More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3903 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3903  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  100 
 
 		 338 aa  689    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3684  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  74.26 
 
 		 347 aa  520  1e-146  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0633  putative cysteine synthase (O-acetylserine sulfhydrylase) (O-acetylserine (Thiol)-lyase) (CSase)  67.78 
 
 		 336 aa  461  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.343914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3752  putative cysteine synthase (O-acetylserine sulfhydrylase) (O-acetylserine (thiol)-lyase) (CSase)  48.48 
 
 		 351 aa  301  1e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0264452  normal  0.188869 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4907  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.72 
 
 		 479 aa  204  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05220  cystathionine beta-synthase  36.56 
 
 		 457 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2600  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.71 
 
 		 465 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0422691  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0499  cystathionine beta-synthase  36.56 
 
 		 457 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3248  cystathionine beta-synthase  34.86 
 
 		 479 aa  185  8e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.564607 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4156  cystathionine beta-synthase  36.76 
 
 		 461 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.884438 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0978  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.69 
 
 		 307 aa  182  8.000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2475  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.03 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4422  cystathionine beta-synthase  38.54 
 
 		 455 aa  177  2e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1694  cysteine synthase A  37.46 
 
 		 331 aa  177  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03155  cystathionine beta-synthase  34.04 
 
 		 464 aa  177  2e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.140599  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0488  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.59 
 
 		 456 aa  176  4e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2907  cysteine synthase A  35.76 
 
 		 346 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5829  cystathionine beta-synthase  36.14 
 
 		 458 aa  176  6e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.454339 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1990  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.22 
 
 		 326 aa  173  2.9999999999999996e-42  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0203  cysteine synthase  37.3 
 
 		 372 aa  172  5e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000292068  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3706  cystathionine beta-synthase  33.75 
 
 		 459 aa  172  5e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0499  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.32 
 
 		 343 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.377757 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2564  cysteine synthase A  35.15 
 
 		 345 aa  172  9e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.544676  normal  0.832918 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2837  cysteine synthase A  35.56 
 
 		 345 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.953672  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1627  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.58 
 
 		 455 aa  171  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000745759 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1770  cystathionine beta-synthase  36.45 
 
 		 456 aa  171  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00709311  hitchhiker  0.000202602 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3846  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.06 
 
 		 459 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3763  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.06 
 
 		 459 aa  170  3e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3846  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.02 
 
 		 459 aa  170  4e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.692652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1927  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.43 
 
 		 453 aa  169  5e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1633  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.42 
 
 		 456 aa  169  6e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0787  cystathionine beta-synthase  33.94 
 
 		 454 aa  169  9e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40993  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0908  cystathionine beta-synthase  39.43 
 
 		 469 aa  168  1e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5286  cystathionine beta-synthase  35.74 
 
 		 459 aa  168  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.153908  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4269  O-acetylserine lyase  36.57 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4106  cysteine synthase  36.57 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4117  cysteine synthase  36.57 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4453  O-acetylserine lyase  36.57 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4601  O-acetylserine lyase  36.57 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3118  cystathionine beta-synthase  39.5 
 
 		 456 aa  167  2e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000273151 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1560  cystathionine beta-synthase (acetylserine-dependent)  36.93 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.180171  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1157  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.34 
 
 		 326 aa  167  2e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1048  cystathionine beta-synthase  37.81 
 
 		 455 aa  167  2e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0744  O-acetylserine lyase  36.57 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4220  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.57 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8566  cystathionine beta-synthase  39.5 
 
 		 456 aa  167  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3085  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.95 
 
 		 307 aa  166  4e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.520498  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1704  cystathionine beta-synthase  34.8 
 
 		 456 aa  166  5.9999999999999996e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1150  cysteine synthase A  37.34 
 
 		 312 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.197095  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0943  cystathionine beta-synthase  36.76 
 
 		 454 aa  166  6.9999999999999995e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4506  O-acetylserine lyase  36.25 
 
