More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4933 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4933  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 224 aa  451  1.0000000000000001e-126  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.742602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3534  two-component system response regulator  64.29 
 
 		 225 aa  305  4.0000000000000004e-82  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.524315 
 
 
-
 
NC_002950  PG0720  DNA-binding response regulator  55.41 
 
 		 229 aa  265  4e-70  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.503154 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1449  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.15 
 
 		 223 aa  249  2e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4882  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.91 
 
 		 224 aa  241  9e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2540  response regulator receiver  50.22 
 
 		 231 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.255276  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6964  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.55 
 
 		 226 aa  231  8.000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.043471  normal  0.107802 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0465  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.2 
 
 		 225 aa  228  5e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2732  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 225 aa  221  7e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6736  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.36 
 
 		 226 aa  217  1e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.973659  normal  0.523736 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2586  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.58 
 
 		 227 aa  214  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0130561 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3158  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.09 
 
 		 225 aa  211  7.999999999999999e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4553  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.64 
 
 		 227 aa  195  4.0000000000000005e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.130056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3049  two component transcriptional regulator  42.15 
 
 		 224 aa  178  4.999999999999999e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5580  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.7 
 
 		 231 aa  174  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.85465 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1332  response regulator receiver  38.84 
 
 		 224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1620  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 228 aa  166  2.9999999999999998e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2454  transcriptional regulator domain protein  38.12 
 
 		 224 aa  164  8e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.02572  normal  0.811367 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1185  response regulator receiver  39.91 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2752  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  37.22 
 
 		 799 aa  160  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.74 
 
 		 226 aa  157  9e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000154116  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1307  two component transcriptional regulator  40.36 
 
 		 223 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0973239 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2946  DNA-binding heavy metal response regulator  38.39 
 
 		 223 aa  155  6e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3453  two component transcriptional regulator  35.27 
 
 		 224 aa  155  6e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4929  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.16 
 
 		 226 aa  154  8e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2223  winged helix family two component transcriptional regulator  37.73 
 
 		 229 aa  154  9e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.335669  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2033  DNA-binding response regulator  37.33 
 
 		 224 aa  154  9e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.725953  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1510  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  38.12 
 
 		 227 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2999  DNA-binding response regulator  36.89 
 
 		 224 aa  154  1e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.227145  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3229  DNA-binding response regulator  36.89 
 
 		 224 aa  154  1e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3221  DNA-binding response regulator  37.33 
 
 		 224 aa  154  1e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3235  DNA-binding response regulator  36.89 
 
 		 224 aa  153  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2944  two component transcriptional regulator  37.78 
 
 		 224 aa  153  2e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0958095  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2177  response regulator receiver protein  41.41 
 
 		 223 aa  152  2.9999999999999998e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00323539  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4261  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.48 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.906422  normal  0.0109867 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3055  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.77 
 
 		 227 aa  150  2e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.703147  hitchhiker  0.000223036 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  39.37 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4683  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.61 
 
 		 228 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.222547  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3842  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.61 
 
 		 227 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.67414 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3680  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.61 
 
 		 228 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6173  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.61 
 
 		 228 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.400074 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4222  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.48 
 
 		 224 aa  149  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.89 
 
 		 224 aa  149  3e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2430  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.61 
 
 		 227 aa  149  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1341  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.56 
 
 		 226 aa  149  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2960  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.22 
 
 		 227 aa  149  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0513  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.53 
 
 		 228 aa  149  4e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0088  two component transcriptional regulator  35.81 
 
 		 228 aa  149  4e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4764  two-component response regulator  37.72 
 
 		 223 aa  148  7e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.343356  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0082  two component transcriptional regulator  36.96 
 
 		 228 aa  148  9e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54510  two-component response regulator  37.72 
 
 		 223 aa  147  9e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.377152 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1461  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.05 
 
 		 227 aa  147  9e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1682  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 		 260 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000361446  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0708  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.22 
 
 		 226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328024  normal  0.9016 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.55 
 
 		 226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01884  predicted DNA-binding response regulator in two-component system with YedV  37.5 
 
 		 223 aa  146  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000533293  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01874  hypothetical protein  37.5 
 
 		 223 aa  146  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000061937  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1407  two component transcriptional regulator  34.68 
 
 		 265 aa  147  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2200  transcriptional regulatory protein YedW  37.5 
 
 		 260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000454941  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0914  transcriptional regulatory protein YedW  37.5 
 
 		 260 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000013212  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1376  DNA-binding response regulator IrlR  36.32 
 
 		 229 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.498923  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1216  transcriptional regulatory protein YedW  37.5 
 
 		 260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000000203871  normal  0.637592 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5018  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.04 
 
 		 226 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2070  transcriptional regulatory protein YedW  37.5 
 
 		 260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.15395e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1676  transcriptional regulatory protein YedW  37.5 
 
 		 260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000350308  normal  0.20506 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2748  transcriptional regulatory protein YedW  37.5 
 
 		 233 aa  146  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000892088  normal  0.227347 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1028  DNA-binding response regulator IrlR  35.87 
 
 		 229 aa  146  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0282692  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1439  transcriptional activator IrlR  35.87 
 
 		 229 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0030  DNA-binding response regulator IrlR  35.87 
 
 		 229 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.122488  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0528  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.95 
 
 		 223 aa  146  3e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0402  transcriptional activator IrlR  35.87 
 
 		 229 aa  146  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0800763  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1524  transcriptional activator protein IrlR  35.87 
 
 		 229 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1180  transcriptional activator IrlR  35.87 
 
 		 229 aa  146  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0831411  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00315  probable two component response regulator transcription regulator protein  36.16 
 
 		 227 aa  146  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0010  transcriptional activator IrlR  35.87 
 
 		 229 aa  146  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.121051  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  36.12 
 
 		 240 aa  145  4.0000000000000006e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  38.39 
 
 		 225 aa  145  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0655  two component response regulator transcription regulator protein  37.05 
 
 		 228 aa  145  5e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.81937 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0831  two component transcriptional regulator  36.96 
 
 		 228 aa  145  5e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.310785  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2122  DNA-binding response regulator  35.14 
 
 		 223 aa  145  6e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1208  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  35.71 
 
 		 226 aa  145  6e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.01 
 
 		 227 aa  145  6e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4628  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.04 
 
 		 224 aa  145  6e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000289587 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1459  two component transcriptional regulator  38.33 
 
 		 223 aa  145  6e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4389  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  36.32 
 
 		 226 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  36.32 
 
 		 227 aa  144  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49450  response regulator TctD  37.89 
 
 		 223 aa  144  8.000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.537816  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0997  response regulator receiver  38.63 
 
 		 228 aa  144  8.000000000000001e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1480  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.57 
 
 		 219 aa  144  8.000000000000001e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000681553  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2927  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.14 
 
 		 224 aa  144  9e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2152  two-component response regulator  35.59 
 
 		 225 aa  144  9e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.138022  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2158  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.61 
 
 		 226 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144347  normal  0.036827 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5383  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.44 
 
 		 225 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.651671 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5335  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  36.89 
 
 		 228 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733276  normal  0.970872 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  38.57 
 
 		 227 aa  144  1e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  35.71 
 
 		 226 aa  144  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0311  two component transcriptional regulator  37.73 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.280613 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  38.57 
 
 		 227 aa  144  1e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  36.61 
 
 		 226 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.32 
 
 		 225 aa  144  1e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>