260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00875 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00875  ornithine cyclodeaminase protein  100 
 
 		 340 aa  700    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0180159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1116  ornithine cyclodeaminase  78.24 
 
 		 355 aa  531  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00262553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0589  ornithine cyclodeaminase  65.27 
 
 		 337 aa  462  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6949  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  61.47 
 
 		 336 aa  427  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0108  ornithine cyclodeaminase  58.61 
 
 		 336 aa  420  1e-116  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00211883  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0104  ornithine cyclodeaminase  58.61 
 
 		 336 aa  420  1e-116  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0246437  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3763  ornithine cyclodeaminase  30.27 
 
 		 383 aa  151  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.249055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1590  ornithine cyclodeaminase  29.19 
 
 		 379 aa  144  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0367  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  31.91 
 
 		 333 aa  142  9.999999999999999e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0432436 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0978  Ornithine cyclodeaminase  29.94 
 
 		 330 aa  138  2e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.311273 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0801  ornithine cyclodeaminase  29.43 
 
 		 325 aa  137  4e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.272961  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3168  ornithine cyclodeaminase  31.09 
 
 		 411 aa  136  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0461  ornithine cyclodeaminase  26.42 
 
 		 382 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3516  ornithine cyclodeaminase  28.3 
 
 		 379 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179563  normal  0.283604 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4593  ornithine cyclodeaminase  26.3 
 
 		 373 aa  134  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0238  L-alanine dehydrogenase  33.33 
 
 		 319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0990  ornithine cyclodeaminase  28.62 
 
 		 325 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.7286400000000005e-62 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1840  ornithine cyclodeaminase  27.52 
 
 		 379 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.199847 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3082  ornithine cyclodeaminase  31.44 
 
 		 329 aa  132  6.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653828 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0800  ornithine cyclodeaminase  28.62 
 
 		 325 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0803  ornithine cyclodeaminase  28.62 
 
 		 325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0854  ornithine cyclodeaminase  28.28 
 
 		 325 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0902  ornithine cyclodeaminase  28.28 
 
 		 325 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.350786  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4418  Ornithine cyclodeaminase  28.96 
 
 		 331 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.405243  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0995  ornithine cyclodeaminase  28.28 
 
 		 325 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1274  alanine dehydrogenase  28.66 
 
 		 326 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_140  ornithine cyclodeaminase  29.38 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1083  ornithine cyclodeaminase  28 
 
 		 325 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0192  ornithine cyclodeaminase  27.81 
 
 		 316 aa  125  7e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0057728  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0944  ornithine cyclodeaminase  27.95 
 
 		 325 aa  125  7e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00286859  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2639  Ornithine cyclodeaminase  30.16 
 
 		 320 aa  125  8.000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.436683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1864  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  31.05 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3192  alanine dehydrogenase  29.73 
 
 		 326 aa  122  7e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.897841  hitchhiker  0.00412741 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1206  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  29.69 
 
 		 341 aa  122  7e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0713  alanine dehydrogenase  30.03 
 
 		 324 aa  120  3e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4387  ornithine cyclodeaminase  29.63 
 
 		 325 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.196038  hitchhiker  2.3288500000000002e-24 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2752  Ornithine cyclodeaminase  31.6 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000954732  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3660  Ornithine cyclodeaminase  27.22 
 
 		 331 aa  118  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1709  Ornithine cyclodeaminase  30.13 
 
 		 327 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3075  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  32.31 
 
 		 344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3081  Ornithine cyclodeaminase  27.97 
 
 		 329 aa  114  3e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.305858  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2960  pyridoxal-phosphate dependent enzyme family/ornithine cyclodeaminase family protein  28.62 
 
 		 707 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.76325  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2042  ornithine cyclodeaminase  28.36 
 
 		 324 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.234067  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2745  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit:ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  27.65 
 
 		 685 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.278132  normal  0.0380808 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4059  Ornithine cyclodeaminase  29.64 
 
 		 329 aa  110  3e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1919  ornithine cyclodeaminase  28.91 
 
 		 336 aa  110  5e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000355793  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0275  ornithine cyclodeaminase  28.91 
 
 		 336 aa  110  5e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.631235  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2974  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  29.55 
 
 		 334 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3596  ornithine cyclodeaminase  29.33 
 
 		 328 aa  108  2e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1184  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  26.57 
 
 		 334 aa  107  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0433932  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1163  ornithine cyclodeaminase  30.74 
 
 		 341 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0765  putative ornithine cyclodeaminase  31.46 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000110452  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5200  ornithine cyclodeaminase  30.34 
 
