More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_0339 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_0339  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  100 
 
 
330 aa  685    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.793635 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1672  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  49.51 
 
 
330 aa  327  1.0000000000000001e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2960  pyridoxal-phosphate dependent enzyme family/ornithine cyclodeaminase family protein  49.52 
 
 
707 aa  325  9e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.76325  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2745  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit:ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  49.68 
 
 
685 aa  322  5e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.278132  normal  0.0380808 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1207  cysteine synthase  49.51 
 
 
322 aa  318  6e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.243759  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3071  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.25 
 
 
363 aa  256  5e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.178624  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1884  Cysteine synthase  42.36 
 
 
333 aa  252  7e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.171295  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0366  cysteine synthase  38.38 
 
 
340 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0500011 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3877  Cysteine synthase  39.31 
 
 
338 aa  212  9e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00690211  normal  0.0462514 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0103  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.44 
 
 
326 aa  206  4e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000135752  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0107  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.44 
 
 
326 aa  206  4e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000822794  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11413  putative cysteine synthase  33.33 
 
 
325 aa  205  8e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.63655  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6948  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.7 
 
 
333 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1117  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, subunit beta  33.65 
 
 
341 aa  203  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000129584  normal  0.764642 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0417  cysteine synthase A protein  35.66 
 
 
338 aa  192  6e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0440499  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0590  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.92 
 
 
336 aa  188  1e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1863  cysteine synthase  37.54 
 
 
340 aa  187  2e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4292  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.99 
 
 
364 aa  178  1e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.713465  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2600  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  32.27 
 
 
465 aa  153  5e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0422691  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0787  cystathionine beta-synthase  34.46 
 
 
454 aa  151  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40993  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2538  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.56 
 
 
352 aa  150  3e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.655107 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05220  cystathionine beta-synthase  31.53 
 
 
457 aa  149  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0203  cysteine synthase  31.12 
 
 
372 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000292068  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0488  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  30.45 
 
 
456 aa  148  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0499  cystathionine beta-synthase  31.53 
 
 
457 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5856  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  31.67 
 
 
368 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.977841  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4156  cystathionine beta-synthase  28.53 
 
 
461 aa  146  5e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.884438 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1822  cysteine synthase A  32.56 
 
 
302 aa  145  1e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.470327  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4716  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  33.93 
 
 
388 aa  144  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03155  cystathionine beta-synthase  31.11 
 
 
464 aa  143  4e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.140599  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3248  cystathionine beta-synthase  30.65 
 
 
479 aa  143  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.564607 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1444  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.17 
 
 
371 aa  142  6e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.784398  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1462  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.17 
 
 
371 aa  142  6e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.867609  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1627  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  32.8 
 
 
455 aa  142  7e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000745759 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4560  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  31.67 
 
 
393 aa  142  7e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4653  cysteine synthase  30.13 
 
 
306 aa  142  7e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.518003  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3280  cysteine synthase A  30.79 
 
 
302 aa  142  9.999999999999999e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3752  putative cysteine synthase (O-acetylserine sulfhydrylase) (O-acetylserine (thiol)-lyase) (CSase)  30.63 
 
 
351 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0264452  normal  0.188869 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0899  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.17 
 
 
371 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2500  cystathionine beta-synthase (acetylserine-dependent)  30.2 
 
 
315 aa  140  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4907  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  31.65 
 
 
479 aa  140  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4971  Cysteine synthase-like protein  31.21 
 
 
379 aa  140  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.551978  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0633  putative cysteine synthase (O-acetylserine sulfhydrylase) (O-acetylserine (Thiol)-lyase) (CSase)  32.18 
 
 
336 aa  140  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.343914  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3903  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  30.67 
 
 
338 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1560  cystathionine beta-synthase (acetylserine-dependent)  29.93 
 
 
302 aa  137  2e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.180171  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2603  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  31.21 
 
 
378 aa  137  2e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.908423  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0170  cysteine synthase family protein  29.24 
 
