More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4695 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4695  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 280 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4637  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.93 
 
 		 280 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.21 
 
 		 280 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  82.5 
 
 		 280 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4827  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.44 
 
 		 295 aa  250  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.22 
 
 		 287 aa  246  2e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38962  normal  0.0399907 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 		 282 aa  190  2e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 		 282 aa  190  2e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.694275  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.17 
 
 		 282 aa  190  2e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 		 275 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.126058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.97 
 
 		 282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0692729  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3076  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.93 
 
 		 285 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.36 
 
 		 276 aa  172  6.999999999999999e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.952588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 		 258 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.623129  normal  0.55267 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 		 258 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  39.08 
 
 		 255 aa  166  5e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  40.93 
 
 		 249 aa  166  5e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 		 251 aa  165  6.9999999999999995e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.85 
 
 		 259 aa  165  9e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.75 
 
 		 256 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 		 248 aa  163  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0136754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 		 249 aa  163  3e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1472  short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family protein  40.91 
 
 		 282 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0273044  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 		 273 aa  162  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1563  short-chain alcohol dehydrogenase  41 
 
 		 266 aa  162  5.0000000000000005e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.147181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 		 255 aa  162  7e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 		 255 aa  162  7e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 251 aa  162  8.000000000000001e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 		 253 aa  161  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  39.69 
 
 		 272 aa  160  2e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2226  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0121072  hitchhiker  0.00000459382 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  39.61 
 
 		 248 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  39.69 
 
 		 272 aa  160  2e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 		 251 aa  160  2e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.694744  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  39.06 
 
 		 253 aa  159  5e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0620  putative short-chain dehydrogenase/reductase  42.13 
 
 		 277 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.096892 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.61 
 
 		 252 aa  158  8e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 		 256 aa  158  9e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 		 272 aa  158  1e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 		 264 aa  157  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 249 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  38.22 
 
 		 259 aa  156  4e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 		 268 aa  156  5.0000000000000005e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.150749 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2249  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.53 
 
 		 260 aa  155  7e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000113674  decreased coverage  1.89116e-19 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 		 255 aa  154  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.75 
 
 		 246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 		 248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 		 273 aa  152  4e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00507131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.87 
 
 		 250 aa  152  5e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 		 258 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 		 258 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 		 258 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 		 251 aa  152  5.9999999999999996e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  40.98 
 
 		 257 aa  152  8e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.47 
 
 		 256 aa  152  8e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 		 248 aa  151  8.999999999999999e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4626  short chain dehydrogenase  36.19 
 
 		 254 aa  151  8.999999999999999e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130325  normal  0.180414 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  39.06 
 
 		 253 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.54 
 
 		 250 aa  151  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 		 262 aa  151  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  39.29 
 
 		 262 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 249 aa  150  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.19 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.76 
 
 		 250 aa  150  2e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 		 252 aa  150  3e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 		 251 aa  149  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 		 249 aa  149  4e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 		 246 aa  149  4e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 		 251 aa  149  4e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 248 aa  149  5e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.767749  normal  0.280666 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 		 250 aa  149  5e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2217  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 		 258 aa  149  5e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4356  short chain dehydrogenase  36.12 
 
 		 254 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 		 252 aa  149  5e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0610793 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 		 252 aa  149  5e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 		 245 aa  149  6e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2711  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 		 245 aa  149  6e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.561182  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 		 246 aa  149  6e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000018635 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 		 246 aa  149  6e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.62 
 
 		 277 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  39.69 
 
 		 253 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 		 253 aa  149  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 		 249 aa  149  7e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 		 244 aa  148  8e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 		 255 aa  148  9e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 		 245 aa  148  9e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.67028  normal  0.072064 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.76 
 
 		 252 aa  148  9e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 		 260 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000468902  normal  0.0104317 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.309971 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 		 256 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 		 265 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.61 
 
 		 249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  40.6 
 
 		 257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1534  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.52 
 
 		 275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.23134  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 		 253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 		 251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.52 
 
 		 275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.254503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4572  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  40.38 
 
 		 258 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4625  short chain dehydrogenase  38.28 
 
 		 249 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.39 
 
 		 253 aa  147  3e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.161371  normal  0.29273 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>