More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2057 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2057  transport system permease protein  100 
 
 		 338 aa  634    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.441726  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2417  transport system permease protein  97.63 
 
 		 339 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3278  transport system permease protein  97.34 
 
 		 338 aa  547  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1928  transport system permease protein  94.57 
 
 		 335 aa  544  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0755913 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3257  iron ABC transporter, permease protein, putative  75.62 
 
 		 336 aa  451  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0747445  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3095  transport system permease protein  76.49 
 
 		 340 aa  449  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838837  normal  0.544286 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4080  transport system permease protein  66.77 
 
 		 347 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0755  iron compound ABC transporter, permease protein  68.45 
 
 		 347 aa  398  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.239373  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3915  transport system permease protein  66.56 
 
 		 332 aa  401  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.383173  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0704  iron compound ABC transporter, permease protein  68.14 
 
 		 328 aa  397  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2981  transport system permease protein  63.32 
 
 		 353 aa  389  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.861253  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1361  transport system permease protein  63.72 
 
 		 357 aa  367  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1137  transport system permease protein  67.11 
 
 		 342 aa  355  6.999999999999999e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2274  transport system permease protein  60.58 
 
 		 346 aa  352  4e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.687817  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2600  transport system permease protein  59.55 
 
 		 346 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.630419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4223  transport system permease protein  60.51 
 
 		 346 aa  340  2e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3037  transport system permease protein  68.47 
 
 		 344 aa  332  5e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3391  ABC Fe3+-siderophores transporter, inner membrane subunit  68.47 
 
 		 344 aa  332  5e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.581639  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1652  transport system permease protein  56.07 
 
 		 340 aa  309  4e-83  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3206  transport system permease protein  53.19 
 
 		 345 aa  306  3e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.949015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5389  transport system permease protein  52.77 
 
 		 346 aa  290  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0238432  normal  0.284357 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5101  transport system permease protein  52.44 
 
 		 346 aa  288  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00326561  normal  0.03131 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2707  transport system permease protein  53.72 
 
 		 340 aa  281  8.000000000000001e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0442  transport system permease protein  54.43 
 
 		 356 aa  270  2e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.168478 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1609  transport system permease protein  51.45 
 
 		 338 aa  268  8e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  43.81 
 
 		 369 aa  221  9.999999999999999e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  47.48 
 
 		 351 aa  218  1e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0605  transport system permease protein  47.84 
 
 		 340 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2654  transport system permease protein  52.33 
 
 		 382 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00408489  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17620  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  47.77 
 
 		 354 aa  212  5.999999999999999e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21270  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  44.58 
 
 		 367 aa  211  2e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.709289  normal  0.431946 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  41.69 
 
 		 348 aa  199  6e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  38.8 
 
 		 345 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  38.65 
 
 		 334 aa  196  5.000000000000001e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  41.1 
 
 		 381 aa  194  3e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  42.32 
 
 		 358 aa  191  2e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4564  transport system permease protein  45.08 
 
 		 340 aa  189  5e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  38.12 
 
 		 352 aa  189  8e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1290  hypothetical protein  34.68 
 
 		 350 aa  189  8e-47  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.385136 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0557  transport system permease protein  42.27 
 
 		 355 aa  188  9e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  44.64 
 
 		 356 aa  188  9e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23970  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  49.66 
 
 		 369 aa  188  1e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.597722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2099  transport system permease protein  37.89 
 
 		 350 aa  187  1e-46  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3915  transport system permease protein  40 
 
 		 360 aa  187  2e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.045675  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  44.01 
 
 		 363 aa  187  3e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4784  transport system permease protein  43.31 
 
 		 353 aa  187  3e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3381  transport system permease protein  38.24 
 
 		 351 aa  187  3e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  44.01 
 
 		 363 aa  186  5e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1116  ABC transporter permease  34.71 
 
 		 343 aa  185  8e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2821  transport system permease protein  43.79 
 
 		 322 aa  185  1.0000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.141731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  38.03 
 
 		 337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1427  transport system permease protein  46.91 
 
 		 364 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.735096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3883  transport system permease protein  43.38 
 
 		 353 aa  182  6e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.807545  normal  0.268982 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3726  transport system permease protein  40.69 
 
 		 352 aa  182  6e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  34.48 
 
 		 360 aa  182  6e-45  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  40.12 
 
 		 355 aa  182  6e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  44.01 
 
 		 334 aa  182  9.000000000000001e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  44.01 
 
 		 334 aa  182  9.000000000000001e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1121  transport system permease protein  38.99 
 
 		 372 aa  181  1e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0471477  hitchhiker  0.00000000101745 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2583  transport system permease protein  45.67 
 
 		 373 aa  181  2e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1297  iron chelate ABC transporter permease protein  33.33 
 
 		 343 aa  181  2e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0147613  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2740  transport system permease protein  39.16 
 
 		 333 aa  180  2e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  35.03 
 
 		 361 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  34.43 
 
 		 356 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2080  transport system permease protein  39.51 
 
 		 368 aa  179  8e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  40 
 
 		 371 aa  178  9e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  41.28 
 
 		 315 aa  178  1e-43  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0761  iron-compound ABC transporter, permease protein  42.23 
 
 		 347 aa  178  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2240  ABC transporter permease  42.22 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.513081  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  36.81 
 
 		 362 aa  177  2e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2321  transport system permease protein  42.12 
 
 		 346 aa  177  2e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3251  transport system permease protein  40.31 
 
 		 345 aa  177  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000970776  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2211  transport system permease protein  38.28 
 
 		 350 aa  176  4e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3791  transport system permease protein  43.3 
 
 		 361 aa  176  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0929474  normal  0.935471 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0534  transport system permease protein  34.47 
 
 		 334 aa  176  5e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3575  transport system permease protein  42.19 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.202731  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  42.69 
 
 		 338 aa  176  5e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0417  transport system permease protein  39.29 
 
 		 344 aa  176  5e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2123  transport system permease protein  39.71 
 
 		 366 aa  176  8e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.24416  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4085  transport system permease protein  38.84 
 
 		 345 aa  175  9e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2061  transport system permease protein  38.43 
 
 		 337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0286946  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  38.89 
 
 		 346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2730  transport system permease protein  43.65 
 
 		 350 aa  174  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.524665  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  41.52 
 
 		 354 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0881  corrinoid ABC transporter permease  39.94 
 
 		 380 aa  173  2.9999999999999996e-42  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  40.75 
 
 		 370 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  35.59 
 
 		 330 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  35.59 
 
 		 330 aa  173  5e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  37.12 
 
 		 357 aa  172  6.999999999999999e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1094  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  32.81 
 
 		 373 aa  172  6.999999999999999e-42  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0044816  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1300  transport system permease protein  51.8 
 
 		 348 aa  172  6.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  35.65 
 
 		 350 aa  172  6.999999999999999e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26360  putative permease of ABC transporter  42.54 
 
 		 343 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04380  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  43.9 
 
 		 389 aa  171  1e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2366  transport system permease protein  36.72 
 
 		 353 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  39.05 
 
 		 354 aa  171  2e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  38.06 
 
 		 354 aa  170  3e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4500  transport system permease protein  40.06 
 
 		 363 aa  170  4e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.744299  normal  0.246741 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0498  transport system permease protein  34.69 
 
 		 349 aa  170  4e-41  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0506043  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1871  iron(III) dicitrate transport system permease protein  34.81 
 
 		 356 aa  169  6e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.71238  normal  0.187048 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>