More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0732 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0732  transport system permease protein  100 
 
 		 341 aa  632  1e-180  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0630  transport system permease protein  92.33 
 
 		 341 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.317375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0794  transport system permease protein  88.56 
 
 		 341 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3048  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  75.95 
 
 		 358 aa  461  1e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3730  transport system permease protein  79.94 
 
 		 341 aa  427  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0085  transport system permease protein  81.09 
 
 		 349 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.813583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4254  transport system permease protein  79.25 
 
 		 329 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.325099 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2924  transport system permease protein  70.36 
 
 		 336 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0561377  normal  0.953611 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2065  transport system permease protein  55.42 
 
 		 332 aa  296  3e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1002  transport system permease protein  53.97 
 
 		 333 aa  289  5.0000000000000004e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.292434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0258  transport system permease protein  52.92 
 
 		 334 aa  256  3e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737096  normal  0.065439 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1384  transport system permease protein  55.23 
 
 		 329 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4384  transport system permease protein  52.81 
 
 		 331 aa  249  5e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.122979 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6079  transport system permease protein  49.84 
 
 		 348 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2404  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  54.3 
 
 		 329 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.716678  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1067  transport system permease protein  54.3 
 
 		 329 aa  241  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3152  transport system permease protein  49.83 
 
 		 346 aa  236  4e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2927  transport system permease protein  50 
 
 		 346 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.182505 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0490  transport system permease protein  53.14 
 
 		 333 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.176737  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3805  transport system permease protein  49.51 
 
 		 348 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1828  transport system permease protein  52.66 
 
 		 333 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8244  transport system permease protein  50.17 
 
 		 348 aa  231  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1345  iron compound ABC transporter, permease protein  52.6 
 
 		 333 aa  226  4e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1304  iron compound ABC transporter, permease protein  52.6 
 
 		 349 aa  226  4e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5678  transport system permease protein  50.17 
 
 		 342 aa  224  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0510  transport system permease protein  49.51 
 
 		 333 aa  216  5e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.531169 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2512  transport system permease protein  47.95 
 
 		 326 aa  213  3.9999999999999995e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2739  transport system permease protein  46.32 
 
 		 327 aa  212  5.999999999999999e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246804  normal  0.0883796 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1341  transport system permease protein  45.77 
 
 		 335 aa  198  1.0000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.925053  normal  0.253719 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3694  transport system permease protein  41.75 
 
 		 325 aa  189  7e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.326225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1121  transport system permease protein  39.65 
 
 		 372 aa  187  2e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0471477  hitchhiker  0.00000000101745 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0463  hemin permease  40.91 
 
 		 351 aa  187  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1214  transport system permease protein  43.25 
 
 		 342 aa  187  3e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  36.43 
 
 		 350 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1895  transport system permease protein  36.25 
 
 		 336 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00113354  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  35.14 
 
 		 330 aa  179  7e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  34.82 
 
 		 330 aa  178  1e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  42.04 
 
 		 338 aa  178  1e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  40.27 
 
 		 370 aa  176  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0179  transport system permease protein  39.7 
 
 		 326 aa  175  9.999999999999999e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1606  transport system permease protein  40.17 
 
 		 368 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000330558 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  35.74 
 
 		 367 aa  174  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  38.57 
 
 		 371 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  38.29 
 
 		 356 aa  173  3.9999999999999995e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  39.06 
 
 		 354 aa  172  5.999999999999999e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1431  transport system permease protein  38.25 
 
 		 312 aa  172  6.999999999999999e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5560  iron compound ABC transporter, permease protein  36.25 
 
 		 338 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5511  iron compound ABC transporter, permease protein  36.25 
 
 		 338 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3089  transport system permease protein  43.93 
 
 		 328 aa  172  7.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5505  iron compound ABC transporter, permease protein  36.47 
 
 		 338 aa  172  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5231  iron compound ABC transporter permease  36.25 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5062  iron compound ABC transporter, permease  36.25 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5079  iron compound ABC transporter, permease  35.95 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5630  iron compound ABC transporter permease protein  36.25 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  39.59 
 
 		 366 aa  171  2e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5474  iron compound ABC transporter, permease protein  36.25 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1188  transport system permease protein  49.26 
 
 		 320 aa  170  3e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  36.78 
 
 		 340 aa  170  3e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5446  iron compound ABC transporter, permease protein  36.17 
 
 		 338 aa  170  4e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1165  putative vitamin B12 transport system permease protein BtuC  35.85 
 
 		 328 aa  169  5e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.320828  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  33.44 
 
 		 337 aa  169  7e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  38.84 
 
 		 345 aa  168  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0583  transport system permease protein  33.54 
 
 		 331 aa  168  1e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.777741  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7223  transport system permease protein  38.68 
 
 		 351 aa  167  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  38.44 
 
 		 351 aa  167  2e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  35.52 
 
 		 343 aa  167  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  39.93 
 
 		 345 aa  167  2e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0734  transport system permease protein  35.38 
 
 		 344 aa  166  4e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000599785  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1194  transport system permease protein  38.49 
 
 		 357 aa  166  4e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0961  transport system permease protein  37.46 
 
 		 343 aa  166  5e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  35.96 
 
 		 347 aa  166  5e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1748  transport system permease protein  35.59 
 
 		 347 aa  166  5.9999999999999996e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0758  transport system permease protein  36.2 
 
 		 344 aa  165  8e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0240676  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  37.46 
 
 		 345 aa  166  8e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  38.46 
 
 		 368 aa  166  8e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2017  transport system permease protein  33.93 
 
 		 369 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3332  transport system permease protein  36.47 
 
 		 338 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2266  transport system permease protein  37.03 
 
 		 350 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1943  transport system permease protein  35.4 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1711  transport system permease protein  40.54 
 
 		 335 aa  164  3e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  40.41 
 
 		 358 aa  164  3e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  40.29 
 
 		 354 aa  164  3e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5175  transport system permease protein  35.47 
 
 		 338 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1594  transport system permease protein  32.25 
 
 		 344 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.511685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5521  transport system permease protein  39.37 
 
 		 341 aa  162  6e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4009  transport system permease protein  34.28 
 
 		 338 aa  162  9e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2222  transport system permease protein  33.65 
 
 		 346 aa  161  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.205591  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1473  iron(III) ABC transporter, permease protein  39.37 
 
 		 338 aa  161  1e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1986  transport system permease protein  38.67 
 
 		 340 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0250  transport system permease protein  35.85 
 
 		 340 aa  160  3e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4152  transport system permease protein  40.37 
 
 		 349 aa  160  3e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0212216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2552  transport system permease protein  37.54 
 
 		 363 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.822821  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0445  transport system permease protein  36.04 
 
 		 336 aa  160  3e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  36.62 
 
 		 318 aa  160  4e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  37.89 
 
 		 357 aa  160  4e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  39.02 
 
 		 363 aa  160  4e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3343  transport system permease protein  38.86 
 
 		 338 aa  159  7e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.300006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1049  transport system permease protein  38.55 
 
 		 338 aa  159  8e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.542405 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4683  iron compound ABC transporter, permease protein  34.8 
 
 		 352 aa  159  9e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.106219  hitchhiker  2.60339e-21 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  38.12 
 
 		 330 aa  159  9e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>