More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSp0417 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RSp0417  cysteine synthase A protein  100 
 
 
338 aa  672    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0440499  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1117  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, subunit beta  75.08 
 
 
341 aa  491  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000129584  normal  0.764642 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0590  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  58.84 
 
 
336 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0103  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  56.83 
 
 
326 aa  386  1e-106  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000135752  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0107  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  56.83 
 
 
326 aa  386  1e-106  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000822794  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6948  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  54.82 
 
 
333 aa  339  4e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1863  cysteine synthase  47.54 
 
 
340 aa  273  4.0000000000000004e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11413  putative cysteine synthase  42.95 
 
 
325 aa  262  6.999999999999999e-69  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.63655  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3877  Cysteine synthase  46.13 
 
 
338 aa  246  3e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00690211  normal  0.0462514 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0366  cysteine synthase  46.1 
 
 
340 aa  243  3e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0500011 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1207  cysteine synthase  39.86 
 
 
322 aa  223  3e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.243759  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2960  pyridoxal-phosphate dependent enzyme family/ornithine cyclodeaminase family protein  40.7 
 
 
707 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.76325  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2745  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit:ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  40.83 
 
 
685 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.278132  normal  0.0380808 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4292  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.56 
 
 
364 aa  219  7.999999999999999e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.713465  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1884  Cysteine synthase  41.4 
 
 
333 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.171295  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3071  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.56 
 
 
363 aa  210  2e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.178624  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0203  cysteine synthase  38.02 
 
 
372 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000292068  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2600  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.05 
 
 
465 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0422691  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1672  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.42 
 
 
330 aa  203  3e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0339  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.66 
 
 
330 aa  202  8e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.793635 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2538  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.86 
 
 
352 aa  201  1.9999999999999998e-50  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.655107 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0964  cysteine synthase  41.97 
 
 
320 aa  199  5e-50  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00274794  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4156  cystathionine beta-synthase  37.01 
 
 
461 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.884438 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1150  cysteine synthase A  38.21 
 
 
312 aa  192  5e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.197095  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1534  cysteine synthase A  36.72 
 
 
298 aa  189  7e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_953  cysteine synthase  41.31 
 
 
320 aa  188  9e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000343054  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0771  cysteine synthase A  37.54 
 
 
312 aa  187  2e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2361  cysteine synthase A  40.07 
 
 
307 aa  186  4e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1922  cysteine synthase A  39.02 
 
 
307 aa  185  8e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0865  cysteine synthase  36.42 
 
 
306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2557  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.06 
 
 
346 aa  185  1.0000000000000001e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0822  cysteine synthase A  40.78 
 
 
308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.326455 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0535  cysteine synthase A  36.69 
 
 
310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.775182  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1560  cystathionine beta-synthase (acetylserine-dependent)  37.87 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.180171  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0548  cysteine synthase A  36.69 
 
 
310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4907  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.33 
 
 
479 aa  184  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08106  putative cystathionine beta-synthase  31.17 
 
 
345 aa  184  2.0000000000000003e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.434389  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2362  cysteine synthase  38.08 
 
 
307 aa  183  4.0000000000000006e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.306184  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1362  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.08 
 
 
319 aa  182  6e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.314138  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5010  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.96 
 
 
325 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.278031  normal  0.209222 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1829  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.13 
 
 
333 aa  182  9.000000000000001e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0936757  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2422  cysteine synthase  40.33 
 
 
308 aa  182  1e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0516344 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0488  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.44 
 
 
456 aa  181  1e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0154  cysteine synthase K/M/A  35.6 
 
 
307 aa  181  2e-44  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000054726  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4716  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  38.67 
 
 
388 aa  180  2.9999999999999997e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2830  cystathionine beta-synthase  35.94 
 
 
332 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.908849  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2500  cystathionine beta-synthase (acetylserine-dependent)  35.67 
 
 
315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1135  cysteine synthase A  39.67 
 
 
320 aa  180  4e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0019697  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0152  cysteine synthase  36.67 
 
 
310 aa  180  4e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03155  cystathionine beta-synthase  33.44 
 