 		 337 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.65234  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1673  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  27.44 
 
 		 337 aa  103  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1639  Ornithine cyclodeaminase  26.38 
 
 		 338 aa  103  5e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0721  Ornithine cyclodeaminase  25.66 
 
 		 318 aa  102  8e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13720  predicted ornithine cyclodeaminase, mu-crystallin  26.55 
 
 		 340 aa  102  8e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1923  Ornithine cyclodeaminase  28.78 
 
 		 332 aa  102  1e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3942  Ornithine cyclodeaminase  29.22 
 
 		 342 aa  101  1e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3083  ornithine cyclodeaminase  28.93 
 
 		 344 aa  102  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0208  ornithine cyclodeaminase  28.62 
 
 		 345 aa  101  2e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.118382  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3876  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  29.7 
 
 		 335 aa  100  5e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0804038  normal  0.0484159 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1111  Ornithine cyclodeaminase  26.77 
 
 		 328 aa  99.4  9e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00600131  unclonable  0.0000000383135 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1883  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  28.75 
 
 		 341 aa  97.8  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.224909  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04330  predicted ornithine cyclodeaminase, mu-crystallin  29.92 
 
 		 328 aa  97.1  4e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.861698 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0439  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  26.51 
 
 		 351 aa  95.9  9e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.25136 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1731  ornithine cyclodeaminase  29.32 
 
 		 354 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.734503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3909  ornithine cyclodeaminase  27.71 
 
 		 326 aa  94  3e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263994  normal  0.077542 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1891  ornithine cyclodeaminase  28.34 
 
 		 354 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.529227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4637  ornithine cyclodeaminase  29.41 
 
 		 348 aa  94  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0589367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2173  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  28.37 
 
 		 346 aa  93.6  5e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3771  ornithine cyclodeaminase  28.57 
 
 		 365 aa  93.2  5e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3998  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  23.94 
 
 		 321 aa  92.8  7e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1976  Ornithine cyclodeaminase  29.15 
 
 		 350 aa  92.4  9e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.100827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3534  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  28.57 
 
 		 328 aa  91.3  2e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.492943  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1536  Ornithine cyclodeaminase  29.14 
 
 		 333 aa  90.9  3e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2104  Ornithine cyclodeaminase  26.69 
 
 		 359 aa  90.5  3e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06630  ornithine cyclodeaminase  30.8 
 
 		 340 aa  90.9  3e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.859061  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1163  ornithine cyclodeaminase  27.21 
 
 		 318 aa  90.5  4e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1351  ornithine cyclodeaminase  29.06 
 
 		 326 aa  90.1  5e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0591538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1041  ornithine cyclodeaminase  29.19 
 
 		 329 aa  89.4  8e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.726287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2946  ornithine cyclodeaminase  28.29 
 
 		 358 aa  89  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.914602 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0340  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  26.73 
 
 		 344 aa  88.6  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1795  ornithine cyclodeaminase  26.71 
 
 		 366 aa  87.8  2e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.419928  normal  0.0318754 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0365  Ornithine cyclodeaminase  28.57 
 
 		 328 aa  88.2  2e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.230413  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1004  ornithine cyclodeaminase  26.49 
 
 		 313 aa  88.2  2e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0342377  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3361  ornithine cyclodeaminase  30.04 
 
 		 317 aa  85.5  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2867  ornithine cyclodeaminase  28.75 
 
 		 320 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2097  ornithine cyclodeaminase  26.95 
 
 		 316 aa  85.5  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00174569  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3303  Ornithine cyclodeaminase  27.99 
 
 		 353 aa  85.5  0.000000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1928  ornithine cyclodeaminase  26.47 
 
 		 324 aa  84.3  0.000000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1386  ornithine cyclodeaminase  29.41 
 
 		 320 aa  84.7  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4602  ornithine cyclodeaminase  26.71 
 
 		 365 aa  84.7  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0978  ornithine cyclodeaminase  26.97 
 
 		 333 aa  84.7  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.553397  normal  0.242292 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2120  hypothetical protein  26.26 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3170  ornithine cyclodeaminase  26.32 
 
 		 315 aa  84  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0844  ornithine cyclodeaminase  29.03 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0899  ornithine cyclodeaminase  25.09 
 
 		 341 aa  83.6  0.000000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4824  putative ornithine cyclodeaminase  27.47 
 
 		 326 aa  83.6  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0411643  normal  0.294021 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2310  ornithine cyclodeaminase  25.9 
 
 		 357 aa  83.6  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>