More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1399 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1399  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 239 aa  484  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.365128 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1903  two component transcriptional regulator  87.45 
 
 		 237 aa  424  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1508  cell cycle transcriptional regulator ctrA  87.39 
 
 		 237 aa  424  1e-118  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.469708  normal  0.710734 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1279  two component transcriptional regulator  87.03 
 
 		 237 aa  423  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.461363  normal  0.257738 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2621  two component transcriptional regulator  87.03 
 
 		 237 aa  423  1e-117  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.75303  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2505  two component transcriptional regulator  86.61 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.791438  normal  0.178168 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0303  two component transcriptional regulator  77.39 
 
 		 233 aa  382  1e-105  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5573  two component transcriptional regulator  75.95 
 
 		 233 aa  374  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.30933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3946  two component transcriptional regulator  77.53 
 
 		 233 aa  374  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.26309  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0824  response regulator receiver  76.37 
 
 		 233 aa  375  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.788002  normal  0.224481 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0784  two component transcriptional regulator, winged helix family  76.37 
 
 		 233 aa  375  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.182528 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3622  two component transcriptional regulator, winged helix family  77.53 
 
 		 233 aa  375  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0114155  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1822  two component transcriptional regulator, winged helix family  77.53 
 
 		 233 aa  374  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.077619  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0747  two component transcriptional regulator, winged helix family  76.37 
 
 		 233 aa  377  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.485257  normal  0.934966 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3912  two component transcriptional regulator  77.53 
 
 		 233 aa  374  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2605  two component transcriptional regulator  78.22 
 
 		 233 aa  374  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3672  winged helix family two component transcriptional regulator  77.53 
 
 		 233 aa  374  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4854  two component transcriptional regulator  77.88 
 
 		 231 aa  376  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2174  two component transcriptional regulator  77.88 
 
 		 235 aa  373  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.77199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0525  transcriptional regulatory protein  76.65 
 
 		 233 aa  370  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.369528  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3527  two component response regulator  79.02 
 
 		 233 aa  372  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4233  two component transcriptional regulator  77.09 
 
 		 233 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0736222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3371  two component transcriptional regulator  77.09 
 
 		 233 aa  372  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.442318  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3336  two component transcriptional regulator, winged helix family  78.57 
 
 		 233 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.523001 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3079  two component transcriptional regulator, winged helix family  78.57 
 
 		 233 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0344  two component transcriptional regulator  77.09 
 
 		 233 aa  371  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.348132 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2213  two component transcriptional regulator / cell cycle transcriptional regulator CtrA  77.88 
 
 		 249 aa  373  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.88155  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3488  two component transcriptional regulator  74.26 
 
 		 233 aa  372  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.487721  normal  0.120653 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0669  transcription regulator CtrA  75.76 
 
 		 231 aa  370  1e-102  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.7626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6533  cell cycle transcriptional regulator CtrA  76.11 
 
 		 233 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.1191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0563  two component transcriptional regulator  76.68 
 
 		 235 aa  367  1e-101  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.621979  normal  0.422433 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2529  two component transcriptional regulator, winged helix family  77.09 
 
 		 233 aa  369  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1599  cell cycle transcriptional regulator CtrA  75.44 
 
 		 232 aa  366  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0123641  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1019  cell cycle transcriptional regulator CtrA  75.89 
 
 		 233 aa  365  1e-100  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.736916  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1569  two component transcriptional regulator  75.44 
 
 		 232 aa  367  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1542  cell cycle transcriptional regulator CtrA  75.44 
 
 		 232 aa  366  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6127  two component transcriptional regulator  77.58 
 
 		 233 aa  367  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1026  two component transcriptional regulator  72.73 
 
 		 231 aa  363  2e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5319  cell cycle transcriptional regulator CtrA  68.72 
 
 		 233 aa  342  2.9999999999999997e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0983847 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0525  two component transcriptional regulator / cell cycle transcriptional regulator CtrA  66.81 
 