 		 307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0207318  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0083  cystathionine beta-synthase  38.39 
 
 		 458 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3442  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.34 
 
 		 461 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5010  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.89 
 
 		 325 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.278031  normal  0.209222 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0771  cysteine synthase A  37.03 
 
 		 312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0170  cysteine synthase family protein  36.07 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4638  cysteine synthase A  34.48 
 
 		 325 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000171052 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4492  O-acetylserine lyase  36.25 
 
 		 307 aa  164  3e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.986798  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4455  O-acetylserine lyase  35.92 
 
 		 307 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2553  cysteine synthase A  34.65 
 
 		 366 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0093457  normal  0.73463 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0644  cystathionine beta-synthase  38.39 
 
 		 463 aa  162  6e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3300  cystathionine beta-synthase  34.04 
 
 		 464 aa  162  6e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0855  cystathionine beta-synthase  38.7 
 
 		 456 aa  162  8.000000000000001e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0877269 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3877  Cysteine synthase  35.02 
 
 		 338 aa  162  9e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00690211  normal  0.0462514 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1534  cysteine synthase A  36.19 
 
 		 298 aa  162  1e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0171  cysteine synthase A  34.47 
 
 		 372 aa  162  1e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1718  cysteine synthase A  32.71 
 
 		 338 aa  162  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.858313  normal  0.306784 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3378  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.73 
 
 		 461 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.19393  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0094  cysteine synthase/cystathionine beta-synthase family protein  34.2 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3958  cysteine synthase A  35.06 
 
 		 332 aa  161  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.328768 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1804  cysteine synthase A  35.02 
 
 		 334 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00130  cystathionine beta-synthase  32.8 
 
 		 326 aa  160  2e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0700  cystathionine beta-synthase  39.31 
 
 		 456 aa  160  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1534  cysteine synthase A  34.81 
 
 		 325 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0481  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.08 
 
 		 318 aa  160  3e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000231361  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_77227  cystathionine beta-synthase  36.99 
 
 		 494 aa  160  3e-38  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0494  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.08 
 
 		 318 aa  160  3e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00183291  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0939  cystathionine beta-synthase  35.67 
 
 		 462 aa  159  4e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.44231  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1228  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.99 
 
 		 302 aa  160  4e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4677  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.94 
 
 		 342 aa  159  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.889412 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0922  cysteine synthase A  35.28 
 
 		 304 aa  160  4e-38  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.107998  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1829  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  31.08 
 
 		 333 aa  159  5e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0936757  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2500  cystathionine beta-synthase (acetylserine-dependent)  34.19 
 
 		 315 aa  159  5e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1347  cysteine synthase A  33.23 
 
 		 324 aa  159  6e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0350194 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1424  cysteine synthase A  35.08 
 
 		 346 aa  159  6e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.348736  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2557  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  31.31 
 
 		 346 aa  159  8e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0912  cystathionine beta-synthase  38.12 
 
 		 456 aa  159  8e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.78601 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5839  cysteine synthase A  35.02 
 
 		 324 aa  159  9e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1617  cystathionine beta-synthase  38.01 
 
 		 464 aa  158  1e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2756  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.95 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1616  cysteine synthase A  34.8 
 
 		 327 aa  158  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2830  cystathionine beta-synthase  33.84 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.908849  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4742  cysteine synthase A  33.86 
 
 		 326 aa  158  1e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1362  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.76 
 
 		 319 aa  157  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.314138  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1220  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.54 
 
 		 352 aa  157  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.816329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3819  cysteine synthase A  33.12 
 
 		 324 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4559  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.86 
 
 		 328 aa  157  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1434  Cysteine synthase  34.36 
 
 		 453 aa  157  3e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.700608 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3360  cysteine synthase A  33.54 
 
 		 324 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.359843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3364  cysteine synthase A  35.53 
 
 		 304 aa  157  4e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000830673  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>