More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3610 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3610  transport system permease protein  100 
 
 		 360 aa  686    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.137689 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2697  transport system permease protein  59.18 
 
 		 352 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0794792  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0575  transport system permease protein  54.87 
 
 		 357 aa  356  2.9999999999999997e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0282  transport system permease protein  53.78 
 
 		 371 aa  349  3e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.669954  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1099  transport system permease protein  58.74 
 
 		 360 aa  338  8e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.122873  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3036  transport system permease protein  55.71 
 
 		 360 aa  338  9.999999999999999e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0897  ABC transporter permease  55.43 
 
 		 359 aa  332  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.660141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0806  ABC transporter permease  55.15 
 
 		 359 aa  332  6e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.129539  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0920  ABC transporter permease  55.71 
 
 		 359 aa  332  7.000000000000001e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.421925 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2425  transport system permease protein  55.76 
 
 		 356 aa  332  9e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0865  ABC transporter permease  55.15 
 
 		 359 aa  331  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0834  ABC transporter permease  55.15 
 
 		 359 aa  330  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1239  transport system permease protein  57.86 
 
 		 360 aa  330  3e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2756  transport system permease protein  57.83 
 
 		 360 aa  322  5e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00602737  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3530  transport system permease protein  51.01 
 
 		 365 aa  322  5e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3222  transport system permease protein  55.56 
 
 		 360 aa  322  7e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118278 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7104  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  57.88 
 
 		 360 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2568  transport system permease protein  56.14 
 
 		 344 aa  317  2e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0538415  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2250  transport system permease protein  51.48 
 
 		 356 aa  315  7e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.235988 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4419  transport system permease protein  51.04 
 
 		 355 aa  314  9.999999999999999e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347706 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2028  transport system permease protein  51.62 
 
 		 356 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2668  iron chelate ABC transporter permease  53.61 
 
 		 360 aa  312  5.999999999999999e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2750  transport system permease protein  53.61 
 
 		 360 aa  312  5.999999999999999e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1539  iron chelate ABC transporter permease  55.29 
 
 		 353 aa  309  4e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.337435 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1219  ABC transporter membrane spanning protein (iron)  47.9 
 
 		 360 aa  304  2.0000000000000002e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.11373  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1695  transport system permease protein  51.18 
 
 		 354 aa  301  1e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.347986  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0466  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  45.83 
 
 		 347 aa  296  4e-79  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4770  transport system permease protein  59.59 
 
 		 353 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3090  transport system permease protein  46.57 
 
 		 360 aa  286  4e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1703  heme/hemin ABC transporter, permease protein  41.18 
 
 		 352 aa  273  4.0000000000000004e-72  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0744  transport system permease protein  43.27 
 
 		 345 aa  270  2.9999999999999997e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.290337 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0798  transport system permease protein  54.49 
 
 		 343 aa  266  5e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.180919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7623  ABC transporter membrane spanning protein (iron)  49.27 
 
 		 354 aa  263  4e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0026  transport system permease protein  44.19 
 
 		 331 aa  263  4e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2734  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  42.86 
 
 		 347 aa  261  2e-68  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000167037  hitchhiker  0.000165993 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0443  transport system permease protein  38.92 
 
 		 355 aa  241  2e-62  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2099  transport system permease protein  41.36 
 
 		 350 aa  239  4e-62  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  38.33 
 
 		 367 aa  233  3e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1620  transport system permease protein  45.27 
 
 		 350 aa  232  8.000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1638  transport system permease protein  44.72 
 
 		 383 aa  229  6e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.250999  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2719  transport system permease protein  45.21 
 
 		 352 aa  228  1e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000728456  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1094  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  35.59 
 
 		 373 aa  228  2e-58  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0044816  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2634  iron chelate ABC transporter permease protein  45.21 
 
 		 352 aa  226  4e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000212766  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  39.93 
 
 		 362 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0408  transport system permease protein  37.83 
 
 		 348 aa  218  1e-55  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.586002  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  33.71 
 
 		 360 aa  218  1e-55  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1491  transport system permease protein  37.24 
 
 		 348 aa  218  2e-55  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.105364  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1709  transport system permease protein  37.06 
 
