More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4419 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4419  transport system permease protein  100 
 
 		 355 aa  683    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347706 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1219  ABC transporter membrane spanning protein (iron)  81.59 
 
 		 360 aa  522  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.11373  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2250  transport system permease protein  71.75 
 
 		 356 aa  488  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.235988 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2028  transport system permease protein  72.03 
 
 		 356 aa  487  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3090  transport system permease protein  63.82 
 
 		 360 aa  413  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2425  transport system permease protein  59.87 
 
 		 356 aa  367  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0575  transport system permease protein  50.3 
 
 		 357 aa  324  1e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0282  transport system permease protein  49.86 
 
 		 371 aa  319  3.9999999999999996e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.669954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0466  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  47.83 
 
 		 347 aa  318  7.999999999999999e-86  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3610  transport system permease protein  51.04 
 
 		 360 aa  302  7.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.137689 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3530  transport system permease protein  49.7 
 
 		 365 aa  301  1e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0920  ABC transporter permease  50.6 
 
 		 359 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.421925 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0865  ABC transporter permease  50.6 
 
 		 359 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0897  ABC transporter permease  50.6 
 
 		 359 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.660141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0806  ABC transporter permease  50.3 
 
 		 359 aa  297  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.129539  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0834  ABC transporter permease  50.6 
 
 		 359 aa  297  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1099  transport system permease protein  52.68 
 
 		 360 aa  297  2e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.122873  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1539  iron chelate ABC transporter permease  51.93 
 
 		 353 aa  293  4e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.337435 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7104  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  52.58 
 
 		 360 aa  292  5e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2668  iron chelate ABC transporter permease  51.93 
 
 		 360 aa  292  6e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3036  transport system permease protein  50.89 
 
 		 360 aa  292  6e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2750  transport system permease protein  51.93 
 
 		 360 aa  292  6e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1695  transport system permease protein  49.12 
 
 		 354 aa  292  7e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.347986  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1703  heme/hemin ABC transporter, permease protein  44.28 
 
 		 352 aa  291  1e-77  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1239  transport system permease protein  51.19 
 
 		 360 aa  290  3e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3222  transport system permease protein  52.51 
 
 		 360 aa  290  3e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118278 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2756  transport system permease protein  52.21 
 
 		 360 aa  289  6e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00602737  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0026  transport system permease protein  47.54 
 
 		 331 aa  286  4e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2568  transport system permease protein  54.17 
 
 		 344 aa  286  5e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0538415  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0744  transport system permease protein  46.45 
 
 		 345 aa  286  5.999999999999999e-76  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.290337 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2697  transport system permease protein  49.55 
 
 		 352 aa  285  9e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0794792  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2734  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  44.31 
 
 		 347 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000167037  hitchhiker  0.000165993 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2719  transport system permease protein  47.67 
 
 		 352 aa  270  2e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000728456  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2634  iron chelate ABC transporter permease protein  47.38 
 
 		 352 aa  268  1e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000212766  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7623  ABC transporter membrane spanning protein (iron)  47.32 
 
 		 354 aa  267  2e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2099  transport system permease protein  43.73 
 
 		 350 aa  252  6e-66  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4770  transport system permease protein  51.01 
 
 		 353 aa  249  5e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  40.35 
 
 		 362 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  41.36 
 
 		 367 aa  240  2.9999999999999997e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1620  transport system permease protein  46.41 
 
 		 350 aa  238  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1709  transport system permease protein  40.48 
 
 		 319 aa  236  6e-61  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1194  transport system permease protein  44.37 
 
 		 357 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0443  transport system permease protein  37.43 
 
 		 355 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0798  transport system permease protein  46.9 
 
 		 343 aa  228  1e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.180919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1871  iron(III) dicitrate transport system permease protein  37.57 
 
 		 356 aa  224  1e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.71238  normal  0.187048 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1094  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  37.25 
 
 		 373 aa  225  1e-57  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0044816  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0431  transport system permease protein  38.01 
 
 		 374 aa  225  1e-57  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1089  hypothetical protein  39.66 
 
