More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1508 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1508  cell cycle transcriptional regulator ctrA  100 
 
 		 237 aa  481  1e-135  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.469708  normal  0.710734 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1399  two component transcriptional regulator  87.39 
 
 		 239 aa  424  1e-118  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.365128 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1279  two component transcriptional regulator  87.34 
 
 		 237 aa  419  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.461363  normal  0.257738 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1903  two component transcriptional regulator  86.9 
 
 		 237 aa  418  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2621  two component transcriptional regulator  87.34 
 
 		 237 aa  419  1e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.75303  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2505  two component transcriptional regulator  83.48 
 
 		 238 aa  393  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.791438  normal  0.178168 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0303  two component transcriptional regulator  76.86 
 
 		 233 aa  379  1e-104  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3079  two component transcriptional regulator, winged helix family  76.75 
 
 		 233 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3336  two component transcriptional regulator, winged helix family  76.75 
 
 		 233 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.523001 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3527  two component response regulator  76.32 
 
 		 233 aa  372  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2605  two component transcriptional regulator  76.89 
 
 		 233 aa  370  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0824  response regulator receiver  76.79 
 
 		 233 aa  368  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.788002  normal  0.224481 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3946  two component transcriptional regulator  76.79 
 
 		 233 aa  367  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.26309  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0784  two component transcriptional regulator, winged helix family  76.79 
 
 		 233 aa  368  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.182528 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3622  two component transcriptional regulator, winged helix family  76.79 
 
 		 233 aa  367  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0114155  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4854  two component transcriptional regulator  75.32 
 
 		 231 aa  367  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2213  two component transcriptional regulator / cell cycle transcriptional regulator CtrA  74.89 
 
 		 249 aa  369  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.88155  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2174  two component transcriptional regulator  73.19 
 
 		 235 aa  363  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.77199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3488  two component transcriptional regulator  75.45 
 
 		 233 aa  367  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.487721  normal  0.120653 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5573  two component transcriptional regulator  76.79 
 
 		 233 aa  366  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.30933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6127  two component transcriptional regulator  74.46 
 
 		 233 aa  364  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2529  two component transcriptional regulator, winged helix family  76.79 
 
 		 233 aa  365  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0747  two component transcriptional regulator, winged helix family  76.79 
 
 		 233 aa  367  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.485257  normal  0.934966 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0563  two component transcriptional regulator  76 
 
 		 235 aa  367  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.621979  normal  0.422433 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0344  two component transcriptional regulator  75.88 
 
 		 233 aa  366  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.348132 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1569  two component transcriptional regulator  74.78 
 
 		 232 aa  363  1e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4233  two component transcriptional regulator  74.14 
 
 		 233 aa  363  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0736222  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1599  cell cycle transcriptional regulator CtrA  74.78 
 
 		 232 aa  362  2e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0123641  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1542  cell cycle transcriptional regulator CtrA  74.78 
 
 		 232 aa  362  2e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3912  two component transcriptional regulator  74.25 
 
 		 233 aa  362  2e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3672  winged helix family two component transcriptional regulator  74.25 
 
 		 233 aa  362  2e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1822  two component transcriptional regulator, winged helix family  74.25 
 
 		 233 aa  363  2e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.077619  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3371  two component transcriptional regulator  73.71 
 
 		 233 aa  361  5.0000000000000005e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.442318  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6533  cell cycle transcriptional regulator CtrA  72.84 
 
 		 233 aa  361  6e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.1191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0525  transcriptional regulatory protein  73.82 
 
 		 233 aa  360  1e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.369528  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1026  two component transcriptional regulator  72.29 
 
 		 231 aa  360  1e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0669  transcription regulator CtrA  74.03 
 
 		 231 aa  360  1e-98  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.7626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1019  cell cycle transcriptional regulator CtrA  74.55 
 
 		 233 aa  358  4e-98  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.736916  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5319  cell cycle transcriptional regulator CtrA  68.75 
 
 		 233 aa  335  3.9999999999999995e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0983847 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0525  two component transcriptional regulator / cell cycle transcriptional regulator CtrA  65.69 
 
 		 239 aa  325  5e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4096  two component transcriptional regulator  82.12 
 
