More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4882 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4882  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 224 aa  447  1e-125  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2540  response regulator receiver  56.77 
 
 		 231 aa  271  8.000000000000001e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.255276  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5580  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.13 
 
 		 231 aa  259  3e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.85465 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3049  two component transcriptional regulator  56.95 
 
 		 224 aa  248  7e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2732  two component transcriptional regulator  54.91 
 
 		 225 aa  246  2e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4933  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.91 
 
 		 224 aa  241  9e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.742602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6964  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.82 
 
 		 226 aa  236  3e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.043471  normal  0.107802 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0465  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.2 
 
 		 225 aa  234  8e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2586  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 227 aa  229  2e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0130561 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3158  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.55 
 
 		 225 aa  225  5.0000000000000005e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3534  two-component system response regulator  49.32 
 
 		 225 aa  224  9e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.524315 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6736  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.32 
 
 		 226 aa  223  3e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.973659  normal  0.523736 
 
 
-
 
NC_002950  PG0720  DNA-binding response regulator  47.51 
 
 		 229 aa  215  5e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.503154 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1332  response regulator receiver  45.5 
 
 		 224 aa  210  1e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1449  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.51 
 
 		 223 aa  209  3e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4553  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.27 
 
 		 227 aa  207  2e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.130056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1185  response regulator receiver  43.24 
 
 		 225 aa  186  2e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1620  two component transcriptional regulator  40.72 
 
 		 228 aa  183  1.0000000000000001e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2454  transcriptional regulator domain protein  40.81 
 
 		 224 aa  176  2e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.02572  normal  0.811367 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0196  two component transcriptional regulator  41.36 
 
 		 226 aa  157  1e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3453  two component transcriptional regulator  32.29 
 
 		 224 aa  153  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2223  winged helix family two component transcriptional regulator  35.45 
 
 		 229 aa  153  2e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.335669  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.45 
 
 		 226 aa  152  4e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1508  cell cycle transcriptional regulator ctrA  41.26 
 
 		 237 aa  151  8e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.469708  normal  0.710734 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1407  two component transcriptional regulator  33.03 
 
 		 265 aa  150  2e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0210  DNA-binding response regulator  38.29 
 
 		 225 aa  149  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2999  DNA-binding response regulator  35.84 
 
 		 224 aa  149  3e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.227145  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3229  DNA-binding response regulator  35.84 
 
 		 224 aa  149  3e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2033  DNA-binding response regulator  35.84 
 
 		 224 aa  149  4e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.725953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3235  DNA-binding response regulator  35.84 
 
 		 224 aa  149  4e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4085  two component transcriptional regulator  35.14 
 
 		 225 aa  148  5e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4261  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.23 
 
 		 224 aa  148  6e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.906422  normal  0.0109867 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2122  DNA-binding response regulator  36.94 
 
 		 223 aa  148  7e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.77 
 
 		 224 aa  148  7e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3221  DNA-binding response regulator  35.4 
 
 		 224 aa  148  7e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4628  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.68 
 
 		 224 aa  147  9e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000289587 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1399  two component transcriptional regulator  39.64 
 
 		 239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.365128 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  34.36 
 
 		 229 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0525  two component transcriptional regulator / cell cycle transcriptional regulator CtrA  37.22 
 
 		 239 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  33.77 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0303  two component transcriptional regulator  38.74 
 
 		 233 aa  146  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0563  two component transcriptional regulator  38.74 
 
 		 235 aa  146  2.0000000000000003e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.621979  normal  0.422433 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1398  DNA-binding response regulator  36.84 
 
 		 246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000136334  hitchhiker  8.832960000000001e-24 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4222  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.23 
 
 		 224 aa  146  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2944  two component transcriptional regulator  35.84 
 
 		 224 aa  146  3e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0958095  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1903  two component transcriptional regulator  39.64 
 
 		 237 aa  146  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5018  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.88 
 