 		 355 aa  224  2e-57  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0247  transport system permease protein  38.68 
 
 		 359 aa  224  2e-57  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0151644  normal  0.610007 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  42.81 
 
 		 357 aa  221  9.999999999999999e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1638  transport system permease protein  42.37 
 
 		 383 aa  220  3e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.250999  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0758  transport system permease protein  37.21 
 
 		 344 aa  219  7e-56  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0240676  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0734  transport system permease protein  36.92 
 
 		 344 aa  218  8.999999999999998e-56  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000599785  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1353  transport system permease protein  42.99 
 
 		 363 aa  218  2e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  34.68 
 
 		 360 aa  218  2e-55  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  39.13 
 
 		 354 aa  218  2e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1623  iron(III) dicitrate transport system permease protein  41.09 
 
 		 356 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0877318  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1491  transport system permease protein  33.91 
 
 		 348 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.105364  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0250  transport system permease protein  37.65 
 
 		 340 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0408  transport system permease protein  34.2 
 
 		 348 aa  212  5.999999999999999e-54  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.586002  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1822  transport system permease protein  39.47 
 
 		 350 aa  210  3e-53  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0498  transport system permease protein  35.92 
 
 		 349 aa  210  4e-53  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0506043  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1186  transport system permease protein  35.75 
 
 		 369 aa  208  1e-52  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2330  transport system permease protein  39.86 
 
 		 370 aa  207  3e-52  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.970298  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0429  transport system permease protein  33.62 
 
 		 348 aa  206  5e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1217  transport system permease protein  42.66 
 
 		 362 aa  206  6e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00189959  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0290  transport system permease protein  34.9 
 
 		 361 aa  205  9e-52  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.602088  normal  0.107419 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  38.14 
 
 		 343 aa  204  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1041  transport system permease protein  41.75 
 
 		 301 aa  205  1e-51  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2398  hypothetical protein  36.15 
 
 		 361 aa  195  1e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.384157 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1652  transport system permease protein  41.38 
 
 		 357 aa  194  3e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  40 
 
 		 347 aa  194  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1048  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  36.99 
 
 		 336 aa  192  6e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.522195  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  33.33 
 
 		 359 aa  191  1e-47  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0274  transport system permease protein  36.69 
 
 		 358 aa  192  1e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00246015  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1153  hypothetical protein  34.36 
 
 		 375 aa  189  7e-47  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0485  transport system permease protein  35.14 
 
 		 357 aa  188  1e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.644371  hitchhiker  0.000336075 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2148  transport system permease protein  39.13 
 
 		 356 aa  188  1e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.176717 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  39.17 
 
 		 370 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1748  transport system permease protein  36.7 
 
 		 347 aa  187  3e-46  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1606  transport system permease protein  36.57 
 
 		 368 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000330558 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0990  transport system permease protein  38.78 
 
 		 378 aa  184  3e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  37.57 
 
 		 367 aa  183  5.0000000000000004e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0344  transport system permease protein  38.36 
 
 		 363 aa  182  6e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  41.96 
 
 		 341 aa  182  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3240  transport system permease protein  38.41 
 
 		 338 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  35.74 
 
 		 356 aa  181  2e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3332  transport system permease protein  35.45 
 
 		 338 aa  181  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1116  ABC transporter permease  35.92 
 
 		 343 aa  180  4e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  40.42 
 
 		 356 aa  179  4.999999999999999e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1049  transport system permease protein  37.76 
 
 		 338 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.542405 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1297  iron chelate ABC transporter permease protein  36.27 
 
 		 343 aa  178  1e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0147613  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3674  hemin ABC transporter, permease protein  37.42 
 
 		 338 aa  177  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4080  transport system permease protein  39.51 
 
 		 347 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  36.28 
 
 		 354 aa  177  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3058  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  37.42 
 
 		 346 aa  177  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  35.94 
 
 		 452 aa  178  2e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2166  transport system permease protein  36.39 
 
 		 334 aa  177  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.514643  normal  0.141154 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4009  transport system permease protein  34.55 
 
 		 338 aa  177  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  35.22 
 
 		 345 aa  176  4e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>