More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0490 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0490  transport system permease protein  100 
 
 		 333 aa  597  1e-170  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.176737  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1828  transport system permease protein  67.67 
 
 		 333 aa  330  2e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2065  transport system permease protein  60.38 
 
 		 332 aa  329  5.0000000000000004e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1345  iron compound ABC transporter, permease protein  69.11 
 
 		 333 aa  322  5e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1304  iron compound ABC transporter, permease protein  69.11 
 
 		 349 aa  321  9.000000000000001e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1384  transport system permease protein  67.31 
 
 		 329 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1067  transport system permease protein  66.89 
 
 		 329 aa  288  9e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2404  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  66.89 
 
 		 329 aa  287  1e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.716678  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4384  transport system permease protein  62.75 
 
 		 331 aa  288  1e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.122979 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1002  transport system permease protein  58.28 
 
 		 333 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.292434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6079  transport system permease protein  58.7 
 
 		 348 aa  276  3e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3048  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  53.67 
 
 		 358 aa  274  2.0000000000000002e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2924  transport system permease protein  54.95 
 
 		 336 aa  268  7e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0561377  normal  0.953611 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5678  transport system permease protein  57.29 
 
 		 342 aa  263  2e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3805  transport system permease protein  58.02 
 
 		 348 aa  263  2e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0794  transport system permease protein  53.92 
 
 		 341 aa  263  4e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8244  transport system permease protein  57.81 
 
 		 348 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0630  transport system permease protein  53.14 
 
 		 341 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.317375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2927  transport system permease protein  58.19 
 
 		 346 aa  260  3e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.182505 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3152  transport system permease protein  57.84 
 
 		 346 aa  259  4e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0732  transport system permease protein  52.53 
 
 		 341 aa  258  7e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0510  transport system permease protein  53.56 
 
 		 333 aa  249  6e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.531169 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0258  transport system permease protein  56.49 
 
 		 334 aa  238  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737096  normal  0.065439 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2512  transport system permease protein  56.61 
 
 		 326 aa  238  1e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3730  transport system permease protein  52.8 
 
 		 341 aa  235  7e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0085  transport system permease protein  52.96 
 
 		 349 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.813583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4254  transport system permease protein  53.99 
 
 		 329 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.325099 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2739  transport system permease protein  50.53 
 
 		 327 aa  220  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246804  normal  0.0883796 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1341  transport system permease protein  48.43 
 
 		 335 aa  209  6e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.925053  normal  0.253719 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  41.88 
 
 		 350 aa  204  2e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1895  transport system permease protein  36.59 
 
 		 336 aa  193  3e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00113354  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3694  transport system permease protein  46.24 
 
 		 325 aa  192  6e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.326225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  42.24 
 
 		 345 aa  189  7e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  40.75 
 
 		 371 aa  187  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  40.28 
 
 		 370 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  44.34 
 
 		 338 aa  182  5.0000000000000004e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1214  transport system permease protein  44.84 
 
 		 342 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1165  putative vitamin B12 transport system permease protein BtuC  36.02 
 
 		 328 aa  178  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.320828  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  42.2 
 
 		 347 aa  177  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  41.32 
 
 		 366 aa  176  4e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3089  transport system permease protein  48.61 
 
 		 328 aa  176  7e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1943  transport system permease protein  38.91 
 
 		 338 aa  174  9.999999999999999e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1392  transport system permease protein  46.81 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal  0.0461748 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0463  hemin permease  40.5 
 
 		 351 aa  172  5.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1121  transport system permease protein  40.29 
 
 		 372 aa  171  1e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0471477  hitchhiker  0.00000000101745 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  42.07 
 
 		 356 aa  171  1e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4080  transport system permease protein  43.42 
 
 		 347 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  42.35 
 
 		 358 aa  170  3e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2080  transport system permease protein  38.14 
 
 		 368 aa  170  3e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2222  transport system permease protein  37.31 
 
 		 346 aa  170  3e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.205591  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  40.2 
 
 		 352 aa  169  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  34.36 
 
 		 337 aa  169  5e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3915  transport system permease protein  43.06 
 
 		 332 aa  169  8e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.383173  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3712  transport system permease protein  42.6 
 
 		 318 aa  167  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3104  iron compound ABC transporter, permease protein  41.61 
 
 		 359 aa  167  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2600  transport system permease protein  44.48 
 
 		 346 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.630419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1361  transport system permease protein  45.89 
 
 		 357 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2981  transport system permease protein  42.31 
 
 		 353 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.861253  normal  0.24381 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04154  iron-dicitrate transporter subunit  42.6 
 
 		 318 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04117  hypothetical protein  42.6 
 
 		 318 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5079  iron compound ABC transporter, permease  35.2 
 
 		 338 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  39.24 
 
 		 348 aa  167  2.9999999999999998e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  37.78 
 
 		 351 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4865  iron-dicitrate transporter subunit FecD  42.6 
 
 		 318 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0740  iron-dicitrate transporter subunit FecD  42.6 
 
 		 318 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1711  transport system permease protein  43.38 
 
 		 335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0331  transport system permease protein  42.47 
 
 		 334 aa  166  4e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5474  iron compound ABC transporter, permease protein  35.2 
 
 		 338 aa  166  5e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5231  iron compound ABC transporter permease  35.2 
 
 		 338 aa  166  5e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5062  iron compound ABC transporter, permease  35.2 
 
 		 338 aa  166  5e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5630  iron compound ABC transporter permease protein  35.2 
 
 		 338 aa  166  5e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  40.93 
 
 		 354 aa  166  6.9999999999999995e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1188  transport system permease protein  48.35 
 
 		 320 aa  164  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2274  transport system permease protein  43.42 
 
 		 346 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.687817  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5101  transport system permease protein  41.07 
 
 		 346 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00326561  normal  0.03131 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  38.06 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  38.62 
 
 		 343 aa  164  3e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5560  iron compound ABC transporter, permease protein  34.89 
 
 		 338 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5505  iron compound ABC transporter, permease protein  34.58 
 
 		 338 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5511  iron compound ABC transporter, permease protein  34.89 
 
 		 338 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5446  iron compound ABC transporter, permease protein  34.58 
 
 		 338 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2163  transport system permease protein  37.63 
 
 		 336 aa  162  6e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1932  transport system permease protein  39.3 
 
 		 356 aa  161  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4223  transport system permease protein  41.84 
 
 		 346 aa  162  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5389  transport system permease protein  41.43 
 
 		 346 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0238432  normal  0.284357 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2735  ABC transporter membrane spanning protein (hemin)  42.04 
 
 		 361 aa  160  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7223  transport system permease protein  43.84 
 
 		 351 aa  161  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5563  hemin ABC transporter, permease protein, putative  42.6 
 
 		 346 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  35.59 
 
 		 368 aa  160  3e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1140  transport system permease protein  37.39 
 
 		 340 aa  160  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1731  vtamin B12-transporter permease  38.81 
 
 		 351 aa  160  4e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.334132 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  37.86 
 
 		 369 aa  160  4e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1075  putative iron transporter, membrane component  39.08 
 
 		 347 aa  159  5e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.803098  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1473  iron(III) ABC transporter, permease protein  38.38 
 
 		 338 aa  159  5e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4295  transport system permease protein  43.62 
 
 		 347 aa  159  5e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2211  transport system permease protein  36.81 
 
 		 350 aa  159  9e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  37.98 
 
 		 346 aa  159  9e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1606  transport system permease protein  41.38 
 
 		 368 aa  158  1e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000330558 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1625  vtamin B12-transporter permease  40.56 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2740  transport system permease protein  35.44 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>