 		 226 aa  146  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2621  two component transcriptional regulator  39.19 
 
 		 237 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.75303  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1279  two component transcriptional regulator  39.19 
 
 		 237 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.461363  normal  0.257738 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2505  two component transcriptional regulator  38.74 
 
 		 238 aa  145  4.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.791438  normal  0.178168 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  35.91 
 
 		 224 aa  145  5e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  35.45 
 
 		 224 aa  144  8.000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0086  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.29 
 
 		 223 aa  144  9e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000430601  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2605  two component transcriptional regulator  38.29 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2927  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.88 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3527  two component response regulator  38.74 
 
 		 233 aa  143  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3336  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.29 
 
 		 233 aa  143  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.523001 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.91 
 
 		 227 aa  143  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2264  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.32 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00910741  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3079  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.29 
 
 		 233 aa  143  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0723  transcriptional regulator, response regulator  40 
 
 		 225 aa  143  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0824  response regulator receiver  38.29 
 
 		 233 aa  142  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.788002  normal  0.224481 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4854  two component transcriptional regulator  38.29 
 
 		 231 aa  143  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0784  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.29 
 
 		 233 aa  142  3e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.182528 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  34.08 
 
 		 229 aa  142  4e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.09 
 
 		 224 aa  142  4e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0142  DNA-binding response regulator  37.61 
 
 		 231 aa  142  4e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2735  two component transcriptional regulator  36.94 
 
 		 219 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0747  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.29 
 
 		 233 aa  142  6e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.485257  normal  0.934966 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3488  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 233 aa  142  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.487721  normal  0.120653 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1841  two component transcriptional regulator  34.84 
 
 		 216 aa  142  6e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0207334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3980  DNA-binding transcriptional regulator BasR  34.53 
 
 		 220 aa  141  8e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000564215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3741  DNA-binding transcriptional regulator BasR  34.53 
 
 		 220 aa  141  8e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3607  DNA-binding transcriptional regulator BasR  34.53 
 
 		 220 aa  141  8e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000202279  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1569  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 232 aa  141  8e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  34.07 
 
 		 225 aa  141  9e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1892  two component transcriptional regulator, winged helix family  36 
 
 		 228 aa  140  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000392  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2941  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  33.04 
 
 		 652 aa  140  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3946  two component transcriptional regulator  38.29 
 
 		 233 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.26309  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2672  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.05 
 
 		 229 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.665859  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2213  two component transcriptional regulator / cell cycle transcriptional regulator CtrA  37.84 
 
 		 249 aa  140  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.88155  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3622  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.29 
 
 		 233 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0114155  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5573  two component transcriptional regulator  38.29 
 
 		 233 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.30933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0513  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.39 
 
 		 228 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2529  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.74 
 
 		 233 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1815  two component heavy metal response transcriptional regulator  31.86 
 
 		 224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275759  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0525  transcriptional regulatory protein  36.94 
 
 		 233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.369528  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3430  transcriptional regulator  33.03 
 
 		 221 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3075  two component transcriptional regulator  33.03 
 
 		 220 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0867071  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  34.93 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3371  two component transcriptional regulator  36.94 
 
 		 233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.442318  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5331  transcriptional regulator two components regulatory system  32.13 
 
 		 225 aa  139  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0274603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2480  DNA-binding heavy metal response regulator  37.89 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000187636  normal  0.518539 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2192  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.89 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1845  DNA-binding response regulator  38.74 
 
 		 225 aa  140  1.9999999999999998e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  35.29 
 
 		 222 aa  140  1.9999999999999998e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2174  two component transcriptional regulator  36.94 
 
 		 235 aa  139  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.77199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2084  DNA-binding heavy metal response regulator  37.89 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000771382  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7369  two component transcriptional regulator  36.94 
 
 		 219 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.175011  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3672  winged helix family two component transcriptional regulator  36.94 
 
 		 233 aa  139  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>