More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0258 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0258  transport system permease protein  100 
 
 		 334 aa  610  1e-173  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737096  normal  0.065439 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1002  transport system permease protein  69.76 
 
 		 333 aa  402  1e-111  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.292434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3048  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  54.29 
 
 		 358 aa  288  1e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2065  transport system permease protein  55.1 
 
 		 332 aa  281  1e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2924  transport system permease protein  55.18 
 
 		 336 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0561377  normal  0.953611 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0732  transport system permease protein  53.21 
 
 		 341 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0630  transport system permease protein  52.31 
 
 		 341 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.317375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0794  transport system permease protein  54.05 
 
 		 341 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6079  transport system permease protein  58.63 
 
 		 348 aa  252  7e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5678  transport system permease protein  54.34 
 
 		 342 aa  248  8e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1384  transport system permease protein  59.55 
 
 		 329 aa  246  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3805  transport system permease protein  58.99 
 
 		 348 aa  245  6.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8244  transport system permease protein  58.99 
 
 		 348 aa  245  9e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4384  transport system permease protein  56.91 
 
 		 331 aa  244  1.9999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.122979 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2739  transport system permease protein  53.57 
 
 		 327 aa  241  1e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246804  normal  0.0883796 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2927  transport system permease protein  57.55 
 
 		 346 aa  240  2e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.182505 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3152  transport system permease protein  57.19 
 
 		 346 aa  239  4e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3730  transport system permease protein  53.07 
 
 		 341 aa  239  5e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4254  transport system permease protein  52.32 
 
 		 329 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.325099 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1341  transport system permease protein  50.76 
 
 		 335 aa  231  1e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.925053  normal  0.253719 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0085  transport system permease protein  53.09 
 
 		 349 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.813583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2512  transport system permease protein  57.84 
 
 		 326 aa  224  2e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1067  transport system permease protein  57.05 
 
 		 329 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2404  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  57.05 
 
 		 329 aa  220  3e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.716678  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0510  transport system permease protein  54.48 
 
 		 333 aa  217  2e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.531169 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0490  transport system permease protein  59.09 
 
 		 333 aa  216  5e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.176737  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1345  iron compound ABC transporter, permease protein  56.68 
 
 		 333 aa  211  1e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1828  transport system permease protein  53.68 
 
 		 333 aa  211  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1304  iron compound ABC transporter, permease protein  56.68 
 
 		 349 aa  211  2e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0463  hemin permease  41.62 
 
 		 351 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1214  transport system permease protein  42.47 
 
 		 342 aa  181  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1188  transport system permease protein  51.64 
 
 		 320 aa  180  2.9999999999999997e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  39.12 
 
 		 350 aa  177  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3089  transport system permease protein  50.18 
 
 		 328 aa  173  2.9999999999999996e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0557  transport system permease protein  41.22 
 
 		 355 aa  169  7e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  39.93 
 
 		 345 aa  168  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1943  transport system permease protein  42.6 
 
 		 338 aa  165  8e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1895  transport system permease protein  36.04 
 
 		 336 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00113354  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3694  transport system permease protein  42.25 
 
 		 325 aa  164  3e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.326225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1431  transport system permease protein  39.66 
 
 		 312 aa  159  5e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  42.4 
 
 		 356 aa  158  1e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  39.66 
 
 		 366 aa  157  2e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1711  transport system permease protein  43.92 
 
 		 335 aa  156  4e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2740  transport system permease protein  35.31 
 
 		 333 aa  156  5.0000000000000005e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  36.34 
 
 		 345 aa  156  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2211  transport system permease protein  39.58 
 
 		 350 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  39.79 
 
 		 370 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0583  transport system permease protein  33.63 
 
 		 331 aa  154  2e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.777741  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1165  putative vitamin B12 transport system permease protein BtuC  35.62 
 
 		 328 aa  154  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.320828  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3104  iron compound ABC transporter, permease protein  41.61 
 
 		 359 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1075  putative iron transporter, membrane component  37.33 
 
 		 347 aa  154  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.803098  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  40 
 
 		 330 aa  152  8e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  36.81 
 
 		 345 aa  152  8.999999999999999e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  36.96 
 
 		 369 aa  152  1e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  35.35 
 
 		 330 aa  150  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003687  vitamin B12 ABC transporter permease component BtuC  38.65 
 
 		 337 aa  150  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1736  transport system permease protein  37.28 
 
 		 351 aa  149  5e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.914625  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  39.5 
 
 		 352 aa  149  6e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  35.02 
 
 		 367 aa  149  7e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  34.68 
 
 		 330 aa  149  7e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1121  transport system permease protein  36.04 
 
 		 372 aa  149  9e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0471477  hitchhiker  0.00000000101745 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0864  vtamin B12-transporter permease  42.55 
 
 		 335 aa  149  9e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1731  vtamin B12-transporter permease  39.93 
 
 		 351 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.334132 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  37.28 
 
 		 371 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  35.1 
 
 		 361 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  37.15 
 
 		 315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1468  vtamin B12-transporter permease  39.5 
 
 		 326 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3257  iron ABC transporter, permease protein, putative  38.73 
 
 		 336 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0747445  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1435  vtamin B12-transporter permease  39.5 
 
 		 326 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0354813 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2005  vtamin B12-transporter permease  39.5 
 
 		 326 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.509358 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2311  transport system permease protein  38.04 
 
 		 351 aa  147  3e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.156857 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1833  vtamin B12-transporter permease  39.5 
 
 		 326 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.342268  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  35.14 
 
 		 343 aa  146  5e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1755  heme transporter protein HuvC, transmembrane permease component  38.68 
 
 		 345 aa  146  6e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00487431  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1451  vtamin B12-transporter permease  39.15 
 
 		 326 aa  146  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1720  hypothetical protein  34.86 
 
 		 350 aa  145  6e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  36.73 
 
 		 368 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  39.31 
 
 		 367 aa  145  8.000000000000001e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  40.78 
 
 		 347 aa  145  8.000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  41.02 
 
 		 338 aa  145  8.000000000000001e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4080  transport system permease protein  39.16 
 
 		 347 aa  145  9e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5560  iron compound ABC transporter, permease protein  35.03 
 
 		 338 aa  145  9e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5511  iron compound ABC transporter, permease protein  35.03 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  39.06 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5231  iron compound ABC transporter permease  35.24 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5062  iron compound ABC transporter, permease  35.24 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3095  transport system permease protein  37.68 
 
 		 340 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838837  normal  0.544286 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5474  iron compound ABC transporter, permease protein  35.24 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5630  iron compound ABC transporter permease protein  35.24 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5505  iron compound ABC transporter, permease protein  35.03 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5521  transport system permease protein  39.72 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3915  transport system permease protein  41.75 
 
 		 360 aa  144  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.045675  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5079  iron compound ABC transporter, permease  35.24 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  40.48 
 
 		 452 aa  144  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5446  iron compound ABC transporter, permease protein  34.71 
 
 		 338 aa  143  3e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4223  transport system permease protein  37.41 
 
 		 346 aa  143  4e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2821  transport system permease protein  39.45 
 
 		 322 aa  143  4e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.141731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  35.42 
 
 		 355 aa  143  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0331  transport system permease protein  38.11 
 
 		 334 aa  143  5e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  38.72 
 
 		 330 aa  142  7e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0360927 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>