More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3036 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3036  transport system permease protein  100 
 
 		 360 aa  694    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1239  transport system permease protein  98.06 
 
 		 360 aa  684    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1099  transport system permease protein  86.11 
 
 		 360 aa  551  1e-156  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.122873  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2756  transport system permease protein  86.63 
 
 		 360 aa  538  9.999999999999999e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00602737  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2750  transport system permease protein  82.5 
 
 		 360 aa  528  1e-149  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2668  iron chelate ABC transporter permease  82.5 
 
 		 360 aa  528  1e-149  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3222  transport system permease protein  83.61 
 
 		 360 aa  525  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118278 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1539  iron chelate ABC transporter permease  84.84 
 
 		 353 aa  518  1e-146  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.337435 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0575  transport system permease protein  78.32 
 
 		 357 aa  513  1e-144  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0897  ABC transporter permease  73.16 
 
 		 359 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.660141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0920  ABC transporter permease  72.6 
 
 		 359 aa  458  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.421925 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0806  ABC transporter permease  71.51 
 
 		 359 aa  460  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.129539  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0865  ABC transporter permease  71.79 
 
 		 359 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0834  ABC transporter permease  72.6 
 
 		 359 aa  457  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0282  transport system permease protein  63.29 
 
 		 371 aa  426  1e-118  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.669954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7104  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  65.5 
 
 		 360 aa  382  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3610  transport system permease protein  57.94 
 
 		 360 aa  350  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.137689 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3530  transport system permease protein  52.82 
 
 		 365 aa  348  9e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2697  transport system permease protein  57.43 
 
 		 352 aa  344  2e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0794792  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2250  transport system permease protein  51.59 
 
 		 356 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.235988 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2028  transport system permease protein  50.72 
 
 		 356 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1219  ABC transporter membrane spanning protein (iron)  52.82 
 
 		 360 aa  330  3e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.11373  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2425  transport system permease protein  51.23 
 
 		 356 aa  326  3e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4419  transport system permease protein  50.89 
 
 		 355 aa  318  7.999999999999999e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347706 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0466  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  48.08 
 
 		 347 aa  317  2e-85  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2568  transport system permease protein  59.35 
 
 		 344 aa  307  1.0000000000000001e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0538415  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3090  transport system permease protein  50.75 
 
 		 360 aa  302  5.000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4770  transport system permease protein  60.48 
 
 		 353 aa  292  7e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1695  transport system permease protein  47.78 
 
 		 354 aa  291  9e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.347986  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0026  transport system permease protein  46.74 
 
 		 331 aa  281  1e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1703  heme/hemin ABC transporter, permease protein  44.9 
 
 		 352 aa  279  6e-74  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2734  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  45.43 
 
 		 347 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000167037  hitchhiker  0.000165993 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0744  transport system permease protein  42.49 
 
 		 345 aa  265  1e-69  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.290337 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7623  ABC transporter membrane spanning protein (iron)  45.11 
 
 		 354 aa  254  1.0000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0798  transport system permease protein  51.5 
 
 		 343 aa  253  3e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.180919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2099  transport system permease protein  42.65 
 
 		 350 aa  252  8.000000000000001e-66  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1709  transport system permease protein  47.7 
 
 		 319 aa  244  9.999999999999999e-64  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1620  transport system permease protein  46.2 
 
 		 350 aa  244  9.999999999999999e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0443  transport system permease protein  40.7 
 
 		 355 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1094  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  36.9 
 
 		 373 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0044816  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  41.35 
 
 		 367 aa  234  2.0000000000000002e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  43.21 
 
 		 362 aa  230  3e-59  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0431  transport system permease protein  41.85 
 
 		 374 aa  229  4e-59  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1638  transport system permease protein  40.29 
 
 		 383 aa  229  5e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.250999  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1353  transport system permease protein  39.66 
 
 		 363 aa  223  3e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2634  iron chelate ABC transporter permease protein  42.73 
 
