More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4384 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4384  transport system permease protein  100 
 
 		 331 aa  600  1e-170  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.122979 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1384  transport system permease protein  72.62 
 
 		 329 aa  344  1e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2404  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  72.85 
 
 		 329 aa  317  2e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.716678  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1067  transport system permease protein  72.85 
 
 		 329 aa  316  4e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2065  transport system permease protein  58.18 
 
 		 332 aa  307  2.0000000000000002e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1828  transport system permease protein  63 
 
 		 333 aa  296  2e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1345  iron compound ABC transporter, permease protein  63.8 
 
 		 333 aa  287  2e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1304  iron compound ABC transporter, permease protein  63.8 
 
 		 349 aa  286  2.9999999999999996e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0490  transport system permease protein  62.5 
 
 		 333 aa  272  6e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.176737  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3048  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  54.31 
 
 		 358 aa  269  5e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0630  transport system permease protein  52.62 
 
 		 341 aa  262  6e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.317375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1002  transport system permease protein  52.32 
 
 		 333 aa  258  9e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.292434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0794  transport system permease protein  52.92 
 
 		 341 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0732  transport system permease protein  52.37 
 
 		 341 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2924  transport system permease protein  53.35 
 
 		 336 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0561377  normal  0.953611 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6079  transport system permease protein  56.27 
 
 		 348 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3152  transport system permease protein  56.54 
 
 		 346 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2927  transport system permease protein  56.54 
 
 		 346 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.182505 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0258  transport system permease protein  57.14 
 
 		 334 aa  243  3e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737096  normal  0.065439 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2512  transport system permease protein  56.49 
 
 		 326 aa  239  4e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5678  transport system permease protein  53.04 
 
 		 342 aa  239  5e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3805  transport system permease protein  56.99 
 
 		 348 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8244  transport system permease protein  57.35 
 
 		 348 aa  238  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0510  transport system permease protein  52.54 
 
 		 333 aa  234  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.531169 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3730  transport system permease protein  51.98 
 
 		 341 aa  231  9e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0085  transport system permease protein  52.92 
 
 		 349 aa  225  8e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.813583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4254  transport system permease protein  52.63 
 
 		 329 aa  225  8e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.325099 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3694  transport system permease protein  48.62 
 
 		 325 aa  213  2.9999999999999995e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.326225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2739  transport system permease protein  48.75 
 
 		 327 aa  213  2.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246804  normal  0.0883796 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0463  hemin permease  47.67 
 
 		 351 aa  206  5e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  39.57 
 
 		 350 aa  205  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1341  transport system permease protein  50 
 
 		 335 aa  200  1.9999999999999998e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.925053  normal  0.253719 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  42.91 
 
 		 370 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1165  putative vitamin B12 transport system permease protein BtuC  35.85 
 
 		 328 aa  193  4e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.320828  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  42.43 
 
 		 338 aa  189  8e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  40.71 
 
 		 371 aa  188  9e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1895  transport system permease protein  36.59 
 
 		 336 aa  187  2e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00113354  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  38.87 
 
 		 343 aa  184  3e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1736  transport system permease protein  38.97 
 
 		 351 aa  181  1e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.914625  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  43.21 
 
 		 345 aa  181  1e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  37.69 
 
 		 366 aa  181  1e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  41.69 
 
 		 356 aa  181  2e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1214  transport system permease protein  42.76 
 
 		 342 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  40.65 
 
 		 452 aa  179  7e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1140  transport system permease protein  39.53 
 
 		 340 aa  176  6e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  40.89 
 
 		 354 aa  175  9.999999999999999e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  43.42 
 
 		 347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  43.94 
 
 		 370 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  34.04 
 
 		 337 aa  173  3.9999999999999995e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  42.4 
 
 		 358 aa  172  5.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0531  transport system permease protein  36.79 
 
 		 352 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00495047  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2735  ABC transporter membrane spanning protein (hemin)  42.15 
 
