73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4001 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4685  polysaccharide biosynthesis protein  77.46 
 
 		 453 aa  648    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3553  polysaccharide biosynthesis protein  75.56 
 
 		 458 aa  667    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1391  polysaccharide biosynthesis protein  79.56 
 
 		 456 aa  672    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4001  polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 455 aa  900    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.443077 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1411  polysaccharide biosynthesis protein  79.12 
 
 		 456 aa  665    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2754  polysaccharide biosynthesis protein  74.07 
 
 		 460 aa  664    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.316209  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6968  PST family polysaccharide export protein  77.85 
 
 		 458 aa  623  1e-177  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.756164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1020  polysaccharide biosynthesis protein  40.88 
 
 		 490 aa  310  4e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3541  polysaccharide biosynthesis protein  38.64 
 
 		 474 aa  269  7e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3018  polysaccharide biosynthesis protein  36.72 
 
 		 468 aa  267  2e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2520  polysaccharide biosynthesis protein  38.98 
 
 		 474 aa  266  8e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.889784 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3832  polysaccharide biosynthesis protein  37.75 
 
 		 471 aa  261  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.431872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2996  polysaccharide biosynthesis protein  37.05 
 
 		 459 aa  254  2.0000000000000002e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143417 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3983  polysaccharide biosynthesis associated protein  37.25 
 
 		 467 aa  248  1e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0987  polysaccharide biosynthesis protein  33.41 
 
 		 458 aa  183  6e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.676741 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2373  polysaccharide biosynthesis protein  35.73 
 
 		 446 aa  180  4e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.308358  hitchhiker  0.00106477 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0926  polysaccharide biosynthesis protein  34.04 
 
 		 458 aa  179  7e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.287187 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5559  polysaccharide biosynthesis protein  37.1 
 
 		 442 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261987  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0950  polysaccharide biosynthesis protein  32.98 
 
 		 458 aa  170  4e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0259794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5327  polysaccharide biosynthesis protein  37.53 
 
 		 445 aa  150  4e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0472551  normal  0.0858273 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22850  polysaccharide biosynthesis protein  22.43 
 
 		 499 aa  98.2  3e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1796  polysaccharide biosynthesis protein  25.67 
 
 		 453 aa  94.4  4e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3797  polysaccharide biosynthesis protein  24.36 
 
 		 461 aa  94.4  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.683173  normal  0.302663 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0890  polysaccharide biosynthesis protein  28.05 
 
 		 407 aa  94.4  4e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.362175  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2684  polysaccharide biosynthesis protein  25.66 
 
 		 539 aa  91.7  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1836  polysaccharide biosynthesis protein  29.81 
 
 		 446 aa  91.7  3e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1069  polysaccharide biosynthesis protein  24.15 
 
 		 512 aa  86.3  0.000000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.544527 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2028  polysaccharide biosynthesis protein  25.25 
 
 		 423 aa  84  0.000000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.134656  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2073  polysaccharide biosynthesis protein  29.25 
 
 		 492 aa  84  0.000000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1211  polysaccharide biosynthesis protein  32.11 
 
 		 489 aa  75.9  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.401485 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2304  polysaccharide biosynthesis protein  25.14 
 
 		 494 aa  75.5  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.298994  normal  0.0362143 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1767  polysaccharide biosynthesis protein  23.04 
 
 		 447 aa  73.6  0.000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0935149 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0777  polysaccharide biosynthesis protein  25.84 
 
 		 441 aa  68.2  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2457  polysaccharide biosynthesis protein  22.14 
 
 		 514 aa  67.8  0.0000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.267844  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2567  heteropolysaccharide repeat-containing protein  22.6 
 
 		 517 aa  62  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.09409  normal  0.0273385 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3272  polysaccharide biosynthesis protein  25.24 
 
 		 546 aa  60.5  0.00000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.509561  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1862  polysaccharide efflux transporter, putative  26.63 
 
