More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2960 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2960  pyridoxal-phosphate dependent enzyme family/ornithine cyclodeaminase family protein  100 
 
 
707 aa  1451    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.76325  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2745  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit:ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  85.43 
 
 
685 aa  1213    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.278132  normal  0.0380808 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1206  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  52.69 
 
 
341 aa  349  9e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1207  cysteine synthase  58.68 
 
 
322 aa  347  5e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.243759  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0339  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  49.52 
 
 
330 aa  325  2e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.793635 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0340  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  48.67 
 
 
344 aa  311  2e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1672  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.79 
 
 
330 aa  305  2.0000000000000002e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1673  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  48.01 
 
 
337 aa  288  2e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3071  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  51.55 
 
 
363 aa  288  2.9999999999999996e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.178624  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3075  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  48.24 
 
 
344 aa  270  8.999999999999999e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1884  Cysteine synthase  47.26 
 
 
333 aa  265  2e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.171295  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1883  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  47.34 
 
 
341 aa  258  4e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.224909  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0366  cysteine synthase  43.23 
 
 
340 aa  231  2e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0500011 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11413  putative cysteine synthase  38.62 
 
 
325 aa  228  3e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.63655  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0107  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.34 
 
 
326 aa  228  4e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000822794  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0103  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.34 
 
 
326 aa  228  4e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000135752  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3877  Cysteine synthase  40.26 
 
 
338 aa  224  6e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00690211  normal  0.0462514 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0417  cysteine synthase A protein  40.7 
 
 
338 aa  215  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0440499  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6948  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.07 
 
 
333 aa  213  7e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1864  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  42.01 
 
 
332 aa  213  7e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1117  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, subunit beta  39.72 
 
 
341 aa  213  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000129584  normal  0.764642 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0590  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.35 
 
 
336 aa  212  2e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1863  cysteine synthase  37.89 
 
 
340 aa  205  3e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4292  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.73 
 
 
364 aa  182  2e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.713465  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3876  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  41.32 
 
 
335 aa  180  8e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0804038  normal  0.0484159 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2538  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.98 
 
 
352 aa  179  2e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.655107 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0367  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  40.74 
 
 
333 aa  167  5e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0432436 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0203  cysteine synthase  33.91 
 
 
372 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000292068  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4716  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  33.61 
 
 
388 aa  164  7e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3752  putative cysteine synthase (O-acetylserine sulfhydrylase) (O-acetylserine (thiol)-lyase) (CSase)  35.29 
 
 
351 aa  160  6e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0264452  normal  0.188869 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4197  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.91 
 
 
369 aa  157  6e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4263  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.91 
 
 
369 aa  157  6e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.651474  normal  0.919062 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1462  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.19 
 
 
371 aa  155  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.867609  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4424  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.91 
 
 
369 aa  156  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.343092  normal  0.282187 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1444  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.19 
 
 
371 aa  155  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.784398  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4156  cystathionine beta-synthase  31.49 
 
 
461 aa  155  2.9999999999999998e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.884438 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3210  cysteine synthase A  34.48 
 
 
319 aa  154  4e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.112501  normal  0.950187 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4560  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.16 
 
 
393 aa  153  1e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1438  cysteine synthase A  33.33 
 
 
305 aa  151  5e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5856  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.52 
 
 
368 aa  150  6e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.977841  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1022  cysteine synthase A  35.2 
 
 
310 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0422971  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2500  cystathionine beta-synthase (acetylserine-dependent)  32.85 
 
 
315 aa  149  1.0000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08106  putative cystathionine beta-synthase  29.94 
 
 
345 aa  149  2.0000000000000003e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.434389  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0899  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.21 
 
 
371 aa  149  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1829  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  29.01 
 
 
333 aa  148  3e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0936757  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12358  cysteine synthase A cysK1  37.19 
 
 
310 aa  148  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2427  cysteine synthase  38.38 
 
 
309 aa  148  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00952791  normal  0.186456 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0771  cysteine synthase A  32.45 
 
 
312 aa  146  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0633  putative cysteine synthase (O-acetylserine sulfhydrylase) (O-acetylserine (Thiol)-lyase) (CSase)  33.11 
 