 		 352 aa  221  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000212766  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2719  transport system permease protein  42.73 
 
 		 352 aa  221  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000728456  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  34.37 
 
 		 360 aa  218  1e-55  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1186  transport system permease protein  46.5 
 
 		 369 aa  217  2e-55  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  38.11 
 
 		 354 aa  217  2.9999999999999998e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1089  hypothetical protein  40.14 
 
 		 355 aa  216  4e-55  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1217  transport system permease protein  43.08 
 
 		 362 aa  212  7.999999999999999e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00189959  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1041  transport system permease protein  44.41 
 
 		 301 aa  210  4e-53  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0758  transport system permease protein  38.7 
 
 		 344 aa  209  5e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0240676  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1194  transport system permease protein  38.66 
 
 		 357 aa  209  6e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0734  transport system permease protein  35.38 
 
 		 344 aa  207  2e-52  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000599785  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1623  iron(III) dicitrate transport system permease protein  39.14 
 
 		 356 aa  207  2e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0877318  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0408  transport system permease protein  32.66 
 
 		 348 aa  204  2e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.586002  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  37.46 
 
 		 357 aa  203  3e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1153  hypothetical protein  37.98 
 
 		 375 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0498  transport system permease protein  39.79 
 
 		 349 aa  200  3e-50  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0506043  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0429  transport system permease protein  35.03 
 
 		 348 aa  200  3e-50  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1491  transport system permease protein  32.38 
 
 		 348 aa  199  6e-50  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.105364  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2398  hypothetical protein  35.08 
 
 		 361 aa  199  9e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.384157 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2330  transport system permease protein  38.54 
 
 		 370 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.970298  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0250  transport system permease protein  34.78 
 
 		 340 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0247  transport system permease protein  36.93 
 
 		 359 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0151644  normal  0.610007 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1871  iron(III) dicitrate transport system permease protein  36.68 
 
 		 356 aa  194  2e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.71238  normal  0.187048 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0344  transport system permease protein  38.08 
 
 		 363 aa  192  5e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0274  transport system permease protein  38.18 
 
 		 358 aa  192  7e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00246015  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1048  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  40.42 
 
 		 336 aa  192  1e-47  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.522195  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0485  transport system permease protein  33.52 
 
 		 357 aa  191  2e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.644371  hitchhiker  0.000336075 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  39.33 
 
 		 370 aa  189  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1284  transport system permease protein  35.89 
 
 		 319 aa  186  6e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.348049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0290  transport system permease protein  39.32 
 
 		 361 aa  185  8e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.602088  normal  0.107419 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  38.46 
 
 		 334 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  38.46 
 
 		 334 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  38.46 
 
 		 334 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  38.98 
 
 		 347 aa  184  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1748  transport system permease protein  38.52 
 
 		 347 aa  183  3e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1652  transport system permease protein  39.32 
 
 		 357 aa  181  1e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2166  transport system permease protein  37.5 
 
 		 334 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.514643  normal  0.141154 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0445  transport system permease protein  39.62 
 
 		 336 aa  181  2e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0990  transport system permease protein  38.68 
 
 		 378 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3058  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  40.28 
 
 		 346 aa  178  1e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  38.17 
 
 		 371 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  39.02 
 
 		 370 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1283  transport system permease protein  41.02 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  38 
 
 		 366 aa  176  5e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  39.86 
 
 		 334 aa  176  6e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  39.86 
 
 		 334 aa  176  6e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  34.41 
 
 		 359 aa  176  6e-43  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  35.03 
 
 		 356 aa  175  9.999999999999999e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  38.6 
 
 		 354 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0494  transport system permease protein  40 
 
 		 336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.877978  normal  0.520418 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  40.21 
 
 		 363 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  35.6 
 
 		 354 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  40.35 
 
 		 315 aa  173  3.9999999999999995e-42  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  35.96 
 
 		 341 aa  173  3.9999999999999995e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  35.54 
 
 		 363 aa  173  5e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>