More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2907 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2837  cysteine synthase A  94.44 
 
 		 345 aa  665    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.953672  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2907  cysteine synthase A  100 
 
 		 346 aa  701    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2564  cysteine synthase A  94.2 
 
 		 345 aa  664    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.544676  normal  0.832918 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2553  cysteine synthase A  85.09 
 
 		 366 aa  604  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0093457  normal  0.73463 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4677  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  79.53 
 
 		 342 aa  558  1e-158  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.889412 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2756  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  78.4 
 
 		 343 aa  555  1e-157  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1363  cysteine synthase A  76.02 
 
 		 346 aa  535  1e-151  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1424  cysteine synthase A  75.22 
 
 		 346 aa  531  1e-150  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.348736  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1053  cysteine synthase A  74.26 
 
 		 342 aa  526  1e-148  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1438  cysteine synthase A  73.68 
 
 		 345 aa  526  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.536284  normal  0.325297 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2990  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  76.51 
 
 		 332 aa  524  1e-148  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.851643 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0499  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  75.15 
 
 		 343 aa  524  1e-147  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.377757 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1220  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  74.48 
 
 		 352 aa  522  1e-147  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.816329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2140  cysteine synthase A  74.4 
 
 		 342 aa  523  1e-147  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.433095  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1018  cysteine synthase A  73.96 
 
 		 342 aa  524  1e-147  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1617  cysteine synthase A  73.91 
 
 		 345 aa  523  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.453567  normal  0.497891 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3861  cysteine synthase A  73.51 
 
 		 343 aa  518  1e-146  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2314  putative cysteine synthase A  72.16 
 
 		 345 aa  508  1e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1993  cysteine synthase A  73.21 
 
 		 341 aa  508  1e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.535285 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1439  cysteine synthase A  71.35 
 
 		 394 aa  506  9.999999999999999e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.159205  normal  0.177571 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1879  cysteine synthase  73.91 
 
 		 345 aa  504  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2922  cysteine synthase A  72.39 
 
 		 336 aa  501  1e-141  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.195824 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1525  cysteine synthase A  68.88 
 
 		 352 aa  500  1e-140  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.19401 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0819  cysteine synthase A  69.59 
 
 		 344 aa  497  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.306668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2147  cysteine synthase A  69.37 
 
 		 344 aa  497  1e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0821  cysteine synthase A  69.37 
 
 		 344 aa  497  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0212219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3927  cysteine synthase A  67.64 
 
 		 344 aa  479  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.385733 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2323  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  69.88 
 
 		 343 aa  478  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.03827 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1493  cysteine synthase A  69.33 
 
 		 333 aa  476  1e-133  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.464198 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1100  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  68.9 
 
 		 349 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2067  cysteine synthase A  67.63 
 
 		 346 aa  471  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1391  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  66.97 
 
 		 348 aa  462  1e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00108416 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1666  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  66.36 
 
 		 348 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.44586 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1387  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  65.76 
 
 		 348 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4559  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  65.35 
 
 		 328 aa  437  1e-121  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1347  cysteine synthase A  65.55 
 
 		 324 aa  432  1e-120  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0350194 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0171  cysteine synthase A  64.85 
 
 		 372 aa  433  1e-120  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0343  cysteine synthase A  62.73 
 
 		 340 aa  430  1e-119  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.273695 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2094  cysteine synthase A  63.5 
 
 		 323 aa  424  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2138  cysteine synthase A  63.5 
 
 		 323 aa  424  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4742  cysteine synthase A  64.11 
 
 		 326 aa  426  1e-118  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1275  cysteine synthase A  63.66 
 
 		 345 aa  424  1e-118  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.175602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1718  cysteine synthase A  64.65 
 
 		 338 aa  422  1e-117  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.858313  normal  0.306784 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1489  cysteine synthase A  65.66 
 
 		 335 aa  419  1e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.926588  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4638  cysteine synthase A  61.04 
 
 		 325 aa  418  1e-116  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000171052 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3958  cysteine synthase A  62.65 
 
 		 332 aa  412  1e-114  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.328768 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3819  cysteine synthase A  62.27 
 
 		 324 aa  413  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1121  cysteine synthase A  60.12 
 
 		 332 aa  411  1e-113  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0276  cysteine synthase A  62.27 
 
 		 324 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.146971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3360  cysteine synthase A  61.35 
 
 		 324 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.359843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1804  cysteine synthase A  60.3 
 
 		 334 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5010  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  61.35 
 
 		 325 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.278031  normal  0.209222 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1616  cysteine synthase A  60.24 
 
 		 327 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1534  cysteine synthase A  61.47 
 