 
336 aa  146  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.343914  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0154  cysteine synthase K/M/A  34.41 
 
 
307 aa  146  1e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000054726  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1560  cystathionine beta-synthase (acetylserine-dependent)  33.46 
 
 
302 aa  145  2e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.180171  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_94354  predicted protein  31.27 
 
 
387 aa  145  2e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.25713  hitchhiker  0.00194835 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3903  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.24 
 
 
338 aa  145  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1822  cysteine synthase A  32.48 
 
 
302 aa  144  4e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.470327  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4907  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  31.4 
 
 
479 aa  145  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1150  cysteine synthase A  32.78 
 
 
312 aa  144  7e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.197095  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1311  cysteine synthase  35.11 
 
 
302 aa  144  8e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.933049  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2678  cysteine synthase  33.22 
 
 
318 aa  143  8e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4971  Cysteine synthase-like protein  32.29 
 
 
379 aa  143  9e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.551978  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1770  cystathionine beta-synthase  32.12 
 
 
456 aa  143  9e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00709311  hitchhiker  0.000202602 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00130  cystathionine beta-synthase  30.38 
 
 
326 aa  143  9.999999999999999e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1632  cysteine synthase A  29.31 
 
 
349 aa  143  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2901  cysteine synthase  31.67 
 
 
317 aa  143  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.151909 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4743  cysteine synthase  34.46 
 
 
305 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0170  cysteine synthase family protein  28.57 
 
 
302 aa  142  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1927  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  29.39 
 
 
453 aa  141  3e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2316  cysteine synthase  29.31 
 
 
349 aa  142  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0964  cysteine synthase  35.56 
 
 
320 aa  141  3.9999999999999997e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00274794  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0787  cystathionine beta-synthase  30.48 
 
 
454 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40993  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2600  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  31.21 
 
 
465 aa  140  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0422691  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1558  cysteine synthase  33.97 
 
 
309 aa  139  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10865  cysteine synthase A cysK2  33.1 
 
 
372 aa  139  1e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109257 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05220  cystathionine beta-synthase  32.05 
 
 
457 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0499  cystathionine beta-synthase  32.05 
 
 
457 aa  139  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5829  cystathionine beta-synthase  28.79 
 
 
458 aa  139  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.454339 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3400  cysteine synthase  35.56 
 
 
313 aa  139  2e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2557  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  30.46 
 
 
346 aa  139  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1476  cysteine synthase A  32.42 
 
 
324 aa  139  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0170  cysteine synthase A  30.03 
 
 
304 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00475319  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1255  cysteine synthase B  30.97 
 
 
312 aa  138  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.152363  hitchhiker  0.00382615 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2364  cysteine synthase  34.72 
 
 
310 aa  138  4e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.174971  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1557  cysteine synthase  29.39 
 
 
349 aa  137  5e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_953  cysteine synthase  34.74 
 
 
320 aa  137  5e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000343054  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3085  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  29.64 
 
 
307 aa  137  5e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.520498  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1654  cysteine synthase B  30.97 
 
 
299 aa  137  9e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0738123  normal  0.776685 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4064  cysteine synthase B  30.84 
 
 
312 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.606315  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02123  cysteine synthase A  31.97 
 
 
319 aa  136  9.999999999999999e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3697  cysteine synthase B  31.27 
 
 
313 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.703798  hitchhiker  0.00106032 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0488  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  29.11 
 
 
456 aa  136  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3684  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.65 
 
 
347 aa  136  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0717  cysteine synthase A  31.79 
 
 
321 aa  135  1.9999999999999998e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.00067142  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1840  cysteine synthase  33.57 
 
 
311 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000292185  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2365  cysteine synthase  34.27 
 
 
322 aa  135  1.9999999999999998e-30  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2581  cysteine synthase A  34.72 
 
 
309 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1615  cysteine synthase A  30.62 
 
 
308 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2677  cysteine synthase A  34.72 
 
 
309 aa  135  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.601381  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3846  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  30.34 
 
 
459 aa  135  3e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.692652  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2603  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  32.17 
 
 
378 aa  135  3e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.908423  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0081  cysteine synthase A  32.86 
 
 
301 aa  135  3e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.130263  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4128  cysteine synthase  36.1 
 
 
310 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>