 		 496 aa  60.5  0.00000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4091  polysaccharide biosynthesis protein  21.4 
 
 		 430 aa  60.1  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0172  polysaccharide efflux transporter, putative  24.65 
 
 		 495 aa  60.1  0.00000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.377433 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1107  putative membrane protein involved in export of O-antigen  23 
 
 		 450 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.361388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0945  multi antimicrobial extrusion protein MatE  25.27 
 
 		 495 aa  58.5  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.903745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0414  polysaccharide biosynthesis protein  24.19 
 
 		 500 aa  56.6  0.0000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.37906  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1933  polysaccharide biosynthesis protein  33.62 
 
 		 135 aa  55.1  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.546859 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0040  polysaccharide biosynthesis protein  20.95 
 
 		 435 aa  55.5  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0000125854  normal  0.0319641 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0796  hypothetical membrane associated protein  23.91 
 
 		 436 aa  55.8  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.610272  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1128  polysaccharide biosynthesis protein  26.02 
 
 		 547 aa  55.8  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3437  polysaccharide biosynthesis protein  22.61 
 
 		 483 aa  55.1  0.000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.655907  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1836  hypothetical protein  29.22 
 
 		 523 aa  54.3  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1593  polysaccharide biosynthesis protein  26.63 
 
 		 504 aa  53.9  0.000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4321  polysaccharide biosynthesis protein  25.25 
 
 		 456 aa  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2139  polysaccharide biosynthesis protein  21.55 
 
 		 482 aa  51.2  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00876576  normal  0.418146 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2971  polysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 		 475 aa  50.8  0.00004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.224966  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2438  polysaccharide biosynthesis protein  25.65 
 
 		 495 aa  50.8  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0341  polysaccharide biosynthesis protein  23.32 
 
 		 500 aa  50.8  0.00005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.467363  decreased coverage  0.0000100108 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0561  polysaccharide biosynthesis protein  23.5 
 
 		 456 aa  50.1  0.00009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1827  hypothetical protein  27.92 
 
 		 522 aa  49.3  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.356009  normal  0.0154869 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1004  teichoic acid export membrane protein  23.27 
 
 		 450 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1685  polysaccharide biosynthesis protein  24.39 
 
 		 441 aa  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.929392  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0933  stage V sporulation protein B  22.27 
 
 		 520 aa  47.8  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2947  polysaccharide biosynthesis protein  25.27 
 
 		 484 aa  47.8  0.0004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5069  Membrane protein involved in the export of O-antigen and teichoic acid-like protein  22.49 
 
 		 489 aa  47.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.932341  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8594  polysaccharide biosynthesis protein  22.28 
 
 		 434 aa  47.4  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0259  polysaccharide biosynthesis protein  22.47 
 
 		 498 aa  47  0.0007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3720  polysaccharide biosynthesis protein  22.54 
 
 		 470 aa  47  0.0008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.293935  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1490  polysaccharide biosynthesis protein  27.04 
 
 		 479 aa  45.8  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0508  polysaccharide biosynthesis protein  23.5 
 
 		 505 aa  45.8  0.002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3876  polysaccharide biosynthesis protein  21.43 
 
 		 427 aa  45.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1817  polysaccharide biosynthesis protein  23.88 
 
 		 436 aa  44.7  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0416  polysaccharide biosynthesis protein  25.23 
 
 		 506 aa  44.7  0.004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.484223  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2188  polysaccharide biosynthesis protein  22.73 
 
 		 495 aa  44.7  0.004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001317  capsular polysaccharide synthesis enzyme cpsJ Membrane protein export of O-antigen and teichoic acid  22.22 
 
 		 435 aa  43.9  0.006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.872862  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1422  hypothetical protein  23.46 
 
 		 490 aa  43.5  0.007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.379895  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3509  polysaccharide biosynthesis protein  28.21 
 
 		 444 aa  43.1  0.01  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00438e-16 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>