More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4245 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_4245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
275 aa  536  1e-151  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.126058  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.41 
 
 
280 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4637  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.02 
 
 
280 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.53 
 
 
280 aa  182  6e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4695  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
280 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4827  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.8 
 
 
295 aa  176  5e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.63 
 
 
287 aa  174  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38962  normal  0.0399907 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41 
 
 
256 aa  165  9e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.35 
 
 
246 aa  158  1e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.35 
 
 
246 aa  156  3e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
251 aa  151  1e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
256 aa  150  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3076  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
285 aa  150  3e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.76 
 
 
248 aa  149  4e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
258 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.623129  normal  0.55267 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
250 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.38 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1738  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
264 aa  146  5e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
264 aa  146  5e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1804  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
264 aa  146  5e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.390803 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1975  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.62 
 
 
252 aa  146  5e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.636697  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1363  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 
254 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000027503  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
253 aa  145  1e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
262 aa  145  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.42 
 
 
257 aa  144  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  42.25 
 
 
257 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0213  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
264 aa  143  2e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
252 aa  144  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  37.15 
 
 
253 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
255 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.35 
 
 
262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  36.47 
 
 
253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.93 
 
 
257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0890906  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11380  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.82 
 
 
247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.833794 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 
253 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
249 aa  140  3e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
250 aa  140  3e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1220  short chain dehydrogenase  39.77 
 
 
254 aa  140  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
257 aa  139  3e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
249 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
261 aa  139  3.9999999999999997e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
282 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.694275  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
282 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 
249 aa  139  4.999999999999999e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
262 aa  139  7e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.583089  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4369  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.23 
 
 
246 aa  138  8.999999999999999e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1081  oxidoreductase, putative short-chain alcohol dehydrogenase  38.37 
 
 
253 aa  138  8.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
262 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2226  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.88 
 
 
261 aa  138  8.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0121072  hitchhiker  0.00000459382 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  33.72 
 
 
251 aa  138  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
244 aa  138  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.976658 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.46 
 
 
281 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223454  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.23 
 
 
264 aa  137  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
252 aa  137  1e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0610793 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 
297 aa  137  1e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.52 
 
 
246 aa  138  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.266771  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 
253 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11090  Short-chain dehydrogenase/reductase  34.59 
 
 
286 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.06 
 
 
282 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  35.97 
 
 
253 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
253 aa  137  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00078495  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.23 
 
 
248 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
247 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.264326 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.21 
 
 
261 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
253 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.161371  normal  0.29273 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1518  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
254 aa  136  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0138518 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  37.8 
 
 
248 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.74 
 
 
247 aa  136  4e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 
261 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
250 aa  135  5e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  34.31 
 
 
272 aa  136  5e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.13 
 
 
247 aa  135  5e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  34.31 
 
 
272 aa  136  5e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
282 aa  135  6.0000000000000005e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0692729  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 
256 aa  135  6.0000000000000005e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
254 aa  135  6.0000000000000005e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.43127  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3349  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.75 
 
 
246 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.06131  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.75 
 
 
246 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.767339  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.3 
 
 
293 aa  135  8e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1654  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.75 
 
 
246 aa  135  8e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0676994 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
248 aa  135  8e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3314  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.75 
 
 
246 aa  135  9e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2249  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.87 
 
 
260 aa  135  9e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000113674  decreased coverage  1.89116e-19 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5100  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR family protein  33.21 
 
 
261 aa  135  9e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.917841  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3563  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.75 
 
 
246 aa  135  9e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0125613 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
248 aa  134  9.999999999999999e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0508  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.12 
 
 
248 aa  134  9.999999999999999e-31  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 
259 aa  134  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3580  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.75 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
252 aa  134  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.264483  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3264  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.75 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 
260 aa  134  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
266 aa  134  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.388787  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
258 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.11166  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4948  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.33 
 
 
250 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.539161  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
249 aa  134  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>