73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1391 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2754  polysaccharide biosynthesis protein  79.78 
 
 		 460 aa  694    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.316209  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3553  polysaccharide biosynthesis protein  80.92 
 
 		 458 aa  707    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1391  polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 456 aa  902    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1411  polysaccharide biosynthesis protein  93.42 
 
 		 456 aa  775    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4001  polysaccharide biosynthesis protein  79.56 
 
 		 455 aa  693    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.443077 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4685  polysaccharide biosynthesis protein  88.08 
 
 		 453 aa  732    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6968  PST family polysaccharide export protein  76.54 
 
 		 458 aa  615  1e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.756164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1020  polysaccharide biosynthesis protein  37.5 
 
 		 490 aa  295  2e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2520  polysaccharide biosynthesis protein  39.15 
 
 		 474 aa  289  8e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.889784 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3018  polysaccharide biosynthesis protein  36.49 
 
 		 468 aa  281  2e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2996  polysaccharide biosynthesis protein  39.26 
 
 		 459 aa  277  2e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143417 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3541  polysaccharide biosynthesis protein  36.47 
 
 		 474 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3832  polysaccharide biosynthesis protein  36.87 
 
 		 471 aa  268  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.431872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3983  polysaccharide biosynthesis associated protein  34.99 
 
 		 467 aa  250  3e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0987  polysaccharide biosynthesis protein  33.97 
 
 		 458 aa  186  9e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.676741 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0926  polysaccharide biosynthesis protein  36.24 
 
 		 458 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.287187 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2373  polysaccharide biosynthesis protein  34.95 
 
 		 446 aa  182  9.000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.308358  hitchhiker  0.00106477 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0950  polysaccharide biosynthesis protein  34.31 
 
 		 458 aa  178  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0259794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5559  polysaccharide biosynthesis protein  37.43 
 
 		 442 aa  170  5e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261987  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5327  polysaccharide biosynthesis protein  37.43 
 
 		 445 aa  150  6e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0472551  normal  0.0858273 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2684  polysaccharide biosynthesis protein  27.85 
 
 		 539 aa  113  7.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1836  polysaccharide biosynthesis protein  25.84 
 
 		 446 aa  108  3e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0890  polysaccharide biosynthesis protein  29.37 
 
 		 407 aa  105  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.362175  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3797  polysaccharide biosynthesis protein  25.12 
 
 		 461 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.683173  normal  0.302663 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1069  polysaccharide biosynthesis protein  25.91 
 
 		 512 aa  98.6  2e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.544527 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1796  polysaccharide biosynthesis protein  24.55 
 
 		 453 aa  97.1  6e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22850  polysaccharide biosynthesis protein  22.76 
 
 		 499 aa  96.7  8e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2073  polysaccharide biosynthesis protein  25.6 
 
 		 492 aa  90.1  8e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2304  polysaccharide biosynthesis protein  28.82 
 
 		 494 aa  80.5  0.00000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.298994  normal  0.0362143 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1211  polysaccharide biosynthesis protein  22.64 
 
 		 489 aa  76.3  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.401485 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1767  polysaccharide biosynthesis protein  23.39 
 
 		 447 aa  75.1  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0935149 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2028  polysaccharide biosynthesis protein  23.96 
 
 		 423 aa  75.1  0.000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.134656  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0777  polysaccharide biosynthesis protein  23.3 
 
 		 441 aa  70.5  0.00000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0172  polysaccharide efflux transporter, putative  28.57 
 
 		 495 aa  68.6  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.377433 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0933  stage V sporulation protein B  26.49 
 
 		 520 aa  64.7  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1862  polysaccharide efflux transporter, putative  26.7 
 
 		 496 aa  62.4  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4321  polysaccharide biosynthesis protein  26.51 
 
 		 456 aa  62.4  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4091  polysaccharide biosynthesis protein  20.18 
 
 		 430 aa  59.3  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2567  heteropolysaccharide repeat-containing protein  21.38 
 
 		 517 aa  58.5  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.09409  normal  0.0273385 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0561  polysaccharide biosynthesis protein  27.18 
 
 		 456 aa  58.2  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1107  putative membrane protein involved in export of O-antigen  22.84 
 
 		 450 aa  57.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.361388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0040  polysaccharide biosynthesis protein  20.05 
 
 		 435 aa  57.4  0.0000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0000125854  normal  0.0319641 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3437  polysaccharide biosynthesis protein  21.9 
 
 		 483 aa  57.4  0.0000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.655907  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5069  Membrane protein involved in the export of O-antigen and teichoic acid-like protein  23.64 
 
 		 489 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.932341  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2947  polysaccharide biosynthesis protein  27.17 
 
 		 484 aa  55.5  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1933  polysaccharide biosynthesis protein  31.9 
 
 		 135 aa  55.8  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.546859 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2457  polysaccharide biosynthesis protein  20.15 
 
 		 514 aa  55.1  0.000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.267844  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1593  polysaccharide biosynthesis protein  27.12 
 
 		 504 aa  55.1  0.000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0796  hypothetical membrane associated protein  22.34 
 
 		 436 aa  54.7  0.000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.610272  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8594  polysaccharide biosynthesis protein  26.23 
 
 		 434 aa  54.7  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2139  polysaccharide biosynthesis protein  22.43 
 
 		 482 aa  53.1  0.000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00876576  normal  0.418146 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1685  polysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 		 441 aa  52.4  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.929392  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1942  polysaccharide biosynthesis protein  28.83 
 
 		 464 aa  53.1  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.634447  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3272  polysaccharide biosynthesis protein  24.22 
 
 		 546 aa  52.8  0.00001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.509561  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2971  polysaccharide biosynthesis protein  24.43 
 
 		 475 aa  53.1  0.00001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.224966  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0259  polysaccharide biosynthesis protein  25.58 
 
 		 498 aa  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1004  teichoic acid export membrane protein  24.5 
 
 		 450 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2438  polysaccharide biosynthesis protein  24.32 
 
 		 495 aa  51.6  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1836  hypothetical protein  28.19 
 
 		 523 aa  51.2  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0945  multi antimicrobial extrusion protein MatE  25.26 
 
 		 495 aa  50.8  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.903745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0341  polysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 		 500 aa  49.3  0.0001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.467363  decreased coverage  0.0000100108 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0414  polysaccharide biosynthesis protein  23.81 
 
 		 500 aa  49.3  0.0001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.37906  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3720  polysaccharide biosynthesis protein  23.21 
 
 		 470 aa  48.9  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.293935  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05198  hypothetical protein  23.39 
 
 		 435 aa  47.8  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001317  capsular polysaccharide synthesis enzyme cpsJ Membrane protein export of O-antigen and teichoic acid  22.81 
 
 		 435 aa  46.6  0.0009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.872862  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1128  polysaccharide biosynthesis protein  24.5 
 
 		 547 aa  46.2  0.001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1422  hypothetical protein  22.11 
 
 		 490 aa  46.2  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.379895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1827  hypothetical protein  25.5 
 
 		 522 aa  45.8  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.356009  normal  0.0154869 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0253  polysaccharide biosynthesis protein  23.47 
 
 		 435 aa  45.8  0.002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.00000123579  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1490  polysaccharide biosynthesis protein  29.63 
 
 		 479 aa  45.8  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2285  polysaccharide biosynthesis protein  22.34 
 
 		 449 aa  44.7  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.398242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0508  polysaccharide biosynthesis protein  24.31 
 
 		 505 aa  43.5  0.009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2972  polysaccharide biosynthesis protein  22.4 
 
 		 480 aa  43.1  0.01  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>