 
302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1927  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  27.69 
 
 
453 aa  135  7.000000000000001e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2557  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  26.91 
 
 
346 aa  135  9e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4422  cystathionine beta-synthase  29.58 
 
 
455 aa  135  9.999999999999999e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4424  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  29.89 
 
 
369 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.343092  normal  0.282187 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4197  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  29.89 
 
 
369 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4263  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  29.89 
 
 
369 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.651474  normal  0.919062 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3684  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  31.4 
 
 
347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1442  cysteine synthase  31.39 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.593251 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3378  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  30.74 
 
 
461 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.19393  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1557  cysteine synthase  28.62 
 
 
349 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3445  cysteine synthase A  31.07 
 
 
305 aa  134  3e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3300  cystathionine beta-synthase  30.87 
 
 
464 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0908  cystathionine beta-synthase  32.48 
 
 
469 aa  133  3.9999999999999996e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1228  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  29.9 
 
 
302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1770  cystathionine beta-synthase  30.35 
 
 
456 aa  132  5e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00709311  hitchhiker  0.000202602 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1632  cysteine synthase A  28 
 
 
349 aa  132  6e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2678  cysteine synthase  29.56 
 
 
318 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3442  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  30.51 
 
 
461 aa  132  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0178  cysteine synthase A  31.68 
 
 
316 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0627608  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1633  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  29.94 
 
 
456 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10865  cysteine synthase A cysK2  28.29 
 
 
372 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109257 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1311  cysteine synthase  30.53 
 
 
302 aa  130  3e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.933049  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1704  cystathionine beta-synthase  29.62 
 
 
456 aa  130  3e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2316  cysteine synthase  28 
 
 
349 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3706  cystathionine beta-synthase  27.59 
 
 
459 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0478  cysteine synthases  28.48 
 
 
773 aa  129  5.0000000000000004e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00249553  hitchhiker  0.000140585 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3718  cystathionine beta-synthase  30.94 
 
 
463 aa  129  5.0000000000000004e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000446047  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3846  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  26.73 
 
 
459 aa  129  6e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2762  cystathionine beta-synthase  31.48 
 
 
461 aa  129  6e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00303095 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23060  cysteine synthase A  31.19 
 
 
305 aa  129  7.000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000228532  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2240  cysteine synthase B  28.43 
 
 
297 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4297  cysteine synthase  31.39 
 
 
321 aa  129  7.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1899  cysteine synthase B  28.29 
 
 
295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.512952  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3846  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  27.36 
 
 
459 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.692652  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0865  cysteine synthase  29.03 
 
 
306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1087  cysteine synthase  28.34 
 
 
303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.542203  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3763  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  26.42 
 
 
459 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1434  Cysteine synthase  28.53 
 
 
453 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.700608 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0797  cysteine synthase B  29.04 
 
 
299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1534  cysteine synthase A  30.84 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3398  cysteine synthase A  29.37 
 
 
307 aa  126  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5829  cystathionine beta-synthase  27.95 
 
 
458 aa  126  7e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.454339 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0771  cysteine synthase A  26.91 
 
 
312 aa  125  7e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08106  putative cystathionine beta-synthase  25.54 
 
 
345 aa  125  8.000000000000001e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.434389  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3460  cysteine synthases  29.77 
 
 
305 aa  124  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3006  cysteine synthase A  31.07 
 
 
305 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.599463  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1438  cysteine synthase A  29.14 
 
 
305 aa  125  1e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1687  cysteine synthase  29.35 
 
 
315 aa  124  1e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00358215  hitchhiker  0.00000672149 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3723  cysteine synthase  31.07 
 
 
305 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.353313  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0938  cysteine synthase  29.74 
 
 
315 aa  124  2e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.685376 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37080  cysteine synthase B  27.01 
 
 
299 aa  124  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1082  cystathionine beta-synthase  30.67 
 
 
454 aa  124  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0939  cystathionine beta-synthase  29.81 
 
 
462 aa  124  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.44231  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>