 		 325 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5839  cysteine synthase A  60.12 
 
 		 324 aa  397  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1694  cysteine synthase A  61.77 
 
 		 331 aa  397  1e-109  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1893  cysteine synthase A  59.82 
 
 		 326 aa  373  1e-102  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.484332  normal  0.0992226 
 
 
-
 
NC_006681  CNL05880  cysteine synthase, putative  55.05 
 
 		 405 aa  350  2e-95  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.254646  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08057  Cysteine synthase (CSase)(EC 2.5.1.47)(O-acetylserine sulfhydrylase)(O-acetylserine (thiol)-lyase)(OAS-TL) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P50867]  53.87 
 
 		 370 aa  347  2e-94  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_59891  cysteine synthase (CYSK1)  51.88 
 
 		 367 aa  328  9e-89  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0439327 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3653  cysteine synthase A  47.84 
 
 		 370 aa  302  7.000000000000001e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0676  cysteine synthase A  47.66 
 
 		 362 aa  294  1e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3846  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.03 
 
 		 459 aa  260  3e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.692652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3846  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.34 
 
 		 459 aa  259  4e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3706  cystathionine beta-synthase  41.03 
 
 		 459 aa  259  5.0000000000000005e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3763  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.03 
 
 		 459 aa  258  2e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1927  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.28 
 
 		 453 aa  257  3e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5829  cystathionine beta-synthase  42.15 
 
 		 458 aa  252  5.000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.454339 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00130  cystathionine beta-synthase  40 
 
 		 326 aa  252  8.000000000000001e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_41218  predicted protein  40 
 
 		 414 aa  249  7e-65  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3718  cystathionine beta-synthase  43.03 
 
 		 463 aa  248  2e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000446047  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2830  cystathionine beta-synthase  41.07 
 
 		 332 aa  246  4.9999999999999997e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.908849  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3667  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.76 
 
 		 496 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.0676519 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02520  cysteine synthase, putative  41.13 
 
 		 458 aa  238  8e-62  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05220  cystathionine beta-synthase  42.24 
 
 		 457 aa  236  4e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01513  hypothetical transmembrane protein (Eurofung)  41.74 
 
 		 428 aa  234  1.0000000000000001e-60  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0499  cystathionine beta-synthase  42.24 
 
 		 457 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1434  Cysteine synthase  40.24 
 
 		 453 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.700608 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3248  cystathionine beta-synthase  41.61 
 
 		 479 aa  230  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.564607 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4907  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.14 
 
 		 479 aa  228  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2430  pyridoxal-phosphate dependent enzyme family protein  42.19 
 
 		 327 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00735557  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1048  cystathionine beta-synthase  40.92 
 
 		 455 aa  224  1e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2600  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.14 
 
 		 465 aa  225  1e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0422691  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4156  cystathionine beta-synthase  39.32 
 
 		 461 aa  224  2e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.884438 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4194  cysteine synthase  37 
 
 		 340 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.360882 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0912  cystathionine beta-synthase  40.87 
 
 		 456 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.78601 
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_54915  eukaryotic cysteine synthase  40.66 
 
 		 356 aa  220  1.9999999999999999e-56  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.1729  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1082  cystathionine beta-synthase  40.74 
 
 		 454 aa  221  1.9999999999999999e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0787  cystathionine beta-synthase  38.87 
 
 		 454 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40993  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_30734  cysteine synthase (O-acetylserine sulfhydrylase) (O-acetylserine (Thiol)-lyase) (CSase)  40.74 
 
 		 392 aa  220  3e-56  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.207324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0855  cystathionine beta-synthase  40.87 
 
 		 456 aa  218  1e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0877269 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1770  cystathionine beta-synthase  41.21 
 
 		 456 aa  217  2.9999999999999998e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00709311  hitchhiker  0.000202602 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3062  cystathionine beta-synthase  41.27 
 
 		 461 aa  216  5e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0923483  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2557  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.62 
 
 		 346 aa  216  5.9999999999999996e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1560  cystathionine beta-synthase (acetylserine-dependent)  40.58 
 
 		 302 aa  215  9e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.180171  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4422  cystathionine beta-synthase  40.62 
 
 		 455 aa  214  9.999999999999999e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1627  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.28 
 
 		 455 aa  215  9.999999999999999e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000745759 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1655  cysteine synthase  39.32 
 
 		 315 aa  213  2.9999999999999995e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.561904  normal  0.310159 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0939  cystathionine beta-synthase  40.42 
 
 		 462 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.44231  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17600  cystathionine beta-synthase  39.55 
 
 		 521 aa  213  4.9999999999999996e-54  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>