 		 239 aa  327  8e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4096  two component transcriptional regulator  80.45 
 
 		 184 aa  269  2.9999999999999997e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0732  cell cycle transcriptional regulator  54.94 
 
 		 256 aa  258  4e-68  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1012  DNA-binding response regulator  52.03 
 
 		 265 aa  242  3e-63  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0213425  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0817  response regulator receiver: C terminal  53.74 
 
 		 266 aa  241  7.999999999999999e-63  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0415499  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1202  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.88 
 
 		 244 aa  234  1.0000000000000001e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0234  DNA-binding response regulator  41.81 
 
 		 265 aa  183  3e-45  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1505  response regulator receiver  44.34 
 
 		 219 aa  173  1.9999999999999998e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.404603  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1476  two component transcriptional regulator  44.34 
 
 		 219 aa  173  1.9999999999999998e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  41.1 
 
 		 224 aa  170  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  41.89 
 
 		 231 aa  169  5e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.47 
 
 		 227 aa  163  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1132  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  40.09 
 
 		 227 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  40.71 
 
 		 222 aa  163  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1830  two component transcriptional regulator  40.91 
 
 		 250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4261  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 224 aa  162  6e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.906422  normal  0.0109867 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3908  two component transcriptional regulator  40.54 
 
 		 227 aa  162  6e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000011766  normal  0.487109 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 224 aa  161  7e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2695  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 226 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000581772  normal  0.101861 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3817  two component transcriptional regulator  40.54 
 
 		 227 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000444115  decreased coverage  0.00121668 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 		 229 aa  161  9e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3246  two component transcriptional regulator  38.94 
 
 		 231 aa  161  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  39.65 
 
 		 224 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  40 
 
 		 227 aa  160  2e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1884  two component transcriptional regulator  37.95 
 
 		 222 aa  160  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0239131 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.73 
 
 		 225 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 227 aa  160  2e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 227 aa  159  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0434  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.6 
 
 		 236 aa  159  3e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.569156 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 223 aa  159  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4222  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.64 
 
 		 224 aa  159  4e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3353  response regulator receiver domain-containing protein  40.91 
 
 		 225 aa  159  5e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371413  normal  0.100473 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3017  two component transcriptional regulator  39.64 
 
 		 225 aa  159  5e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4025  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 227 aa  158  6e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 224 aa  157  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  39.21 
 
 		 257 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4163  two component transcriptional regulator  36.65 
 
 		 223 aa  157  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  38.94 
 
 		 223 aa  157  1e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3303  response regulator receiver protein  40 
 
 		 224 aa  157  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.206004 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1969  response regulator receiver domain-containing protein  39.46 
 
 		 219 aa  157  2e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.478098  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  38.86 
 
 		 225 aa  156  3e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2752  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 799 aa  156  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1264  response regulator receiver  38.46 
 
 		 243 aa  156  3e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000227049  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  38.5 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2976  two component transcriptional regulator  39.01 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.176642 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3852  two component transcriptional regulator  38.29 
 
 		 231 aa  155  4e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.15775  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1620  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 227 aa  155  4e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000174219  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 226 aa  155  4e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.5 
 
 		 225 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 220 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4793  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.73 
 
 		 219 aa  155  5.0000000000000005e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.732153 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4085  two component transcriptional regulator  38.91 
 
 		 225 aa  155  6e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  38.5 
 
 		 225 aa  155  6e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.5 
 
 		 225 aa  155  6e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02836  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R2 (raxR2)  38.29 
 
 		 223 aa  155  7e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4595  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.77 
 
 		 224 aa  155  8e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4114  response regulator receiver  38.67 
 
 		 221 aa  154  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5326  two component transcriptional regulator  38.1 
 
 		 235 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  38.53 
 
 		 240 aa  154  1e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3669  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 		 224 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>