More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2568 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2568  transport system permease protein  100 
 
 		 344 aa  644    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0538415  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0282  transport system permease protein  54.93 
 
 		 371 aa  336  2.9999999999999997e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.669954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2425  transport system permease protein  56.57 
 
 		 356 aa  333  3e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0575  transport system permease protein  56.72 
 
 		 357 aa  329  4e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3610  transport system permease protein  56.14 
 
 		 360 aa  329  5.0000000000000004e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.137689 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1099  transport system permease protein  57.31 
 
 		 360 aa  319  5e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.122873  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2697  transport system permease protein  56.08 
 
 		 352 aa  316  3e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0794792  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3036  transport system permease protein  56.4 
 
 		 360 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3222  transport system permease protein  57.61 
 
 		 360 aa  311  7.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118278 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7104  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  57.83 
 
 		 360 aa  311  1e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4419  transport system permease protein  52.71 
 
 		 355 aa  310  2.9999999999999997e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347706 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1239  transport system permease protein  56.1 
 
 		 360 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2756  transport system permease protein  57.02 
 
 		 360 aa  308  5.9999999999999995e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00602737  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0920  ABC transporter permease  54.68 
 
 		 359 aa  307  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.421925 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0806  ABC transporter permease  54.09 
 
 		 359 aa  306  4.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.129539  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0897  ABC transporter permease  53.8 
 
 		 359 aa  305  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.660141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0834  ABC transporter permease  53.51 
 
 		 359 aa  304  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0865  ABC transporter permease  53.51 
 
 		 359 aa  304  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2668  iron chelate ABC transporter permease  56.72 
 
 		 360 aa  304  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1539  iron chelate ABC transporter permease  56.72 
 
 		 353 aa  304  2.0000000000000002e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.337435 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2750  transport system permease protein  56.72 
 
 		 360 aa  304  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2250  transport system permease protein  49.13 
 
 		 356 aa  298  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.235988 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3530  transport system permease protein  51.34 
 
 		 365 aa  298  1e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2028  transport system permease protein  49.13 
 
 		 356 aa  294  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1219  ABC transporter membrane spanning protein (iron)  51.76 
 
 		 360 aa  285  8e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.11373  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1703  heme/hemin ABC transporter, permease protein  41.57 
 
 		 352 aa  266  4e-70  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0466  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  43.19 
 
 		 347 aa  265  8e-70  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0026  transport system permease protein  45.7 
 
 		 331 aa  265  1e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1695  transport system permease protein  48.38 
 
 		 354 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.347986  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0744  transport system permease protein  43.73 
 
 		 345 aa  258  1e-67  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.290337 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4770  transport system permease protein  57.19 
 
 		 353 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7623  ABC transporter membrane spanning protein (iron)  46.02 
 
 		 354 aa  257  3e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3090  transport system permease protein  47.76 
 
 		 360 aa  255  8e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2734  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  42.2 
 
 		 347 aa  247  2e-64  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000167037  hitchhiker  0.000165993 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2634  iron chelate ABC transporter permease protein  41.76 
 
 		 352 aa  232  8.000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000212766  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2719  transport system permease protein  41.18 
 
 		 352 aa  229  7e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000728456  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  41.55 
 
 		 362 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0798  transport system permease protein  53.38 
 
 		 343 aa  222  6e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.180919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  41.98 
 
 		 367 aa  221  1.9999999999999999e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1620  transport system permease protein  43.84 
 
 		 350 aa  221  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2099  transport system permease protein  41.35 
 
 		 350 aa  218  1e-55  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  36.73 
 
 		 354 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1353  transport system permease protein  42.45 
 
 		 363 aa  210  2e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0443  transport system permease protein  37.21 
 
 		 355 aa  211  2e-53  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1194  transport system permease protein  37.46 
 
 		 357 aa  206  7e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1709  transport system permease protein  39.22 
 
 		 319 aa  205  7e-52  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1638  transport system permease protein  40.63 
 
 		 383 aa  205  7e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.250999  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1094  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  35.76 
 