 		 361 aa  172  9e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4683  iron compound ABC transporter, permease protein  36.68 
 
 		 352 aa  171  1e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.106219  hitchhiker  2.60339e-21 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0672  iron compound ABC transporter, permease protein  36.79 
 
 		 352 aa  171  1e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.75136e-27 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0583  iron compound ABC transporter permease  36.79 
 
 		 352 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0527  iron(III) dicitrate ABC transporter, permease  36.79 
 
 		 352 aa  171  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000106314  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0527  iron(III) dicitrate ABC transporter, permease  36.79 
 
 		 352 aa  171  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0617  iron compound ABC transporter permease protein  36.79 
 
 		 352 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223529  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5389  transport system permease protein  40.29 
 
 		 346 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0238432  normal  0.284357 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0654  iron compound ABC transporter, permease protein  36.79 
 
 		 352 aa  170  3e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000513448  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0745  iron compound ABC transporter, permease protein  36.79 
 
 		 352 aa  169  4e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000514041  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  36.66 
 
 		 340 aa  170  4e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0685  iron compound ABC transporter, permease protein  36.48 
 
 		 352 aa  169  5e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  38.75 
 
 		 367 aa  169  5e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3089  transport system permease protein  49.28 
 
 		 328 aa  169  5e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  38.97 
 
 		 345 aa  169  6e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3257  iron ABC transporter, permease protein, putative  42.09 
 
 		 336 aa  169  7e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0747445  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1928  transport system permease protein  41.46 
 
 		 335 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0755913 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2134  transport system permease protein  40.42 
 
 		 357 aa  169  8e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0133047 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5231  iron compound ABC transporter permease  35.51 
 
 		 338 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5062  iron compound ABC transporter, permease  35.51 
 
 		 338 aa  167  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5079  iron compound ABC transporter, permease  35.51 
 
 		 338 aa  167  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3095  transport system permease protein  41.37 
 
 		 340 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838837  normal  0.544286 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5630  iron compound ABC transporter permease protein  35.51 
 
 		 338 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5474  iron compound ABC transporter, permease protein  35.51 
 
 		 338 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4080  transport system permease protein  42.5 
 
 		 347 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3246  iron compound ABC transporter, permease  34.92 
 
 		 338 aa  166  4e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000531171  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2274  transport system permease protein  41.07 
 
 		 346 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.687817  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5101  transport system permease protein  40.5 
 
 		 346 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00326561  normal  0.03131 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0809  putative ferrichrome ABC transporter, permease protein FhuG  33.86 
 
 		 337 aa  166  5e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0901321  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  38.33 
 
 		 318 aa  166  5e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3276  iron compound ABC transporter permease  34.92 
 
 		 338 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0883377  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3533  iron compound ABC transporter permease protein  34.92 
 
 		 338 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.447967  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3189  iron compound ABC transporter, permease  35.53 
 
 		 338 aa  165  8e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.260495  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  37.21 
 
 		 362 aa  165  8e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2600  transport system permease protein  41.73 
 
 		 346 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.630419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3490  iron compound ABC transporter, permease protein  34.6 
 
 		 338 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1735  transport system permease protein  38.26 
 
 		 347 aa  165  1.0000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  38.33 
 
 		 330 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0796  ferrichrome transport system, permease protein  33.54 
 
 		 337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.228796  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2123  transport system permease protein  41.96 
 
 		 366 aa  164  1.0000000000000001e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.24416  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5505  iron compound ABC transporter, permease protein  35.2 
 
 		 338 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  36.82 
 
 		 368 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1943  transport system permease protein  36.36 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5511  iron compound ABC transporter, permease protein  35.2 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1188  transport system permease protein  50 
 
 		 320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4223  transport system permease protein  40.14 
 
 		 346 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2740  transport system permease protein  35.71 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2981  transport system permease protein  39.65 
 
 		 353 aa  164  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.861253  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5175  transport system permease protein  35.83 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>