More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3735 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3735  transport system permease protein  100 
 
 		 376 aa  726    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.864655 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4085  transport system permease protein  76.19 
 
 		 345 aa  520  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0976  transport system permease protein  70.79 
 
 		 385 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3365  transport system permease protein  70.51 
 
 		 364 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1010  transport system permease protein  70.51 
 
 		 364 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3381  transport system permease protein  70.86 
 
 		 351 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2962  transport system permease protein  70.2 
 
 		 375 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1034  iron-compound ABC transporter, permease protein  69.27 
 
 		 380 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3181  transport system permease protein  70.39 
 
 		 382 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3279  transport system permease protein  69.55 
 
 		 381 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0841  transport system permease protein  69.64 
 
 		 382 aa  457  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0875  transport system permease protein  64.42 
 
 		 368 aa  435  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0713  transport system permease protein  66.48 
 
 		 347 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1117  transport system permease protein  62.72 
 
 		 349 aa  363  3e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0761  iron-compound ABC transporter, permease protein  55.06 
 
 		 347 aa  361  1e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2163  transport system permease protein  47.69 
 
 		 336 aa  293  4e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1165  putative vitamin B12 transport system permease protein BtuC  41.19 
 
 		 328 aa  246  4e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.320828  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4564  transport system permease protein  44.51 
 
 		 340 aa  246  6.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1140  transport system permease protein  42.65 
 
 		 340 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5563  hemin ABC transporter, permease protein, putative  41.06 
 
 		 346 aa  233  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0591  transport system permease protein  38.26 
 
 		 336 aa  227  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2240  ABC transporter permease  42.77 
 
 		 343 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.513081  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  42.43 
 
 		 334 aa  218  1e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3575  transport system permease protein  41.11 
 
 		 332 aa  217  2e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.202731  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26360  putative permease of ABC transporter  42.48 
 
 		 343 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0562  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  42.67 
 
 		 348 aa  209  9e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  41.25 
 
 		 381 aa  208  1e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5104  transport system permease protein  41.32 
 
 		 347 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  38.28 
 
 		 352 aa  206  5e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  39.43 
 
 		 341 aa  205  8e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  43.81 
 
 		 351 aa  200  3.9999999999999996e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2770  transport system permease protein  42.38 
 
 		 328 aa  200  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.169159  normal  0.12894 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0173  transport system permease protein  42.77 
 
 		 336 aa  196  7e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.498895  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0185  transport system permease protein  43.09 
 
 		 337 aa  195  9e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  36.44 
 
 		 362 aa  194  2e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4492  ABC Fe3+ siderophore transporter, inner membrane subunit  38.38 
 
 		 346 aa  192  7e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  36.15 
 
 		 360 aa  192  1e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2730  transport system permease protein  38.94 
 
 		 350 aa  190  2.9999999999999997e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.524665  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 		 356 aa  189  8e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  37.57 
 
 		 370 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5018  ABC transporter membrane spanning protein (iron (III))  39.07 
 
 		 327 aa  188  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  36.97 
 
 		 346 aa  187  3e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0869  transport system permease protein  36.54 
 
 		 346 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.911028  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1350  transport system permease protein  36.54 
 
 		 346 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1332  transport system permease protein  36.89 
 
 		 346 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.200312 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1609  transport system permease protein  37.96 
 
 		 338 aa  186  4e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21270  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  38.89 
 
 		 367 aa  186  4e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.709289  normal  0.431946 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1415  iron compound ABC transporter, permease protein  36.27 
 
 		 366 aa  186  7e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  38.48 
 
 		 354 aa  186  7e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1638  transport system permease protein  39.89 
 
 		 383 aa  185  9e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.250999  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1194  transport system permease protein  39.31 
 
 		 357 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1290  hypothetical protein  37.36 
 
 		 350 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.385136 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0845  transport system permease protein  37.5 
 
 		 322 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  35.11 
 
 		 367 aa  183  4.0000000000000006e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  38.91 
 
 		 357 aa  183  5.0000000000000004e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3190  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  36.05 
 
 		 371 aa  182  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1217  transport system permease protein  40.63 
 
 		 362 aa  182  6e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00189959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1425  iron(III) ABC transporter, permease protein  36.31 
 
 		 335 aa  182  8.000000000000001e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.01036  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0546  transport system permease protein  40.11 
 
 		 334 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3915  transport system permease protein  38.08 
 
 		 360 aa  182  1e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.045675  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2715  iron chelate ABC transporter permease protein  35.79 
 
 		 371 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3151  iron chelate ABC transporter permease protein  35.79 
 
 		 371 aa  182  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3206  FecCD-family membrane transporter protein  36.05 
 
 		 371 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4784  transport system permease protein  36.15 
 
 		 353 aa  182  1e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3726  transport system permease protein  38.01 
 
 		 352 aa  181  1e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0881  iron chelate ABC transporter permease protein  35.79 
 
 		 371 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.626277  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0868  transport system permease protein  37.18 
 
 		 322 aa  182  1e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2707  transport system permease protein  38.81 
 
 		 340 aa  181  2e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  34.58 
 
 		 371 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  36.95 
 
 		 363 aa  180  4e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1895  iron chelate ABC transporter permease protein  35.83 
 
 		 352 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.273368  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2033  iron compound ABC transporter, permease protein  35.83 
 
 		 352 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.409984  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3791  transport system permease protein  41.33 
 
 		 361 aa  179  8e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0929474  normal  0.935471 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  34.97 
 
 		 315 aa  179  8e-44  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1652  transport system permease protein  34.99 
 
 		 340 aa  179  9e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  36.11 
 
 		 363 aa  178  1e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  35.36 
 
 		 361 aa  178  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  35.65 
 
 		 369 aa  177  3e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0250  transport system permease protein  37.54 
 
 		 340 aa  177  4e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0605  transport system permease protein  38.89 
 
 		 340 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  33.33 
 
 		 350 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1153  hypothetical protein  36.69 
 
 		 375 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0498  transport system permease protein  35.61 
 
 		 349 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0506043  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2654  transport system permease protein  40.12 
 
 		 382 aa  174  2.9999999999999996e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00408489  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  35.8 
 
 		 355 aa  174  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  37.18 
 
 		 370 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4080  transport system permease protein  36.71 
 
 		 347 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3323  transport system permease protein  40 
 
 		 343 aa  173  3.9999999999999995e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.355798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2398  hypothetical protein  35.21 
 
 		 361 aa  173  5e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.384157 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0256  transport system permease protein  32.86 
 
 		 329 aa  173  5e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000493486  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  36.54 
 
 		 348 aa  172  1e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3883  transport system permease protein  40 
 
 		 353 aa  171  2e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.807545  normal  0.268982 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0252  transport system permease protein  38.64 
 
 		 312 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0443  transport system permease protein  36.18 
 
 		 355 aa  171  2e-41  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3257  iron ABC transporter, permease protein, putative  35.57 
 
 		 336 aa  170  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0747445  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  37.08 
 
 		 358 aa  170  4e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0758  transport system permease protein  36.93 
 
 		 344 aa  170  4e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0240676  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1353  transport system permease protein  35.42 
 
 		 363 aa  170  5e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  38.16 
 
 		 334 aa  169  6e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  32.35 
 
 		 330 aa  169  6e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>