More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4085 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4085  transport system permease protein  100 
 
 		 345 aa  670    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3735  transport system permease protein  77.98 
 
 		 376 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.864655 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3381  transport system permease protein  75 
 
 		 351 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1034  iron-compound ABC transporter, permease protein  67.6 
 
 		 380 aa  449  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3365  transport system permease protein  67.51 
 
 		 364 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1010  transport system permease protein  67.51 
 
 		 364 aa  451  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2962  transport system permease protein  68.31 
 
 		 375 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0976  transport system permease protein  68.02 
 
 		 385 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0841  transport system permease protein  67.88 
 
 		 382 aa  432  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3181  transport system permease protein  68.44 
 
 		 382 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3279  transport system permease protein  67.51 
 
 		 381 aa  428  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0875  transport system permease protein  62.13 
 
 		 368 aa  421  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0713  transport system permease protein  67.86 
 
 		 347 aa  412  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0761  iron-compound ABC transporter, permease protein  60.42 
 
 		 347 aa  373  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1117  transport system permease protein  65.85 
 
 		 349 aa  366  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2163  transport system permease protein  50 
 
 		 336 aa  295  9e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1165  putative vitamin B12 transport system permease protein BtuC  43.67 
 
 		 328 aa  249  4e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.320828  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4564  transport system permease protein  46.73 
 
 		 340 aa  247  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1140  transport system permease protein  42.23 
 
 		 340 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0591  transport system permease protein  41.05 
 
 		 336 aa  232  9e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5563  hemin ABC transporter, permease protein, putative  42.77 
 
 		 346 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2240  ABC transporter permease  45.09 
 
 		 343 aa  220  3e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.513081  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3575  transport system permease protein  41.91 
 
 		 332 aa  218  2e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.202731  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  42.94 
 
 		 381 aa  216  2.9999999999999998e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  41.52 
 
 		 341 aa  214  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26360  putative permease of ABC transporter  44.72 
 
 		 343 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  43.55 
 
 		 334 aa  211  2e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0173  transport system permease protein  44.12 
 
 		 336 aa  209  7e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.498895  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0562  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  43.97 
 
 		 348 aa  206  5e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0185  transport system permease protein  43.82 
 
 		 337 aa  206  5e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5104  transport system permease protein  42.06 
 
 		 347 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1609  transport system permease protein  40.61 
 
 		 338 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  37.81 
 
 		 362 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2770  transport system permease protein  43.94 
 
 		 328 aa  199  5e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.169159  normal  0.12894 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  46.07 
 
 		 351 aa  199  6e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  36.65 
 
 		 352 aa  196  5.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2730  transport system permease protein  38.89 
 
 		 350 aa  193  3e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.524665  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  36.39 
 
 		 356 aa  193  3e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  38.97 
 
 		 370 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4784  transport system permease protein  37.65 
 
 		 353 aa  191  1e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5018  ABC transporter membrane spanning protein (iron (III))  41.09 
 
 		 327 aa  191  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3190  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  42.61 
 
 		 371 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  40.53 
 
 		 361 aa  187  2e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1425  iron(III) ABC transporter, permease protein  36.83 
 
 		 335 aa  187  2e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.01036  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2707  transport system permease protein  40.38 
 
 		 340 aa  187  2e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0881  iron chelate ABC transporter permease protein  42.27 
 
 		 371 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.626277  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2715  iron chelate ABC transporter permease protein  42.27 
 
 		 371 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2033  iron compound ABC transporter, permease protein  42.27 
 
 		 352 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.409984  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1895  iron chelate ABC transporter permease protein  42.27 
 
 		 352 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.273368  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3151  iron chelate ABC transporter permease protein  42.27 
 
 		 371 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3206  FecCD-family membrane transporter protein  42.27 
 
 		 371 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1652  transport system permease protein  38.37 
 
 		 340 aa  186  5e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1332  transport system permease protein  38.14 
 
 		 346 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.200312 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1415  iron compound ABC transporter, permease protein  38.15 
 
 		 366 aa  186  6e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  36.9 
 
 		 369 aa  185  1.0000000000000001e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  36.65 
 
 		 360 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21270  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  38.89 
 
 		 367 aa  185  1.0000000000000001e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.709289  normal  0.431946 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4492  ABC Fe3+ siderophore transporter, inner membrane subunit  37.75 
 
 		 346 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3323  transport system permease protein  42.86 
 
 		 343 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.355798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  36.09 
 
 		 367 aa  183  4.0000000000000006e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  38.02 
 
 		 346 aa  182  6e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0250  transport system permease protein  37.28 
 
 		 340 aa  182  7e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1290  hypothetical protein  40.42 
 
 		 350 aa  182  7e-45  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.385136 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0546  transport system permease protein  40.65 
 
 		 334 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  36.55 
 
 		 371 aa  182  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  36.9 
 
 		 363 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0252  transport system permease protein  36.25 
 
 		 312 aa  180  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  35.61 
 
 		 354 aa  179  4e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0869  transport system permease protein  37.54 
 
 		 346 aa  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.911028  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1350  transport system permease protein  37.54 
 
 		 346 aa  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4080  transport system permease protein  37.93 
 
 		 347 aa  179  5.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  36.34 
 
 		 363 aa  179  9e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3726  transport system permease protein  38.34 
 
 		 352 aa  178  1e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0442  transport system permease protein  39.13 
 
 		 356 aa  177  2e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.168478 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  38.19 
 
 		 315 aa  177  2e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  32.84 
 
 		 337 aa  177  2e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0868  transport system permease protein  37.78 
 
 		 322 aa  176  4e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0845  transport system permease protein  37.78 
 
 		 322 aa  176  4e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3791  transport system permease protein  41.18 
 
 		 361 aa  176  6e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0929474  normal  0.935471 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1491  transport system permease protein  37.01 
 
 		 348 aa  176  6e-43  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.105364  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  35.24 
 
 		 355 aa  176  7e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1638  transport system permease protein  39.22 
 
 		 383 aa  175  9e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.250999  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3257  iron ABC transporter, permease protein, putative  36.58 
 
 		 336 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0747445  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  37.58 
 
 		 348 aa  174  1.9999999999999998e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  33.71 
 
 		 350 aa  174  2.9999999999999996e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  38.74 
 
 		 370 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3095  transport system permease protein  37.76 
 
 		 340 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838837  normal  0.544286 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0408  transport system permease protein  37.61 
 
 		 348 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.586002  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3883  transport system permease protein  41.26 
 
 		 353 aa  173  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.807545  normal  0.268982 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0039  transport system permease protein  34.93 
 
 		 336 aa  173  5e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00235157  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0256  transport system permease protein  35.95 
 
 		 329 aa  173  5e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000493486  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  37.76 
 
 		 358 aa  172  5.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0429  transport system permease protein  38.31 
 
 		 348 aa  172  7.999999999999999e-42  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0605  transport system permease protein  40.12 
 
 		 340 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2321  transport system permease protein  35.33 
 
 		 346 aa  171  1e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  37.23 
 
 		 357 aa  171  1e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3915  transport system permease protein  37.15 
 
 		 360 aa  171  2e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.045675  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2654  transport system permease protein  40.18 
 
 		 382 aa  171  2e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00408489  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  34.38 
 
 		 345 aa  171  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  38.49 
 
 		 315 aa  170  3e-41  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>