 		 373 aa  205  1e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0044816  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0247  transport system permease protein  34.89 
 
 		 359 aa  203  4e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0151644  normal  0.610007 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0431  transport system permease protein  39.51 
 
 		 374 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1089  hypothetical protein  37.67 
 
 		 355 aa  200  3e-50  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0408  transport system permease protein  34.76 
 
 		 348 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.586002  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  39 
 
 		 357 aa  199  7.999999999999999e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1871  iron(III) dicitrate transport system permease protein  35.29 
 
 		 356 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.71238  normal  0.187048 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1491  transport system permease protein  35.47 
 
 		 348 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.105364  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2330  transport system permease protein  34.9 
 
 		 370 aa  196  3e-49  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.970298  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  34.63 
 
 		 360 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0429  transport system permease protein  36.99 
 
 		 348 aa  196  7e-49  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1217  transport system permease protein  41.5 
 
 		 362 aa  194  1e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00189959  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0498  transport system permease protein  36.28 
 
 		 349 aa  192  5e-48  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0506043  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1822  transport system permease protein  40.7 
 
 		 350 aa  192  7e-48  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0758  transport system permease protein  36.57 
 
 		 344 aa  192  9e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0240676  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0250  transport system permease protein  36.26 
 
 		 340 aa  191  2e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1186  transport system permease protein  39.21 
 
 		 369 aa  189  8e-47  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  36.75 
 
 		 359 aa  188  1e-46  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1623  iron(III) dicitrate transport system permease protein  38.4 
 
 		 356 aa  188  1e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0877318  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0734  transport system permease protein  36.45 
 
 		 344 aa  188  1e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000599785  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  39.71 
 
 		 452 aa  186  4e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  40.51 
 
 		 330 aa  186  7e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  41.07 
 
 		 347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  38.02 
 
 		 343 aa  182  7e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0274  transport system permease protein  37.79 
 
 		 358 aa  182  9.000000000000001e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00246015  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1153  hypothetical protein  35.91 
 
 		 375 aa  181  2e-44  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2398  hypothetical protein  34.4 
 
 		 361 aa  181  2e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.384157 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1048  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  38.91 
 
 		 336 aa  181  2e-44  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.522195  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0485  transport system permease protein  33.71 
 
 		 357 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.644371  hitchhiker  0.000336075 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1041  transport system permease protein  37.41 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2261  iron(III) ABC transporter, permease protein  38.87 
 
 		 343 aa  180  4e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.618819 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  35 
 
 		 368 aa  180  4e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2123  transport system permease protein  37.74 
 
 		 366 aa  179  4.999999999999999e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.24416  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0290  transport system permease protein  33.43 
 
 		 361 aa  179  7e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.602088  normal  0.107419 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  40.75 
 
 		 354 aa  178  1e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  40.42 
 
 		 367 aa  177  2e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2874  transport system permease protein  41.48 
 
 		 360 aa  177  2e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  41.32 
 
 		 330 aa  177  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  41.9 
 
 		 318 aa  177  3e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1546  ABC transporter, inner membrane subunit  38.14 
 
 		 387 aa  176  5e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  39.86 
 
 		 358 aa  176  5e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1116  ABC transporter permease  36.86 
 
 		 343 aa  176  5e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1652  transport system permease protein  42.76 
 
 		 340 aa  175  9e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1297  iron chelate ABC transporter permease protein  36.93 
 
 		 343 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0147613  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  36.64 
 
 		 345 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  39.88 
 
 		 371 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5389  transport system permease protein  39.03 
 
 		 346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0238432  normal  0.284357 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1473  iron(III) ABC transporter, permease protein  36.36 
 
 		 338 aa  173  3.9999999999999995e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  38.65 
 
 		 334 aa  172  6.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  38.65 
 
 		 334 aa  172  6.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  38.65 
 
 		 334 aa  172  6.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12518  iron(III) ABC transporter, permease protein, putative  35.31 
 
 		 340 aa  171  1e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  30.59 
 
 		 356 aa  171  2e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>