 
464 aa  179  4.999999999999999e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.140599  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1534  cysteine synthase A  35.22 
 
 
325 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4560  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.04 
 
 
393 aa  178  1e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3752  putative cysteine synthase (O-acetylserine sulfhydrylase) (O-acetylserine (thiol)-lyase) (CSase)  37.9 
 
 
351 aa  177  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0264452  normal  0.188869 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2103  cysteine synthase  36.63 
 
 
305 aa  177  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0401259  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1045  cysteine synthases  38.28 
 
 
306 aa  177  2e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.801481  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4971  Cysteine synthase-like protein  36.42 
 
 
379 aa  177  3e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.551978  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3445  cysteine synthase A  37.42 
 
 
305 aa  177  3e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5856  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.88 
 
 
368 aa  176  4e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.977841  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1971  cysteine synthase  41.42 
 
 
308 aa  176  5e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000186941  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3248  cystathionine beta-synthase  33.76 
 
 
479 aa  176  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.564607 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0162  cysteine synthase  40.79 
 
 
305 aa  176  7e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2297  cysteine synthases  39.41 
 
 
308 aa  175  8e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0633  putative cysteine synthase (O-acetylserine sulfhydrylase) (O-acetylserine (Thiol)-lyase) (CSase)  36.34 
 
 
336 aa  175  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.343914  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4743  cysteine synthase  37.75 
 
 
305 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00130  cystathionine beta-synthase  32.41 
 
 
326 aa  175  9.999999999999999e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3460  cysteine synthases  36.3 
 
 
305 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4197  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.67 
 
 
369 aa  175  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0922  cysteine synthase A  36.89 
 
 
304 aa  174  9.999999999999999e-43  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.107998  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4263  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.67 
 
 
369 aa  175  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.651474  normal  0.919062 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2487  cysteine synthase A  39.81 
 
 
309 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.074698 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1444  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.86 
 
 
371 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.784398  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0170  cysteine synthase family protein  32.21 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0170  cysteine synthase A  34.21 
 
 
304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00475319  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0899  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35 
 
 
371 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1462  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.86 
 
 
371 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.867609  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0549  cysteine synthase A  35.05 
 
 
310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000133483 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0276  cysteine synthase A  36.51 
 
 
324 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.146971  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4424  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.67 
 
 
369 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.343092  normal  0.282187 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3360  cysteine synthase A  35.96 
 
 
324 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.359843  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0642  cysteine synthase  38.33 
 
 
306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.220278  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0499  cystathionine beta-synthase  34.08 
 
 
457 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3763  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.14 
 
 
459 aa  173  5e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1438  cysteine synthase A  34.2 
 
 
305 aa  172  5e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4500  Cysteine synthase  39.42 
 
 
756 aa  172  5e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.632569  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3400  cysteine synthase  36.51 
 
 
313 aa  172  5.999999999999999e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3819  cysteine synthase A  34.28 
 
 
324 aa  172  5.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4194  cysteine synthase  35.63 
 
 
340 aa  172  9e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.360882 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3846  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.84 
 
 
459 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3080  cysteine synthase  39.8 
 
 
309 aa  172  1e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4559  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.69 
 
 
328 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1706  cysteine synthase  38.49 
 
 
306 aa  172  1e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000550718  normal  0.263535 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05220  cystathionine beta-synthase  33.76 
 
 
457 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1385  cysteine synthase  35.86 
 
 
311 aa  171  2e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.9014  normal  0.484311 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3005  cysteine synthase B  36.21 
 
 
308 aa  171  2e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.951108  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3706  cystathionine beta-synthase  33.84 
 
 
459 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1822  cysteine synthase A  34.77 
 
 
302 aa  171  2e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.470327  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3593  cysteine synthase  41.88 
 
 
309 aa  171  2e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.471921  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10865  cysteine synthase A cysK2  35.76 
 
 
372 aa  171  2e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109257 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4422  cystathionine beta-synthase  35.78 
 
 
455 aa  170  3e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0059  putative cystathionine beta-synthase  34.08 
 
 
316 aa  170  3e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.857844  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>