 		 184 aa  270  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0732  cell cycle transcriptional regulator  56.14 
 
 		 256 aa  250  1e-65  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1202  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.46 
 
 		 244 aa  235  5.0000000000000005e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0817  response regulator receiver: C terminal  51.97 
 
 		 266 aa  231  9e-60  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0415499  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1012  DNA-binding response regulator  51.97 
 
 		 265 aa  230  1e-59  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0213425  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0234  DNA-binding response regulator  39.22 
 
 		 265 aa  171  5.999999999999999e-42  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1505  response regulator receiver  42.99 
 
 		 219 aa  168  5e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.404603  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1476  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 219 aa  168  5e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  40.18 
 
 		 224 aa  164  8e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1969  response regulator receiver domain-containing protein  41.26 
 
 		 219 aa  164  1.0000000000000001e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.478098  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1830  two component transcriptional regulator  41.58 
 
 		 250 aa  162  3e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  40.09 
 
 		 231 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  39.27 
 
 		 227 aa  161  8.000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.83 
 
 		 225 aa  161  8.000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  39.27 
 
 		 227 aa  161  8.000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3017  two component transcriptional regulator  40.54 
 
 		 225 aa  160  2e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1884  two component transcriptional regulator  39.29 
 
 		 222 aa  159  3e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0239131 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  39.39 
 
 		 225 aa  159  4e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2976  two component transcriptional regulator  38.57 
 
 		 225 aa  159  5e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.176642 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2695  two component transcriptional regulator  38.74 
 
 		 226 aa  159  5e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000581772  normal  0.101861 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 222 aa  159  5e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3908  two component transcriptional regulator  39.47 
 
 		 227 aa  158  6e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000011766  normal  0.487109 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3817  two component transcriptional regulator  39.47 
 
 		 227 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000444115  decreased coverage  0.00121668 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1132  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  38.5 
 
 		 227 aa  157  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2348  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 224 aa  156  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000162881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.95 
 
 		 227 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1435  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 233 aa  157  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.73 
 
 		 224 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 227 aa  156  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4163  two component transcriptional regulator  35.75 
 
 		 223 aa  156  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  40.79 
 
 		 223 aa  155  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.62 
 
 		 224 aa  155  5.0000000000000005e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.602411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3353  response regulator receiver domain-containing protein  40.64 
 
 		 225 aa  155  6e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371413  normal  0.100473 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.53 
 
 		 225 aa  155  7e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.53 
 
 		 225 aa  154  9e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  38.53 
 
 		 225 aa  154  9e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4025  two component transcriptional regulator  39.04 
 
 		 227 aa  154  9e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0634  DNA-binding response regulator  39.56 
 
 		 223 aa  154  2e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1810  DNA-binding response regulator  37.28 
 
 		 233 aa  153  2e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0562957  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  38.86 
 
 		 224 aa  153  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 220 aa  153  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4793  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.27 
 
 		 219 aa  153  2e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.732153 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  38.91 
 
 		 229 aa  154  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  37.95 
 
 		 225 aa  153  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1264  response regulator receiver  36.32 
 
 		 243 aa  153  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000227049  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  39.3 
 
 		 224 aa  153  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2505  two component transcriptional regulator  36.49 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.457878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2752  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  37.56 
 
 		 799 aa  152  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1542  response regulator receiver protein  38.39 
 
 		 224 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3246  two component transcriptional regulator  37.56 
 
 		 231 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050319  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1764  DNA-binding response regulator  39.29 
 
 		 224 aa  152  4e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  38.98 
 
 		 257 aa  152  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3741  DNA-binding transcriptional regulator BasR  38.01 
 
 		 220 aa  152  4e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3980  DNA-binding transcriptional regulator BasR  38.01 
 
 		 220 aa  152  4e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000564215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3607  DNA-binding transcriptional regulator BasR  38.01 
 
 		 220 aa  152  4e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000202279  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4482  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.61 
 
 		 221 aa  152  5e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0702  DNA-binding response regulator  40 
 
 		 223 aa  152  5e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3958  two component transcriptional regulator  34.21 
 
 		 237 aa  152  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>