More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1361 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1361  transport system permease protein  100 
 
 		 357 aa  660    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2981  transport system permease protein  64.38 
 
 		 353 aa  402  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.861253  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3915  transport system permease protein  63.92 
 
 		 332 aa  391  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.383173  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3095  transport system permease protein  64.76 
 
 		 340 aa  388  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838837  normal  0.544286 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4080  transport system permease protein  64.49 
 
 		 347 aa  390  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3257  iron ABC transporter, permease protein, putative  63.86 
 
 		 336 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0747445  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0755  iron compound ABC transporter, permease protein  65.42 
 
 		 347 aa  375  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.239373  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0704  iron compound ABC transporter, permease protein  64.8 
 
 		 328 aa  372  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1928  transport system permease protein  62.66 
 
 		 335 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0755913 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2417  transport system permease protein  63.64 
 
 		 339 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3278  transport system permease protein  63.95 
 
 		 338 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2274  transport system permease protein  56.85 
 
 		 346 aa  338  8e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.687817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1137  transport system permease protein  62.58 
 
 		 342 aa  335  5e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2057  transport system permease protein  63.95 
 
 		 338 aa  335  7e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.441726  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2600  transport system permease protein  57.27 
 
 		 346 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.630419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3037  transport system permease protein  65.51 
 
 		 344 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3391  ABC Fe3+-siderophores transporter, inner membrane subunit  65.51 
 
 		 344 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.581639  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4223  transport system permease protein  59.05 
 
 		 346 aa  320  3e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5389  transport system permease protein  56.19 
 
 		 346 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0238432  normal  0.284357 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3206  transport system permease protein  54.68 
 
 		 345 aa  309  4e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.949015  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5101  transport system permease protein  55.24 
 
 		 346 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00326561  normal  0.03131 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1652  transport system permease protein  50.75 
 
 		 340 aa  294  1e-78  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0442  transport system permease protein  52.37 
 
 		 356 aa  268  8e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.168478 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2707  transport system permease protein  51.19 
 
 		 340 aa  261  8.999999999999999e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1609  transport system permease protein  50 
 
 		 338 aa  259  5.0000000000000005e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  39.5 
 
 		 369 aa  213  4.9999999999999996e-54  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  43.9 
 
 		 351 aa  207  2e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17620  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  47.58 
 
 		 354 aa  197  2.0000000000000003e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3915  transport system permease protein  40.37 
 
 		 360 aa  191  1e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.045675  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  36.64 
 
 		 334 aa  191  2e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0605  transport system permease protein  38.24 
 
 		 340 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2654  transport system permease protein  48.26 
 
 		 382 aa  190  4e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00408489  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  43.43 
 
 		 338 aa  189  5.999999999999999e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  35.63 
 
 		 346 aa  189  7e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21270  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  43.12 
 
 		 367 aa  189  7e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.709289  normal  0.431946 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2099  transport system permease protein  37.58 
 
 		 350 aa  189  9e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2321  transport system permease protein  40.12 
 
 		 346 aa  189  9e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  39.18 
 
 		 348 aa  183  4.0000000000000006e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4784  transport system permease protein  38.92 
 
 		 353 aa  182  5.0000000000000004e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  40.35 
 
 		 352 aa  182  7e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  35.91 
 
 		 350 aa  182  1e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2821  transport system permease protein  41.61 
 
 		 322 aa  181  2e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.141731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  42.52 
 
 		 381 aa  181  2.9999999999999997e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0417  transport system permease protein  41.72 
 
 		 344 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3883  transport system permease protein  44.14 
 
 		 353 aa  179  7e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.807545  normal  0.268982 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  38.25 
 
 		 363 aa  179  8e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0275  transport system permease protein  38.98 
 
 		 323 aa  179  9e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.395106  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3726  transport system permease protein  39.51 
 
 		 352 aa  178  1e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  37.23 
 
 		 363 aa  178  1e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1116  ABC transporter permease  33.53 
 
 		 343 aa  178  1e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2740  transport system permease protein  37.25 
 
 		 333 aa  179  1e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  33.43 
 
 		 330 aa  177  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3791  transport system permease protein  41.85 
 
 		 361 aa  176  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0929474  normal  0.935471 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  36.68 
 
 		 361 aa  176  6e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  37.72 
 
 		 370 aa  176  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  40.81 
 
 		 356 aa  176  7e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  39.93 
 
 		 315 aa  176  8e-43  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  38.46 
 
 		 371 aa  175  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1290  hypothetical protein  33.64 
 
 		 350 aa  175  9.999999999999999e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.385136 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1297  iron chelate ABC transporter permease protein  32.94 
 
 		 343 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0147613  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1425  iron(III) ABC transporter, permease protein  33.83 
 
 		 335 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.01036  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  33.03 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1121  transport system permease protein  37.14 
 
 		 372 aa  174  1.9999999999999998e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0471477  hitchhiker  0.00000000101745 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1577  transport system permease protein  42.71 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2730  transport system permease protein  41.25 
 
 		 350 aa  174  2.9999999999999996e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.524665  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1427  transport system permease protein  41.98 
 
 		 364 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.735096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4564  transport system permease protein  42.16 
 
 		 340 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2211  transport system permease protein  39.86 
 
 		 350 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  37.38 
 
 		 347 aa  171  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2583  transport system permease protein  41.38 
 
 		 373 aa  171  2e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3575  transport system permease protein  38.12 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.202731  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  31.12 
 
 		 337 aa  169  5e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3251  transport system permease protein  40 
 
 		 345 aa  169  6e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000970776  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  35.95 
 
 		 341 aa  169  8e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2233  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  33.73 
 
 		 339 aa  168  1e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0722413  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  36.27 
 
 		 360 aa  168  1e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0415  transport system permease protein  40 
 
 		 357 aa  168  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.920967 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2061  transport system permease protein  37.24 
 
 		 337 aa  168  1e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0286946  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2248  transport system permease protein  41.52 
 
 		 335 aa  167  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04380  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  43.73 
 
 		 389 aa  167  2e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  37.58 
 
 		 452 aa  167  2e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0557  transport system permease protein  36.23 
 
 		 355 aa  168  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1895  transport system permease protein  30.18 
 
 		 336 aa  166  4e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00113354  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  35.1 
 
 		 355 aa  167  4e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0534  transport system permease protein  30.75 
 
 		 334 aa  166  5.9999999999999996e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1943  transport system permease protein  40.07 
 
 		 338 aa  166  5.9999999999999996e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  35.28 
 
 		 315 aa  166  8e-40  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  39.24 
 
 		 334 aa  165  9e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  39.24 
 
 		 334 aa  165  9e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6328  transport system permease protein  40.8 
 
 		 334 aa  165  9e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.362244  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4276  transport system permease protein  39.61 
 
 		 368 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5563  hemin ABC transporter, permease protein, putative  35.96 
 
 		 346 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  34.35 
 
 		 366 aa  163  3e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2134  transport system permease protein  37.05 
 
 		 357 aa  163  5.0000000000000005e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0133047 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2240  ABC transporter permease  41.46 
 
 		 343 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.513081  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0591  transport system permease protein  37.73 
 
 		 336 aa  162  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  34.71 
 
 		 362 aa  162  7e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1214  transport system permease protein  35.14 
 
 		 342 aa  162  8.000000000000001e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  33.11 
 
 		 356 aa  162  9e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  37.61 
 
 		 370 aa  162  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>