More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5580 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5580  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 231 aa  469  1.0000000000000001e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.85465 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4882  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.13 
 
 		 224 aa  291  5e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2540  response regulator receiver  51.09 
 
 		 231 aa  230  2e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.255276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3049  two component transcriptional regulator  50.67 
 
 		 224 aa  217  1e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0465  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.69 
 
 		 225 aa  207  7e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4933  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.29 
 
 		 224 aa  206  2e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.742602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3534  two-component system response regulator  45.25 
 
 		 225 aa  201  7e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.524315 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3158  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.14 
 
 		 225 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2586  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.97 
 
 		 227 aa  195  6e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0130561 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6964  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.13 
 
 		 226 aa  193  2e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.043471  normal  0.107802 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2732  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 		 225 aa  192  4e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6736  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.36 
 
 		 226 aa  186  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.973659  normal  0.523736 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1332  response regulator receiver  40.99 
 
 		 224 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0720  DNA-binding response regulator  43.44 
 
 		 229 aa  181  6e-45  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.503154 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1449  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.53 
 
 		 223 aa  173  1.9999999999999998e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1620  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 		 228 aa  171  5.999999999999999e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4553  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.27 
 
 		 227 aa  168  7e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.130056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2454  transcriptional regulator domain protein  41.44 
 
 		 224 aa  164  8e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.02572  normal  0.811367 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1185  response regulator receiver  40 
 
 		 225 aa  162  6e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1407  two component transcriptional regulator  34.82 
 
 		 265 aa  144  1e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3617  DNA-binding transcriptional regulator BasR  37.22 
 
 		 220 aa  139  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000270917  normal  0.430126 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2152  two-component response regulator  33.18 
 
 		 225 aa  137  1e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.138022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  36 
 
 		 224 aa  134  9e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5018  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.78 
 
 		 226 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 229 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0392  DNA-binding transcriptional regulator BasR  36.04 
 
 		 222 aa  132  6e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.421328  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7369  two component transcriptional regulator  36.2 
 
 		 219 aa  131  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.175011  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0086  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.48 
 
 		 223 aa  130  1.0000000000000001e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000430601  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3741  DNA-binding transcriptional regulator BasR  33.63 
 
 		 220 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3980  DNA-binding transcriptional regulator BasR  33.63 
 
 		 220 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000564215  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0310  DNA-binding transcriptional regulator BasR  34.68 
 
 		 232 aa  130  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0214332  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2927  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.59 
 
 		 224 aa  130  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3607  DNA-binding transcriptional regulator BasR  33.63 
 
 		 220 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000202279  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2348  two component transcriptional regulator  33.93 
 
 		 224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000162881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2486  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  34.08 
 
 		 224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2941  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  33.48 
 
 		 652 aa  129  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3285  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.89 
 
 		 224 aa  129  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00225391  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1746  two component transcriptional regulator  35.27 
 
 		 224 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000480188  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3217  two component transcriptional regulator  34.39 
 
 		 221 aa  129  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164246  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1287  two component transcriptional regulator  34.39 
 
 		 221 aa  129  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00449543  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0513  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.67 
 
 		 228 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  32.13 
 
 		 240 aa  127  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1791  two component transcriptional regulator  35.24 
 
 		 224 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.506547  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003617  DNA-binding response regulator  34.09 
 
 		 218 aa  127  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.831618  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0196  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 226 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1845  DNA-binding response regulator  34.82 
 
 		 225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0985  DNA-binding response regulator CiaR  33.48 
 
 		 226 aa  126  3e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.447626  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  32.73 
 
 		 227 aa  126  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  33.18 
 
 		 220 aa  126  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3017  two component transcriptional regulator  32.74 
 
 		 225 aa  126  3e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1445  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.98 
 
 		 225 aa  126  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1416  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.98 
 
 		 225 aa  126  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.73 
 
 		 220 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4261  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.59 
 
 		 224 aa  125  6e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.906422  normal  0.0109867 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3060  two component transcriptional regulator  32.43 
 
 		 223 aa  125  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4085  two component transcriptional regulator  32.88 
 
 		 225 aa  125  7e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.53 
 
 		 226 aa  125  8.000000000000001e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000154116  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2122  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 223 aa  124  9e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4016  DNA-binding transcriptional regulator BasR  35.59 
 
 		 222 aa  124  9e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.727043  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0503  two component transcriptional regulator  32.73 
 
 		 227 aa  124  9e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5700  two component transcriptional regulator  32.33 
 
 		 246 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.663569  normal  0.593468 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1202  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.18 
 
 		 244 aa  124  1e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4400  DNA-binding response regulator  33.48 
 
 		 233 aa  124  1e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4417  DNA-binding response regulator  33.48 
 
 		 233 aa  124  1e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1255  hypothetical protein  33.82 
 
 		 225 aa  124  1e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1254  hypothetical protein  33.82 
 
 		 225 aa  124  1e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3935  two component transcriptional regulator  34.38 
 
 		 226 aa  124  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.646675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.82 
 
 		 225 aa  124  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1307  two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 223 aa  124  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0973239 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5309  two component transcriptional regulator  32.33 
 
 		 246 aa  124  1e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.383621  normal  0.611504 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4803  DNA-binding response regulator  33.48 
 
 		 229 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2223  winged helix family two component transcriptional regulator  29.55 
 
 		 229 aa  123  2e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.335669  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3836  DNA-binding transcriptional regulator BasR  34.68 
 
 		 222 aa  124  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4565  DNA-binding response regulator  33.04 
 
 		 233 aa  123  2e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2804  two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 224 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000183823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0210  DNA-binding response regulator  33.78 
 
 		 225 aa  123  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4222  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.59 
 
 		 224 aa  123  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4920  DNA-binding response regulator  33.04 
 
 		 229 aa  123  2e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3491  two component transcriptional regulator  34.39 
 
 		 219 aa  124  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13280  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.07 
 
 		 227 aa  123  2e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536961  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49180  two-component response regulator PhoP  31.36 
 
 		 225 aa  123  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000831037 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2976  two component transcriptional regulator  31.25 
 
 		 225 aa  123  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.176642 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  31.98 
 
 		 222 aa  123  2e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0458  DNA-binding response regulator  33.04 
 
 		 229 aa  123  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396749 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1693  two component transcriptional regulator  32.74 
 
 		 229 aa  123  3e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234642 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0303  two component transcriptional regulator  34.39 
 
 		 233 aa  123  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0563  two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 235 aa  123  3e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.621979  normal  0.422433 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4200  two-component response regulator PhoP  31.36 
 
 		 225 aa  122  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3674  two component transcriptional regulator  32.33 
 
 		 246 aa  122  4e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.027909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6127  two component transcriptional regulator  35.4 
 
 		 233 aa  122  5e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0547  two component transcriptional regulator  36.49 
 
 		 224 aa  122  5e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3453  two component transcriptional regulator  27.48 
 
 		 224 aa  122  6e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1916  two component transcriptional regulator  35.14 
 
 		 228 aa  122  6e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.400732  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4781  DNA-binding response regulator  33.04 
 
 		 229 aa  121  7e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2752  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  31.33 
 
 		 799 aa  121  8e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4535  two component transcriptional regulator  37.99 
 
 		 233 aa  121  9e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.636187 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4448  two component transcriptional regulator  37.99 
 
 		 233 aa  121  9e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0130258  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4830  two component transcriptional regulator  37.99 
 
 		 233 aa  120  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.212021  normal  0.209649 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0824  response regulator receiver  35.4 
 
 		 233 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.788002  normal  0.224481 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1542  response regulator receiver protein  32.6 
 
 		 224 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>