More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4254 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4254  transport system permease protein  100 
 
 		 329 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.325099 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2924  transport system permease protein  81.25 
 
 		 336 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0561377  normal  0.953611 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0630  transport system permease protein  79.75 
 
 		 341 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.317375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3048  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  75 
 
 		 358 aa  431  1e-119  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0794  transport system permease protein  79.55 
 
 		 341 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0732  transport system permease protein  79.25 
 
 		 341 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3730  transport system permease protein  78.7 
 
 		 341 aa  409  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0085  transport system permease protein  78.78 
 
 		 349 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.813583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2065  transport system permease protein  56.41 
 
 		 332 aa  295  7e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1002  transport system permease protein  54.97 
 
 		 333 aa  275  6e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.292434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0258  transport system permease protein  53.75 
 
 		 334 aa  258  7e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737096  normal  0.065439 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1384  transport system permease protein  55.99 
 
 		 329 aa  255  6e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6079  transport system permease protein  52.61 
 
 		 348 aa  252  7e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1828  transport system permease protein  56.83 
 
 		 333 aa  246  3e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3805  transport system permease protein  53.59 
 
 		 348 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1345  iron compound ABC transporter, permease protein  55.87 
 
 		 333 aa  242  6e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1304  iron compound ABC transporter, permease protein  55.87 
 
 		 349 aa  241  9e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3152  transport system permease protein  50.16 
 
 		 346 aa  241  1e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2927  transport system permease protein  54.15 
 
 		 346 aa  241  2e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.182505 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4384  transport system permease protein  52.81 
 
 		 331 aa  240  2e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.122979 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8244  transport system permease protein  55.6 
 
 		 348 aa  238  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1067  transport system permease protein  54.97 
 
 		 329 aa  235  7e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2404  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  54.97 
 
 		 329 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.716678  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5678  transport system permease protein  49.36 
 
 		 342 aa  229  7e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0490  transport system permease protein  53.55 
 
 		 333 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.176737  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2739  transport system permease protein  47.7 
 
 		 327 aa  223  3e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246804  normal  0.0883796 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0510  transport system permease protein  51.27 
 
 		 333 aa  219  7e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.531169 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2512  transport system permease protein  51.43 
 
 		 326 aa  218  7.999999999999999e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1341  transport system permease protein  46.69 
 
 		 335 aa  199  7e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.925053  normal  0.253719 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0463  hemin permease  43.9 
 
 		 351 aa  191  1e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1214  transport system permease protein  42.21 
 
 		 342 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1121  transport system permease protein  39.93 
 
 		 372 aa  183  3e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0471477  hitchhiker  0.00000000101745 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  35.74 
 
 		 330 aa  182  6e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1895  transport system permease protein  35.74 
 
 		 336 aa  182  7e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00113354  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  38.33 
 
 		 350 aa  182  7e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  34.48 
 
 		 330 aa  180  4e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0583  transport system permease protein  34.89 
 
 		 331 aa  176  5e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.777741  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3694  transport system permease protein  41.05 
 
 		 325 aa  174  9.999999999999999e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.326225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  39.81 
 
 		 345 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  36.39 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3332  transport system permease protein  36.04 
 
 		 338 aa  172  5e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  39.33 
 
 		 371 aa  172  5e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5560  iron compound ABC transporter, permease protein  36.28 
 
 		 338 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  43.2 
 
 		 358 aa  172  6.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5511  iron compound ABC transporter, permease protein  36.28 
 
 		 338 aa  171  1e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  44.48 
 
 		 338 aa  171  1e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1720  hypothetical protein  37.3 
 
 		 350 aa  171  2e-41  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1089  hypothetical protein  37.69 
 
 		 355 aa  171  2e-41  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5505  iron compound ABC transporter, permease protein  35.98 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5231  iron compound ABC transporter permease  36.28 
 
 		 338 aa  170  3e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5062  iron compound ABC transporter, permease  36.28 
 
 		 338 aa  170  3e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5630  iron compound ABC transporter permease protein  36.28 
 
 		 338 aa  170  3e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5474  iron compound ABC transporter, permease protein  36.28 
 
 		 338 aa  170  3e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  42.52 
 
 		 354 aa  169  4e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5079  iron compound ABC transporter, permease  36.28 
 
 		 338 aa  170  4e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2266  transport system permease protein  38.49 
 
 		 350 aa  170  4e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1606  transport system permease protein  41.19 
 
 		 368 aa  169  4e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000330558 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  38.11 
 
 		 370 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5446  iron compound ABC transporter, permease protein  35.67 
 
 		 338 aa  169  5e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  39.46 
 
 		 345 aa  169  5e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1075  putative iron transporter, membrane component  37.46 
 
 		 347 aa  169  9e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.803098  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0510  iron compounds ABC transporter, permease protein  37.96 
 
 		 339 aa  168  1e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1943  transport system permease protein  38.12 
 
 		 338 aa  168  1e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1473  iron(III) ABC transporter, permease protein  39.94 
 
 		 338 aa  168  1e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3089  transport system permease protein  45.9 
 
 		 328 aa  168  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  36.94 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  36.92 
 
 		 343 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3257  iron ABC transporter, permease protein, putative  41.4 
 
 		 336 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0747445  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  39.56 
 
 		 351 aa  166  4e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5175  transport system permease protein  35.98 
 
 		 338 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1188  transport system permease protein  48.21 
 
 		 320 aa  166  6.9999999999999995e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2017  transport system permease protein  37.5 
 
 		 369 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  39.93 
 
 		 366 aa  165  8e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3095  transport system permease protein  41.05 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838837  normal  0.544286 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1703  heme/hemin ABC transporter, permease protein  38.91 
 
 		 352 aa  165  1.0000000000000001e-39  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  36 
 
 		 362 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  37.46 
 
 		 345 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1431  transport system permease protein  37.89 
 
 		 312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3674  hemin ABC transporter, permease protein  38.14 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4152  transport system permease protein  40.94 
 
 		 349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0212216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  38.87 
 
 		 330 aa  163  3e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  37.88 
 
 		 368 aa  164  3e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0179  transport system permease protein  38.7 
 
 		 326 aa  163  3e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3843  transport system permease protein  40.62 
 
 		 349 aa  164  3e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.19753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2222  transport system permease protein  36.45 
 
 		 346 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.205591  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0466  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  38.12 
 
 		 347 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1048  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  38.22 
 
 		 336 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.522195  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  39.86 
 
 		 356 aa  163  4.0000000000000004e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  37.38 
 
 		 363 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  39.07 
 
 		 318 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  39.07 
 
 		 330 aa  162  6e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1871  iron(III) dicitrate transport system permease protein  36.12 
 
 		 356 aa  162  7e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.71238  normal  0.187048 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3903  transport system permease protein  36.36 
 
 		 338 aa  162  9e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1748  transport system permease protein  36.09 
 
 		 347 aa  162  1e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0557  transport system permease protein  36.81 
 
 		 355 aa  161  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  38.24 
 
 		 347 aa  160  3e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5521  transport system permease protein  41.28 
 
 		 341 aa  160  3e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3343  transport system permease protein  38.44 
 
 		 338 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.300006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  40.07 
 
 		 363 aa  159  5e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1948  iron(III) ABC transporter, permease protein  39.36 
 
 		 326 aa  159  6e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0628531 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>