More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1439 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1439  cysteine synthase A  100 
 
 		 394 aa  805    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.159205  normal  0.177571 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2314  putative cysteine synthase A  82.56 
 
 		 345 aa  598  1e-170  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3861  cysteine synthase A  82.22 
 
 		 343 aa  596  1e-169  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0819  cysteine synthase A  81.98 
 
 		 344 aa  591  1e-168  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.306668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0821  cysteine synthase A  81.4 
 
 		 344 aa  590  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0212219  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2147  cysteine synthase A  81.4 
 
 		 344 aa  590  1e-167  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1993  cysteine synthase A  74.34 
 
 		 341 aa  540  9.999999999999999e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.535285 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4677  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  77.71 
 
 		 342 aa  534  1e-151  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.889412 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1363  cysteine synthase A  74.4 
 
 		 346 aa  520  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2837  cysteine synthase A  71.59 
 
 		 345 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.953672  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2564  cysteine synthase A  71.18 
 
 		 345 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.544676  normal  0.832918 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2990  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  76.51 
 
 		 332 aa  511  1e-144  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.851643 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2553  cysteine synthase A  70.92 
 
 		 366 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0093457  normal  0.73463 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1617  cysteine synthase A  72.32 
 
 		 345 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.453567  normal  0.497891 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2907  cysteine synthase A  71.35 
 
 		 346 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1438  cysteine synthase A  72.32 
 
 		 345 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.536284  normal  0.325297 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2922  cysteine synthase A  75.62 
 
 		 336 aa  503  1e-141  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.195824 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2756  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  72.29 
 
 		 343 aa  501  1e-141  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1053  cysteine synthase A  72.67 
 
 		 342 aa  501  1e-140  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1424  cysteine synthase A  70.41 
 
 		 346 aa  498  1e-140  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.348736  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1018  cysteine synthase A  72.37 
 
 		 342 aa  499  1e-140  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1220  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  70.61 
 
 		 352 aa  494  9.999999999999999e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.816329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2140  cysteine synthase A  71.22 
 
 		 342 aa  491  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.433095  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0499  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  72.59 
 
 		 343 aa  489  1e-137  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.377757 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1391  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  68.34 
 
 		 348 aa  486  1e-136  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00108416 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1387  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  68.93 
 
 		 348 aa  486  1e-136  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1879  cysteine synthase  72.91 
 
 		 345 aa  486  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1666  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  68.05 
 
 		 348 aa  481  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.44586 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1100  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  68.84 
 
 		 349 aa  477  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2323  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  69.72 
 
 		 343 aa  474  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.03827 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1493  cysteine synthase A  67.27 
 
 		 333 aa  462  1e-129  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.464198 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0343  cysteine synthase A  67.37 
 
 		 340 aa  456  1e-127  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.273695 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1525  cysteine synthase A  61.49 
 
 		 352 aa  433  1e-120  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.19401 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3927  cysteine synthase A  62.16 
 
 		 344 aa  424  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.385733 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2067  cysteine synthase A  62.46 
 
 		 346 aa  416  9.999999999999999e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4559  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  62.92 
 
 		 328 aa  411  1e-113  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1718  cysteine synthase A  63.3 
 
 		 338 aa  406  1.0000000000000001e-112  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.858313  normal  0.306784 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0171  cysteine synthase A  60.36 
 
 		 372 aa  402  1e-111  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4742  cysteine synthase A  63.03 
 
 		 326 aa  403  1e-111  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5839  cysteine synthase A  60.74 
 
 		 324 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1347  cysteine synthase A  62.5 
 
 		 324 aa  400  9.999999999999999e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0350194 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1489  cysteine synthase A  63.55 
 
 		 335 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.926588  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4638  cysteine synthase A  61.35 
 
 		 325 aa  400  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000171052 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1121  cysteine synthase A  60.61 
 
 		 332 aa  398  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3819  cysteine synthase A  62.15 
 
 		 324 aa  398  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1275  cysteine synthase A  59.04 
 
 		 345 aa  399  9.999999999999999e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.175602  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0276  cysteine synthase A  61.35 
 
 		 324 aa  396  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.146971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5010  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  60.43 
 
 		 325 aa  396  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.278031  normal  0.209222 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1616  cysteine synthase A  62.95 
 
 		 327 aa  397  1e-109  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3958  cysteine synthase A  60.91 
 
 		 332 aa  393  1e-108  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.328768 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2094  cysteine synthase A  60.74 
 
