More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1140 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1140  transport system permease protein  100 
 
 		 340 aa  663    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1165  putative vitamin B12 transport system permease protein BtuC  53.15 
 
 		 328 aa  340  2.9999999999999998e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.320828  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3381  transport system permease protein  42.94 
 
 		 351 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0875  transport system permease protein  41.67 
 
 		 368 aa  242  5e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3365  transport system permease protein  42.49 
 
 		 364 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1010  transport system permease protein  42.49 
 
 		 364 aa  242  9e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0976  transport system permease protein  42.2 
 
 		 385 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2962  transport system permease protein  42.46 
 
 		 375 aa  239  5e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0841  transport system permease protein  43.1 
 
 		 382 aa  237  2e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1034  iron-compound ABC transporter, permease protein  42.29 
 
 		 380 aa  236  4e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3279  transport system permease protein  42.33 
 
 		 381 aa  236  4e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3181  transport system permease protein  42.82 
 
 		 382 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4085  transport system permease protein  42.23 
 
 		 345 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3735  transport system permease protein  42.65 
 
 		 376 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.864655 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0761  iron-compound ABC transporter, permease protein  42.9 
 
 		 347 aa  232  6e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0713  transport system permease protein  42.39 
 
 		 347 aa  232  6e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2163  transport system permease protein  41.42 
 
 		 336 aa  227  2e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1117  transport system permease protein  44.25 
 
 		 349 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4564  transport system permease protein  42.39 
 
 		 340 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0591  transport system permease protein  39.66 
 
 		 336 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  43 
 
 		 352 aa  205  7e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5563  hemin ABC transporter, permease protein, putative  39.04 
 
 		 346 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21270  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  41.42 
 
 		 367 aa  196  4.0000000000000005e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.709289  normal  0.431946 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0562  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  39.29 
 
 		 348 aa  194  3e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2240  ABC transporter permease  46.6 
 
 		 343 aa  193  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.513081  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  38.14 
 
 		 334 aa  192  7e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3575  transport system permease protein  39.2 
 
 		 332 aa  189  4e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.202731  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5104  transport system permease protein  40.54 
 
 		 347 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2730  transport system permease protein  41 
 
 		 350 aa  187  3e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.524665  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  35.71 
 
 		 337 aa  186  4e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  36.87 
 
 		 341 aa  185  9e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26360  putative permease of ABC transporter  44.86 
 
 		 343 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  37.83 
 
 		 381 aa  182  9.000000000000001e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  38.8 
 
 		 361 aa  181  1e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2321  transport system permease protein  39.86 
 
 		 346 aa  179  8e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1425  iron(III) ABC transporter, permease protein  37.72 
 
 		 335 aa  175  8e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.01036  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  36.91 
 
 		 362 aa  174  9.999999999999999e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0173  transport system permease protein  36.18 
 
 		 336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.498895  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  42.91 
 
 		 351 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0250  transport system permease protein  38.05 
 
 		 340 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0185  transport system permease protein  35.9 
 
 		 337 aa  172  7.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5018  ABC transporter membrane spanning protein (iron (III))  38.18 
 
 		 327 aa  172  9e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2770  transport system permease protein  37.93 
 
 		 328 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.169159  normal  0.12894 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3915  transport system permease protein  36.34 
 
 		 360 aa  170  3e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.045675  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  39.48 
 
 		 358 aa  170  4e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  33.13 
 
 		 359 aa  169  6e-41  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2248  transport system permease protein  39.19 
 
 		 335 aa  169  6e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2033  iron compound ABC transporter, permease protein  43.54 
 
 		 352 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.409984  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3190  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  41.92 
 
 		 371 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1415  iron compound ABC transporter, permease protein  43.2 
 
 		 366 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4407  transport system permease protein  37 
 
 		 376 aa  168  1e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.257397  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1895  iron chelate ABC transporter permease protein  43.54 
 
 		 352 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.273368  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4080  transport system permease protein  39.66 
 
 		 347 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0881  iron chelate ABC transporter permease protein  41.92 
 
 		 371 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.626277  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1450  transport system permease protein  36.5 
 
 		 347 aa  167  2e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.320016  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  38.8 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3151  iron chelate ABC transporter permease protein  43.54 
 
 		 371 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2715  iron chelate ABC transporter permease protein  41.92 
 
 		 371 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  34.73 
 
 		 370 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  36.17 
 
 		 371 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  38.76 
 
 		 338 aa  166  4e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3206  FecCD-family membrane transporter protein  43.2 
 
 		 371 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0445  transport system permease protein  35.1 
 
 		 336 aa  166  8e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1290  hypothetical protein  37.66 
 
 		 350 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.385136 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  39.25 
 
 		 354 aa  164  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  35.03 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2740  transport system permease protein  31.8 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2233  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  34.46 
 
 		 339 aa  163  4.0000000000000004e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0722413  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  36.47 
 
 		 363 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2366  transport system permease protein  35.62 
 
 		 353 aa  162  7e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  34.73 
 
 		 330 aa  162  7e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  35.27 
 
 		 354 aa  162  9e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2261  iron(III) ABC transporter, permease protein  35.43 
 
 		 343 aa  162  9e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.618819 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  37.83 
 
 		 356 aa  162  9e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  32.52 
 
 		 368 aa  161  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  35.04 
 
 		 348 aa  161  1e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  37.05 
 
 		 363 aa  161  1e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  33.23 
 
 		 346 aa  160  2e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2061  transport system permease protein  32.3 
 
 		 337 aa  161  2e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0286946  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1720  hypothetical protein  34.52 
 
 		 350 aa  160  3e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0869  transport system permease protein  40.67 
 
 		 346 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.911028  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1350  transport system permease protein  40.67 
 
 		 346 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  39.38 
 
 		 334 aa  160  4e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  39.38 
 
 		 334 aa  160  4e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  35.37 
 
 		 357 aa  160  4e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  31.89 
 
 		 360 aa  159  6e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  35.14 
 
 		 345 aa  159  7e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0510  iron compounds ABC transporter, permease protein  35.69 
 
 		 339 aa  159  7e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  33.71 
 
 		 369 aa  159  9e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1194  transport system permease protein  32.58 
 
 		 357 aa  158  1e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  33.11 
 
 		 356 aa  158  1e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1871  iron(III) dicitrate transport system permease protein  33.75 
 
 		 356 aa  158  1e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.71238  normal  0.187048 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4492  ABC Fe3+ siderophore transporter, inner membrane subunit  40.4 
 
 		 346 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  35.08 
 
 		 347 aa  158  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1968  transport system permease protein  33.75 
 
 		 365 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  35.98 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0256  transport system permease protein  32.35 
 
 		 329 aa  157  2e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000493486  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1652  transport system permease protein  35.24 
 
 		 340 aa  157  2e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2222  transport system permease protein  35.31 
 
 		 346 aa  155  7e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.205591  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3883  transport system permease protein  39.42 
 
 		 353 aa  155  7e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.807545  normal  0.268982 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>