More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2417 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2417  transport system permease protein  100 
 
 		 339 aa  639    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3278  transport system permease protein  98.82 
 
 		 338 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1928  transport system permease protein  93.61 
 
 		 335 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0755913 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2057  transport system permease protein  97.63 
 
 		 338 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.441726  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3257  iron ABC transporter, permease protein, putative  73.75 
 
 		 336 aa  442  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0747445  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3095  transport system permease protein  74.92 
 
 		 340 aa  444  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838837  normal  0.544286 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4080  transport system permease protein  65.51 
 
 		 347 aa  403  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3915  transport system permease protein  65.59 
 
 		 332 aa  396  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.383173  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0755  iron compound ABC transporter, permease protein  67.19 
 
 		 347 aa  393  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.239373  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0704  iron compound ABC transporter, permease protein  66.88 
 
 		 328 aa  392  1e-108  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2981  transport system permease protein  63.01 
 
 		 353 aa  389  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.861253  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1361  transport system permease protein  63.41 
 
 		 357 aa  369  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2274  transport system permease protein  60.26 
 
 		 346 aa  349  4e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.687817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1137  transport system permease protein  65.77 
 
 		 342 aa  348  7e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2600  transport system permease protein  58.92 
 
 		 346 aa  346  3e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.630419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4223  transport system permease protein  59.55 
 
 		 346 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3037  transport system permease protein  66.88 
 
 		 344 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3391  ABC Fe3+-siderophores transporter, inner membrane subunit  66.88 
 
 		 344 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.581639  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1652  transport system permease protein  55.45 
 
 		 340 aa  309  4e-83  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3206  transport system permease protein  52.57 
 
 		 345 aa  304  1.0000000000000001e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.949015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5389  transport system permease protein  52.12 
 
 		 346 aa  290  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0238432  normal  0.284357 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5101  transport system permease protein  52.12 
 
 		 346 aa  288  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00326561  normal  0.03131 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2707  transport system permease protein  51.12 
 
 		 340 aa  281  2e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0442  transport system permease protein  54.43 
 
 		 356 aa  271  9e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.168478 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1609  transport system permease protein  50.8 
 
 		 338 aa  269  5e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  43.6 
 
 		 369 aa  219  3.9999999999999997e-56  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  46.76 
 
 		 351 aa  216  5e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2654  transport system permease protein  53.05 
 
 		 382 aa  215  9e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00408489  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17620  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  48.17 
 
 		 354 aa  213  3.9999999999999995e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0605  transport system permease protein  46.91 
 
 		 340 aa  211  1e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21270  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  43.96 
 
 		 367 aa  209  5e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.709289  normal  0.431946 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  39.33 
 
 		 334 aa  199  3.9999999999999996e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  38.49 
 
 		 345 aa  195  9e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  40.91 
 
 		 348 aa  195  1e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  40.8 
 
 		 381 aa  194  3e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4564  transport system permease protein  45.08 
 
 		 340 aa  191  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  41.64 
 
 		 358 aa  191  2e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  44.22 
 
 		 356 aa  191  2e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3915  transport system permease protein  40 
 
 		 360 aa  189  4e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.045675  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23970  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  46.46 
 
 		 369 aa  189  5e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.597722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0557  transport system permease protein  38.96 
 
 		 355 aa  189  7e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2099  transport system permease protein  37.58 
 
 		 350 aa  187  2e-46  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  41.07 
 
 		 352 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4784  transport system permease protein  43.66 
 
 		 353 aa  186  4e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  43.66 
 
 		 363 aa  186  5e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  38.38 
 
 		 337 aa  186  7e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1121  transport system permease protein  39.58 
 
 		 372 aa  186  7e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0471477  hitchhiker  0.00000000101745 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1116  ABC transporter permease  34.71 
 
 		 343 aa  185  8e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  43.66 
 
 		 363 aa  185  8e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  34.8 
 
 		 360 aa  185  9e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1427  transport system permease protein  46.3 
 
 		 364 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.735096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1290  hypothetical protein  34.81 
 
 		 350 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.385136 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3381  transport system permease protein  37.93 
 
 		 351 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2821  transport system permease protein  42.86 
 
 		 322 aa  185  1.0000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.141731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0761  iron-compound ABC transporter, permease protein  40.64 
 
 		 347 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2583  transport system permease protein  45.36 
 
 		 373 aa  182  5.0000000000000004e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3883  transport system permease protein  43.08 
 
 		 353 aa  182  7e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.807545  normal  0.268982 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1297  iron chelate ABC transporter permease protein  34.3 
 
 		 343 aa  181  1e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0147613  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  43.66 
 
 		 334 aa  181  2e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  43.66 
 
 		 334 aa  181  2e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  41.26 
 
 		 315 aa  181  2e-44  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2240  ABC transporter permease  42.54 
 
 		 343 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.513081  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2740  transport system permease protein  38.81 
 
 		 333 aa  181  2e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3726  transport system permease protein  39.66 
 
 		 352 aa  181  2e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  34.74 
 
 		 361 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2321  transport system permease protein  41.45 
 
 		 346 aa  179  4.999999999999999e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  39.22 
 
 		 355 aa  179  4.999999999999999e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2080  transport system permease protein  39.33 
 
 		 368 aa  178  1e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  34.13 
 
 		 356 aa  177  2e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3791  transport system permease protein  43.64 
 
 		 361 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0929474  normal  0.935471 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  37.94 
 
 		 362 aa  177  2e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  39.1 
 
 		 346 aa  177  2e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3251  transport system permease protein  39.69 
 
 		 345 aa  177  3e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000970776  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  41.52 
 
 		 354 aa  176  5e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2211  transport system permease protein  37.2 
 
 		 350 aa  176  5e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  39.18 
 
 		 371 aa  176  7e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0534  transport system permease protein  34.47 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2061  transport system permease protein  38.08 
 
 		 337 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0286946  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3575  transport system permease protein  41.56 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.202731  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4085  transport system permease protein  38.53 
 
 		 345 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26360  putative permease of ABC transporter  42.86 
 
 		 343 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0417  transport system permease protein  38.51 
 
 		 344 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  35.59 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  35.59 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  42.2 
 
 		 338 aa  173  3.9999999999999995e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1094  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  32.81 
 
 		 373 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0044816  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04380  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  43.5 
 
 		 389 aa  173  5e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0881  corrinoid ABC transporter permease  39.09 
 
 		 380 aa  172  5.999999999999999e-42  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  35.47 
 
 		 350 aa  172  7.999999999999999e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1010  transport system permease protein  37.13 
 
 		 364 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3735  transport system permease protein  37.35 
 
 		 376 aa  171  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.864655 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2730  transport system permease protein  42.96 
 
 		 350 aa  171  1e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.524665  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2123  transport system permease protein  39.13 
 
 		 366 aa  171  1e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.24416  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3365  transport system permease protein  37.13 
 
 		 364 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  38.7 
 
 		 370 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0976  transport system permease protein  36.52 
 
 		 385 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  38.29 
 
 		 347 aa  170  3e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  36.81 
 
 		 357 aa  169  4e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2366  transport system permease protein  36.75 
 
 		 353 aa  169  4e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1300  transport system permease protein  50.72 
 
 		 348 aa  169  5e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>