 		 319 aa  217  2.9999999999999998e-55  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1217  transport system permease protein  45.77 
 
 		 362 aa  216  5e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00189959  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1089  hypothetical protein  33.62 
 
 		 355 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1186  transport system permease protein  38.24 
 
 		 369 aa  211  2e-53  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  37.54 
 
 		 354 aa  209  6e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0429  transport system permease protein  35.99 
 
 		 348 aa  207  2e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1194  transport system permease protein  37.54 
 
 		 357 aa  207  3e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1353  transport system permease protein  41.5 
 
 		 363 aa  206  4e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0290  transport system permease protein  40.07 
 
 		 361 aa  206  7e-52  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.602088  normal  0.107419 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0247  transport system permease protein  36.63 
 
 		 359 aa  205  9e-52  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0151644  normal  0.610007 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  36.92 
 
 		 357 aa  205  1e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0431  transport system permease protein  38.21 
 
 		 374 aa  204  2e-51  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0498  transport system permease protein  39.73 
 
 		 349 aa  203  5e-51  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0506043  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1153  hypothetical protein  36.34 
 
 		 375 aa  202  6e-51  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1041  transport system permease protein  41.28 
 
 		 301 aa  200  3e-50  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1623  iron(III) dicitrate transport system permease protein  39.24 
 
 		 356 aa  199  7e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0877318  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1871  iron(III) dicitrate transport system permease protein  36.93 
 
 		 356 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.71238  normal  0.187048 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0274  transport system permease protein  34.96 
 
 		 358 aa  196  5.000000000000001e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00246015  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0734  transport system permease protein  36.07 
 
 		 344 aa  196  5.000000000000001e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000599785  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0758  transport system permease protein  36.2 
 
 		 344 aa  195  8.000000000000001e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0240676  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0250  transport system permease protein  34.31 
 
 		 340 aa  195  9e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2398  hypothetical protein  38.35 
 
 		 361 aa  195  1e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.384157 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2330  transport system permease protein  36.36 
 
 		 370 aa  194  2e-48  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.970298  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1048  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  35.69 
 
 		 336 aa  192  7e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.522195  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  32.13 
 
 		 356 aa  191  2e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  39.53 
 
 		 347 aa  191  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1652  transport system permease protein  41.69 
 
 		 357 aa  188  1e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5389  transport system permease protein  41.98 
 
 		 346 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0238432  normal  0.284357 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0485  transport system permease protein  34.99 
 
 		 357 aa  186  4e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.644371  hitchhiker  0.000336075 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0344  transport system permease protein  39.2 
 
 		 363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1822  transport system permease protein  39.18 
 
 		 350 aa  183  4.0000000000000006e-45  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5101  transport system permease protein  40.96 
 
 		 346 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00326561  normal  0.03131 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  35.19 
 
 		 359 aa  181  2e-44  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  40.93 
 
 		 452 aa  181  2e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0557  transport system permease protein  35.84 
 
 		 355 aa  176  4e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  37.69 
 
 		 343 aa  176  6e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1748  transport system permease protein  36.36 
 
 		 347 aa  176  7e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  37.62 
 
 		 370 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0562  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  39.66 
 
 		 348 aa  173  5e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2261  iron(III) ABC transporter, permease protein  37.19 
 
 		 343 aa  172  5.999999999999999e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.618819 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1121  transport system permease protein  35.08 
 
 		 372 aa  172  5.999999999999999e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0471477  hitchhiker  0.00000000101745 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1546  ABC transporter, inner membrane subunit  37.14 
 
 		 387 aa  171  1e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  40.7 
 
 		 315 aa  171  2e-41  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2707  transport system permease protein  36.74 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  38.37 
 
 		 370 aa  170  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2148  transport system permease protein  37.61 
 
 		 356 aa  170  4e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.176717 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  36.92 
 
 		 345 aa  170  4e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  36.98 
 
 		 371 aa  170  5e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2080  transport system permease protein  36.52 
 
 		 368 aa  169  5e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  37.94 
 
 		 338 aa  169  6e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  35.93 
 
 		 345 aa  169  8e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  39.93 
 
 		 354 aa  169  1e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  36.59 
 
 		 366 aa  168  1e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>