More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3805 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3805  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 
167 aa  333  5.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234893  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1870  response regulator receiver protein  73.88 
 
 
167 aa  202  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3857  response regulator receiver domain-containing protein  71.34 
 
 
165 aa  201  5e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1493  response regulator receiver  72.73 
 
 
166 aa  198  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0529  putative response regulator receiver protein  63.24 
 
 
169 aa  168  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.289144  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4802  response regulator receiver protein  38.02 
 
 
150 aa  85.1  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.972925  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4061  putative response regulator receiver protein  37.39 
 
 
137 aa  80.1  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.601343  normal  0.164869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0517  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  36.67 
 
 
139 aa  79.3  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.355984  normal  0.550913 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7676  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  36.97 
 
 
136 aa  73.6  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3799  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  38.66 
 
 
415 aa  68.6  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3853  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  37.84 
 
 
417 aa  65.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1496  response regulator and cylclic diguanylate phosphodiesterase  39.13 
 
 
413 aa  63.9  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2292  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  29.46 
 
 
462 aa  60.5  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2645  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  35.44 
 
 
364 aa  58.9  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0463  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.67 
 
 
642 aa  57.8  0.00000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.683271 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1876  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  36.21 
 
 
416 aa  57.4  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.296132  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1017  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.62 
 
 
445 aa  56.6  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.246569  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1928  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.78 
 
 
477 aa  57  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2827  response regulator receiver protein  34.82 
 
 
137 aa  57.4  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2445  response regulator receiver  33.66 
 
 
125 aa  55.8  0.0000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.942791  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0590  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  25.62 
 
 
440 aa  55.8  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2758  response regulator receiver domain-containing protein  31.53 
 
 
122 aa  55.1  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1797  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35 
 
 
461 aa  55.1  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.774224  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0506  adenylate/guanylate cyclase  32.37 
 
 
380 aa  55.1  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.149903  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.73 
 
 
226 aa  55.1  0.0000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000154116  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2805  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.22 
 
 
927 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1419  signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
551 aa  55.1  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0362  two-component response regulator for zraP  29.82 
 
 
436 aa  55.1  0.0000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.896207  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2268  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.5 
 
 
459 aa  54.3  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00701331 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1831  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.79 
 
 
685 aa  54.3  0.0000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2694  two component transcriptional regulator  37.12 
 
 
235 aa  54.3  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154697  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4313  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.49 
 
 
965 aa  53.9  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.975749 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.8 
 
 
900 aa  54.3  0.0000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0647  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.69 
 
 
1137 aa  53.9  0.0000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6727  response regulator receiver protein  36.13 
 
 
237 aa  53.5  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6438  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.38 
 
 
394 aa  53.5  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00615091  normal  0.383003 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0170  two component transcriptional regulator, winged helix family  35 
 
 
232 aa  53.9  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1777  metal dependent phosphohydrolase, HD region with response regulator receiver modulation  41.3 
 
 
414 aa  53.9  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2469  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.62 
 
 
655 aa  53.9  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.344805  normal  0.830162 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0525  two component transcriptional regulator / cell cycle transcriptional regulator CtrA  30.97 
 
 
239 aa  53.9  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0626  histidine kinase  34.69 
 
 
1137 aa  53.9  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1100  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 
230 aa  53.9  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1503  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  29.41 
 
 
513 aa  53.9  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4779  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.43 
 
 
494 aa  53.9  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2445  response regulator receiver  36.73 
 
 
1172 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00053345 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1479  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  28.81 
 
 
445 aa  52.8  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3552  Cache sensor hybrid histidine kinase  39.24 
 
 
970 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.13 
 
 
1023 aa  52.8  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.100128 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11290  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  34.62 
 
 
234 aa  52  0.000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2643  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.44 
 
 
552 aa  52  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3003  two component Fis family transcriptional regulator  31.43 
 
