e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.292434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1384  transport system permease protein  56.54 
 
 		 329 aa  263  3e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0258  transport system permease protein  52.92 
 
 		 334 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737096  normal  0.065439 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4384  transport system permease protein  53.14 
 
 		 331 aa  250  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.122979 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2404  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  55.3 
 
 		 329 aa  249  6e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.716678  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1067  transport system permease protein  55.3 
 
 		 329 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6079  transport system permease protein  49.51 
 
 		 348 aa  241  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1345  iron compound ABC transporter, permease protein  51.49 
 
 		 333 aa  237  2e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0490  transport system permease protein  53.14 
 
 		 333 aa  237  2e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.176737  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1304  iron compound ABC transporter, permease protein  54.55 
 
 		 349 aa  236  6e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1828  transport system permease protein  51.49 
 
 		 333 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3152  transport system permease protein  48.23 
 
 		 346 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2927  transport system permease protein  50 
 
 		 346 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.182505 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3805  transport system permease protein  49.84 
 
 		 348 aa  231  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8244  transport system permease protein  50.69 
 
 		 348 aa  228  8e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5678  transport system permease protein  50.34 
 
 		 342 aa  225  9e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2739  transport system permease protein  47.39 
 
 		 327 aa  219  6e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246804  normal  0.0883796 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2512  transport system permease protein  48.96 
 
 		 326 aa  218  1e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0510  transport system permease protein  51.59 
 
 		 333 aa  216  5e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.531169 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1341  transport system permease protein  46.03 
 
 		 335 aa  203  4e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.925053  normal  0.253719 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1214  transport system permease protein  42.81 
 
 		 342 aa  189  5.999999999999999e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0463  hemin permease  40.91 
 
 		 351 aa  187  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1121  transport system permease protein  37.46 
 
 		 372 aa  184  2.0000000000000003e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0471477  hitchhiker  0.00000000101745 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  36.4 
 
 		 350 aa  183  4.0000000000000006e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1895  transport system permease protein  35.02 
 
 		 336 aa  181  1e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00113354  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3694  transport system permease protein  40 
 
 		 325 aa  180  2.9999999999999997e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.326225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1606  transport system permease protein  39.54 
 
 		 368 aa  176  3e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000330558 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  41.38 
 
 		 345 aa  175  9.999999999999999e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  39.73 
 
 		 370 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  36.34 
 
 		 367 aa  173  3.9999999999999995e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  38.92 
 
 		 356 aa  173  5e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1194  transport system permease protein  37.97 
 
 		 357 aa  171  1e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1188  transport system permease protein  49.63 
 
 		 320 aa  171  2e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  40.76 
 
 		 338 aa  170  3e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2017  transport system permease protein  34.82 
 
 		 369 aa  170  4e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  38.23 
 
 		 371 aa  170  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  31.95 
 
 		 337 aa  169  5e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1594  transport system permease protein  34.21 
 
 		 344 aa  169  5e-41  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.511685  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1711  transport system permease protein  41.44 
 
 		 335 aa  169  7e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  33.87 
 
 		 330 aa  168  1e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1748  transport system permease protein  34.88 
 
 		 347 aa  167  2e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  38.56 
 
 		 354 aa  168  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  37.93 
 
 		 366 aa  168  2e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  33.87 
 
 		 330 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  37.54 
 
 		 340 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0179  transport system permease protein  38.58 
 
 		 326 aa  166  4e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3332  transport system permease protein  36.31 
 
 		 338 aa  166  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5560  iron compound ABC transporter, permease protein  35.96 
 
 		 338 aa  166  8e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5511  iron compound ABC transporter, permease protein  35.96 
 
 		 338 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1165  putative vitamin B12 transport system permease protein BtuC  34.97 
 
 		 328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.320828  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2266  transport system permease protein  38.8 
 
 		 350 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3089  transport system permease protein  43.61 
 
 		 328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5505  iron compound ABC transporter, permease protein  35.96 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1736  transport system permease protein  36.89 
 
 		 351 aa  164  2.0000000000000002e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.914625  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1431  transport system permease protein  36.93 
 
 		 312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  37.74 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  38.44 
 
 		 351 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5474  iron compound ABC transporter, permease protein  35.96 
 
 		 338 aa  163  3e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5231  iron compound ABC transporter permease  35.96 
 
 		 338 aa  163  3e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5062  iron compound ABC transporter, permease  35.96 
 
 		 338 aa  163  3e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  38.39 
 
 		 345 aa  163  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5630  iron compound ABC transporter permease protein  35.96 
 
 		 338 aa  163  3e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1943  transport system permease protein  35.02 
 
 		 338 aa  163  4.0000000000000004e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5079  iron compound ABC transporter, permease  35.67 
 
 		 338 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5446  iron compound ABC transporter, permease protein  35.67 
 
 		 338 aa  162  6e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  38.51 
 
 		 358 aa  162  6e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0445  transport system permease protein  37.35 
 
 		 336 aa  162  6e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  37.04 
 
 		 368 aa  162  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4009  transport system permease protein  34.22 
 
 		 338 aa  161  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  37.19 
 
 		 345 aa  161  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  36.52 
 
 		 363 aa  161  2e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  39.51 
 
 		 363 aa  161  2e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  39.3 
 
 		 354 aa  160  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5521  transport system permease protein  40.14 
 
 		 341 aa  161  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  37.69 
 
 		 334 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  37.69 
 
 		 334 aa  160  3e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0734  transport system permease protein  34.57 
 
 		 344 aa  160  3e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000599785  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2552  transport system permease protein  35.39 
 
 		 363 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.822821  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  37.69 
 
 		 334 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  34.93 
 
 		 343 aa  160  3e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5707  transport system permease protein  36.94 
 
 		 344 aa  160  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7223  transport system permease protein  37.82 
 
 		 351 aa  160  4e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0583  transport system permease protein  32.82 
 
 		 331 aa  160  4e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.777741  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0961  transport system permease protein  37.95 
 
 		 343 aa  159  4e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0758  transport system permease protein  35.38 
 
 		 344 aa  159  5e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0240676  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3257  iron ABC transporter, permease protein, putative  41.28 
 
 		 336 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0747445  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  36.25 
 
 		 357 aa  159  6e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1473  iron(III) ABC transporter, permease protein  39.24 
 
 		 338 aa  159  7e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0557  transport system permease protein  36.13 
 
 		 355 aa  159  7e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1703  heme/hemin ABC transporter, permease protein  33.92 
 
 		 352 aa  159  9e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7986  ABC transporter, permease, Fe3+-siderophore transport system  38.42 
 
 		 350 aa  158  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.121274  normal  0.17606 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>