More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2924 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2924  transport system permease protein  100 
 
 		 336 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0561377  normal  0.953611 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4254  transport system permease protein  81.25 
 
 		 329 aa  424  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.325099 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3048  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  71.96 
 
 		 358 aa  409  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0630  transport system permease protein  73.48 
 
 		 341 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.317375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0732  transport system permease protein  73.7 
 
 		 341 aa  391  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3730  transport system permease protein  75.86 
 
 		 341 aa  391  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0794  transport system permease protein  75 
 
 		 341 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0085  transport system permease protein  75.32 
 
 		 349 aa  364  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.813583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2065  transport system permease protein  56.55 
 
 		 332 aa  303  3.0000000000000004e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1002  transport system permease protein  56.29 
 
 		 333 aa  290  2e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.292434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0258  transport system permease protein  56.35 
 
 		 334 aa  273  4.0000000000000004e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737096  normal  0.065439 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1384  transport system permease protein  55.66 
 
 		 329 aa  263  4e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6079  transport system permease protein  53.44 
 
 		 348 aa  255  6e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3805  transport system permease protein  53.11 
 
 		 348 aa  246  4e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1345  iron compound ABC transporter, permease protein  57.14 
 
 		 333 aa  246  4.9999999999999997e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1304  iron compound ABC transporter, permease protein  57.14 
 
 		 349 aa  246  4.9999999999999997e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3152  transport system permease protein  50.16 
 
 		 346 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2927  transport system permease protein  53.79 
 
 		 346 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.182505 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0490  transport system permease protein  55.02 
 
 		 333 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.176737  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1067  transport system permease protein  54.64 
 
 		 329 aa  242  5e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2404  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  54.64 
 
 		 329 aa  241  9e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.716678  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1828  transport system permease protein  54.92 
 
 		 333 aa  239  4e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8244  transport system permease protein  51.8 
 
 		 348 aa  239  5e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4384  transport system permease protein  54.74 
 
 		 331 aa  238  1e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.122979 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5678  transport system permease protein  51.28 
 
 		 342 aa  236  6e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2739  transport system permease protein  50 
 
 		 327 aa  234  2.0000000000000002e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246804  normal  0.0883796 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2512  transport system permease protein  49.16 
 
 		 326 aa  216  4e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0510  transport system permease protein  51.59 
 
 		 333 aa  214  1.9999999999999998e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.531169 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1341  transport system permease protein  44.92 
 
 		 335 aa  201  9.999999999999999e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.925053  normal  0.253719 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  36.71 
 
 		 350 aa  192  6e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1121  transport system permease protein  41.52 
 
 		 372 aa  187  2e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0471477  hitchhiker  0.00000000101745 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0463  hemin permease  41.87 
 
 		 351 aa  185  9e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1895  transport system permease protein  35.35 
 
 		 336 aa  183  3e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00113354  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  44.16 
 
 		 338 aa  182  9.000000000000001e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3694  transport system permease protein  42.6 
 
 		 325 aa  182  9.000000000000001e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.326225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  35.37 
 
 		 330 aa  181  1e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  38.08 
 
 		 340 aa  179  4e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  41.38 
 
 		 345 aa  179  4e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1214  transport system permease protein  40 
 
 		 342 aa  179  9e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  38.48 
 
 		 370 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  34.08 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3089  transport system permease protein  47 
 
 		 328 aa  174  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  42.25 
 
 		 354 aa  173  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  41.14 
 
 		 358 aa  172  7.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0583  transport system permease protein  33.64 
 
 		 331 aa  171  1e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.777741  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1075  putative iron transporter, membrane component  36.84 
 
 		 347 aa  170  4e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.803098  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  37.85 
 
 		 345 aa  169  6e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0557  transport system permease protein  40.68 
 
 		 355 aa  169  9e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1188  transport system permease protein  49.82 
 
 		 320 aa  169  9e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  37.31 
 
 		 371 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  40.35 
 
 		 356 aa  166  5.9999999999999996e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  39.53 
 
 		 368 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  32.92 
 
 		 337 aa  166  5.9999999999999996e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0510  iron compounds ABC transporter, permease protein  37.35 
 
 		 339 aa  165  8e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3343  transport system permease protein  38.56 
 
 		 338 aa  165  8e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.300006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0961  transport system permease protein  36.25 
 
 		 343 aa  165  8e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  38.56 
 
 		 347 aa  165  9e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2017  transport system permease protein  36.24 
 
 		 369 aa  165  9e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1049  transport system permease protein  38.24 
 
 		 338 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.542405 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  37.43 
 
 		 367 aa  164  2.0000000000000002e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  38.29 
 
 		 363 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  36.36 
 
 		 343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0331  transport system permease protein  40.26 
 
 		 334 aa  164  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1089  hypothetical protein  37.99 
 
 		 355 aa  164  3e-39  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3332  transport system permease protein  36.47 
 
 		 338 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  37.96 
 
 		 363 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0947  transport system permease protein  38.24 
 
 		 338 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1943  transport system permease protein  36.1 
 
 		 338 aa  162  5.0000000000000005e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  40.14 
 
 		 366 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4419  transport system permease protein  38.1 
 
 		 355 aa  162  6e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347706 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1431  transport system permease protein  35.74 
 
 		 312 aa  162  6e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0650  hemin transport system permease protein HmuU  34.36 
 
 		 327 aa  162  7e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150325  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1711  transport system permease protein  40.24 
 
 		 335 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1016  transport system permease protein  37.93 
 
 		 338 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5560  iron compound ABC transporter, permease protein  35.08 
 
 		 338 aa  161  1e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  37.85 
 
 		 345 aa  162  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3240  transport system permease protein  37.7 
 
 		 338 aa  161  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5511  iron compound ABC transporter, permease protein  35.08 
 
 		 338 aa  161  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  34.22 
 
 		 355 aa  161  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5505  iron compound ABC transporter, permease protein  35.08 
 
 		 338 aa  160  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  38.05 
 
 		 341 aa  160  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1594  transport system permease protein  37.15 
 
 		 344 aa  160  4e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.511685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  36.81 
 
 		 330 aa  160  4e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5474  iron compound ABC transporter, permease protein  35.08 
 
 		 338 aa  159  5e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5231  iron compound ABC transporter permease  35.08 
 
 		 338 aa  159  5e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5062  iron compound ABC transporter, permease  35.08 
 
 		 338 aa  159  5e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5446  iron compound ABC transporter, permease protein  34.77 
 
 		 338 aa  159  5e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5630  iron compound ABC transporter permease protein  35.08 
 
 		 338 aa  159  5e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0445  transport system permease protein  39.42 
 
 		 336 aa  159  5e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5079  iron compound ABC transporter, permease  35.08 
 
 		 338 aa  159  7e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4009  transport system permease protein  34.46 
 
 		 338 aa  158  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  39.26 
 
 		 334 aa  158  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1748  transport system permease protein  35.86 
 
 		 347 aa  158  1e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1392  transport system permease protein  43.97 
 
 		 340 aa  158  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal  0.0461748 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  39.26 
 
 		 334 aa  158  1e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  39.26 
 
 		 334 aa  158  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  38.28 
 
 		 315 aa  158  1e-37  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0551  transport system permease protein  37.66 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2134  transport system permease protein  43.62 
 
 		 357 aa  158  2e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0133047 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  36.97 
 
 		 362 aa  157  3e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>