 		 323 aa  394  1e-108  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2138  cysteine synthase A  60.74 
 
 		 323 aa  394  1e-108  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3360  cysteine synthase A  60.43 
 
 		 324 aa  394  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.359843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1534  cysteine synthase A  60.24 
 
 		 325 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1694  cysteine synthase A  59.02 
 
 		 331 aa  386  1e-106  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1804  cysteine synthase A  58.79 
 
 		 334 aa  385  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1893  cysteine synthase A  59.2 
 
 		 326 aa  365  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.484332  normal  0.0992226 
 
 
-
 
NC_006681  CNL05880  cysteine synthase, putative  53.45 
 
 		 405 aa  341  1e-92  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.254646  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08057  Cysteine synthase (CSase)(EC 2.5.1.47)(O-acetylserine sulfhydrylase)(O-acetylserine (thiol)-lyase)(OAS-TL) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P50867]  53.89 
 
 		 370 aa  338  9.999999999999999e-92  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_59891  cysteine synthase (CYSK1)  50.15 
 
 		 367 aa  295  8e-79  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0439327 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0676  cysteine synthase A  44.25 
 
 		 362 aa  289  8e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3653  cysteine synthase A  44.62 
 
 		 370 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00130  cystathionine beta-synthase  41.64 
 
 		 326 aa  250  3e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1927  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.73 
 
 		 453 aa  249  5e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3846  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.12 
 
 		 459 aa  247  3e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3763  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.81 
 
 		 459 aa  245  8e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3706  cystathionine beta-synthase  40.5 
 
 		 459 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5829  cystathionine beta-synthase  41.74 
 
 		 458 aa  243  3e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.454339 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2830  cystathionine beta-synthase  39.4 
 
 		 332 aa  243  3.9999999999999997e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.908849  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_41218  predicted protein  38.27 
 
 		 414 aa  243  6e-63  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3846  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.31 
 
 		 459 aa  239  8e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.692652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3718  cystathionine beta-synthase  40.23 
 
 		 463 aa  230  3e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000446047  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3667  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.97 
 
 		 496 aa  224  2e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.0676519 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2600  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.62 
 
 		 465 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0422691  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0787  cystathionine beta-synthase  40.49 
 
 		 454 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40993  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4156  cystathionine beta-synthase  38.53 
 
 		 461 aa  219  7e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.884438 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1082  cystathionine beta-synthase  41.72 
 
 		 454 aa  218  1e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4907  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.8 
 
 		 479 aa  218  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01513  hypothetical transmembrane protein (Eurofung)  40.42 
 
 		 428 aa  217  4e-55  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05220  cystathionine beta-synthase  39.88 
 
 		 457 aa  216  5e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1434  Cysteine synthase  38.46 
 
 		 453 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.700608 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0499  cystathionine beta-synthase  39.88 
 
 		 457 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1048  cystathionine beta-synthase  40.55 
 
 		 455 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3248  cystathionine beta-synthase  39.94 
 
 		 479 aa  210  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.564607 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17600  cystathionine beta-synthase  40.36 
 
 		 521 aa  209  5e-53  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4194  cysteine synthase  37.31 
 
 		 340 aa  209  8e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.360882 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0943  cystathionine beta-synthase  40.49 
 
 		 454 aa  208  1e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1362  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.24 
 
 		 319 aa  209  1e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.314138  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH02520  cysteine synthase, putative  37.77 
 
 		 458 aa  207  3e-52  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1655  cysteine synthase  40.13 
 
 		 315 aa  206  7e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.561904  normal  0.310159 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2762  cystathionine beta-synthase  38.81 
 
 		 461 aa  204  2e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00303095 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1617  cystathionine beta-synthase  40.24 
 
 		 464 aa  204  2e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4422  cystathionine beta-synthase  37.2 
 
 		 455 aa  204  2e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4380  cystathionine beta-synthase  39.63 
 
 		 464 aa  204  3e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.558337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1150  cysteine synthase A  40.84 
 
 		 312 aa  203  4e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.197095  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4224  cystathionine beta-synthase  39.33 
 
 		 464 aa  203  5e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4149  cystathionine beta-synthase  39.33 
 
 		 464 aa  203  5e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0798519  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0083  cystathionine beta-synthase  40.06 
 
 		 458 aa  202  7e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3300  cystathionine beta-synthase  39.88 
 
 		 464 aa  202  8e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_54915  eukaryotic cysteine synthase  39.66 
 
 		 356 aa  202  9e-51  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.1729  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>