 
465 aa  52.4  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697126  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1722  histidine kinase  37.5 
 
 
1361 aa  52.4  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.169999 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2495  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 
1362 aa  52  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0018  two component Fis family transcriptional regulator  35.44 
 
 
208 aa  52.4  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.594546  normal  0.0172011 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1781  response regulator receiver protein  38.27 
 
 
200 aa  52.4  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.110514  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3227  response regulator receiver protein  30.58 
 
 
134 aa  52.4  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.30627  normal  0.696337 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1657  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.77 
 
 
459 aa  52  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000574549  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2519  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  34.18 
 
 
468 aa  52.4  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1858  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.31 
 
 
227 aa  51.6  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0716  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  33.63 
 
 
543 aa  52  0.000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3596  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.83 
 
 
515 aa  52  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.363783 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0291  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.44 
 
 
444 aa  52  0.000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00612417  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3534  two-component system response regulator  28.91 
 
 
225 aa  52  0.000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.524315 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1116  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 
235 aa  52  0.000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.310768  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3295  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.83 
 
 
514 aa  52  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.836784  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0723  transcriptional regulator, response regulator  30.53 
 
 
225 aa  51.6  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0916  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.09 
 
 
231 aa  51.6  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0574949  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1528  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  27.97 
 
 
479 aa  51.6  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.163365  normal  0.0518301 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  26.67 
 
 
460 aa  51.6  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5328  putative two-component response regulatory protein  32.1 
 
 
133 aa  51.2  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.247483  normal  0.152499 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0247  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  35.14 
 
 
485 aa  51.2  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.898521  normal  0.0558214 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2551  response regulator receiver protein  40.96 
 
 
322 aa  51.2  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0029  response regulator receiver protein  35.16 
 
 
126 aa  51.2  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2712  sensor histidine kinase/response regulator  35.71 
 
 
1170 aa  51.2  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0928  response regulator receiver protein  28.57 
 
 
125 aa  51.2  0.000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0955  response regulator receiver protein  28.57 
 
 
125 aa  51.2  0.000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0585  DNA-binding response regulator  30.69 
 
 
230 aa  51.2  0.000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00125793  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32720  Response regulator  35.44 
 
 
394 aa  50.8  0.000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0392  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  29.29 
 
 
762 aa  50.8  0.000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.5363 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1394  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.91 
 
 
450 aa  50.8  0.000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.205793  normal  0.0550645 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1587  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.78 
 
 
231 aa  50.8  0.000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4784  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.63 
 
 
1141 aa  50.8  0.000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1816  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.26 
 
 
977 aa  50.8  0.000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.218789  normal  0.39116 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0204  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.27 
 
 
687 aa  50.8  0.000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.478023 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0854  response regulator receiver protein  34.78 
 
 
124 aa  50.8  0.000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1801  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.85 
 
 
522 aa  50.8  0.000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0233266 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4933  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.07 
 
 
224 aa  50.8  0.000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.742602  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4801  response regulator protein  28.57 
 
 
234 aa  50.4  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000584394  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4666  two component transcriptional regulator  32.91 
 
 
233 aa  50.4  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.27 
 
 
236 aa  50.1  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2002  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.64 
 
 
1155 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00831305 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1803  two component transcriptional regulator  29.84 
 
 
232 aa  50.4  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.782093  normal  0.890279 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2535  response regulator receiver protein  30.7 
 
 
126 aa  50.1  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2540  two component transcriptional regulator  30.94 
 
 
228 aa  50.4  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0563  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.66 
 
 
1127 aa  50.1  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1430  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.23 
 
 
737 aa  50.4  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.224344 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.9 
 
 
410 aa  50.4  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0809  putative diguanylate phosphodiesterase  28.8 
 
 
411 aa  50.4  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2025  cyclic-di-GMP regulatory protein  31.78 
 
 
390 aa  50.4  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.100945  normal  0.0489408 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1421  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.89 
 
 
404 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>