More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3285 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3285  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 224 aa  441  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00225391  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1953  two component transcriptional regulator  79.17 
 
 		 226 aa  320  9.999999999999999e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1754  two component transcriptional regulator, winged helix family  79.17 
 
 		 226 aa  320  9.999999999999999e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1143  two component transcriptional regulator  68.75 
 
 		 224 aa  294  6e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.606905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1465  two component transcriptional regulator, winged helix family  63.64 
 
 		 223 aa  250  1e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.556647  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0224  two component transcriptional regulator  49.54 
 
 		 221 aa  203  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0104787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1287  two component transcriptional regulator  48.62 
 
 		 221 aa  202  4e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00449543  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3217  two component transcriptional regulator  48.62 
 
 		 221 aa  202  4e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164246  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3815  two component transcriptional regulator  48.15 
 
 		 219 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.681737  normal  0.25062 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3088  two component transcriptional regulator  47.69 
 
 		 219 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3399  two component transcriptional regulator  48.85 
 
 		 223 aa  197  7e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0210  DNA-binding response regulator  48.4 
 
 		 225 aa  196  3e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6259  two component response regulator  42.73 
 
 		 220 aa  194  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.1188  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7369  two component transcriptional regulator  47.25 
 
 		 219 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.175011  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2735  two component transcriptional regulator  47.03 
 
 		 219 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3284  two component transcriptional regulator  48.62 
 
 		 219 aa  191  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0910618 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6029  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 		 222 aa  190  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.167629 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.93 
 
 		 219 aa  190  1e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3094  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.85 
 
 		 223 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3075  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 220 aa  188  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0867071  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1602  two component transcriptional regulator  48.18 
 
 		 223 aa  185  4e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.389685 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3430  transcriptional regulator  46.36 
 
 		 221 aa  184  8e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0644  two component transcriptional regulator  44.04 
 
 		 222 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.553024  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4961  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 		 220 aa  181  6e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.675974  normal  0.952404 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3792  two component transcriptional regulator  45.54 
 
 		 227 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.358087  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4225  winged helix family two component transcriptional regulator  45.09 
 
 		 227 aa  177  9e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  45.91 
 
 		 220 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5168  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.54 
 
 		 219 aa  176  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3550  two component transcriptional regulator  44.93 
 
 		 227 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0188344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.91 
 
 		 220 aa  175  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  43.32 
 
 		 220 aa  175  6e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2074  DNA-binding response regulator  49.54 
 
 		 219 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.401565  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1977  DNA-binding response regulator  49.54 
 
 		 219 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0671  DNA-binding response regulator  49.54 
 
 		 219 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.485657  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3607  DNA-binding transcriptional regulator BasR  45 
 
 		 220 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000202279  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0784  DNA-binding response regulator  49.54 
 
 		 219 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.42757  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3980  DNA-binding transcriptional regulator BasR  45 
 
 		 220 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000564215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0490  two component response regulator  49.54 
 
 		 219 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.663456  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3741  DNA-binding transcriptional regulator BasR  45 
 
 		 220 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1783  two component transcriptional regulator  47.69 
 
 		 220 aa  174  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0136  two component transcriptional regulator  44.91 
 
 		 220 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.259962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0559  DNA-binding response regulator  49.54 
 
 		 232 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1624  DNA-binding response regulator  49.54 
 
 		 219 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0176162  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  47.2 
 
 		 220 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  45.79 
 
 		 219 aa  172  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0903  DNA-binding response regulator  48.15 
 
 		 219 aa  172  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.604027  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4876  two component transcriptional regulator  46.12 
 
 		 221 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.292661  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03384  response regulator  42.92 
 
 		 221 aa  171  5.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000742618  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  46.26 
 
 		 219 aa  171  7.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3680  histidine kinase A domain-containing protein  45.21 
 
 		 220 aa  170  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.894604 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0392  DNA-binding transcriptional regulator BasR  41.74 
 
 		 222 aa  171  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.421328  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5392  winged helix family two component transcriptional regulator  48.15 
 
 		 219 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.890679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0471  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 221 aa  170  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3456  two component transcriptional regulator  49.09 
 
 		 220 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.836579  normal  0.262944 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4239  two component transcriptional regulator  44.24 
 
 		 220 aa  170  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0202421  normal  0.361244 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4141  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 220 aa  169  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2384  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.86 
 
 		 219 aa  169  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23421  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3004  two component transcriptional regulator  42.53 
 
 		 221 aa  168  7e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4039  winged helix family two component transcriptional regulator  42.53 
 
 		 221 aa  168  7e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4978  winged helix family two component transcriptional regulator  42.53 
 
 		 221 aa  168  7e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.140502  normal  0.541541 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2596  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 233 aa  167  9e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.606495  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2076  OmpR family two-component transcriptional regulator  42.59 
 
 		 224 aa  167  1e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000231542  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0310  DNA-binding transcriptional regulator BasR  42.66 
 
 		 232 aa  166  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0214332  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2298  two component transcriptional regulator  41.82 
 
 		 221 aa  167  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  44.86 
 
 		 220 aa  166  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3617  DNA-binding transcriptional regulator BasR  44.55 
 
 		 220 aa  167  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000270917  normal  0.430126 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1638  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 227 aa  166  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0277  two component transcriptional regulator  45.69 
 
 		 235 aa  166  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.344057 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3901  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  42.41 
 
 		 225 aa  166  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32580  two-component response regulator  45.95 
 
 		 226 aa  166  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.16072 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3443  two component transcriptional regulator  48.39 
 
 		 213 aa  166  2.9999999999999998e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0278745 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2598  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 221 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.458585  normal  0.0460703 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  47.95 
 
 		 220 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2759  two-component response regulator  45.5 
 
 		 226 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358049  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3148  two component response regulator  49.76 
 
 		 225 aa  166  4e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.174373  hitchhiker  0.000575412 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  44.91 
 
 		 218 aa  165  5.9999999999999996e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  44.55 
 
 		 220 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  48.4 
 
 		 220 aa  164  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2154  two component transcriptional regulator  44.24 
 
 		 218 aa  164  6.9999999999999995e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0933  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 253 aa  164  6.9999999999999995e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2733  two component transcriptional regulator  42.53 
 
 		 242 aa  164  6.9999999999999995e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00185097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0692  two component transcriptional regulator  42.13 
 
 		 224 aa  164  9e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.478389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  43.98 
 
 		 223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1228  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  41.12 
 
 		 218 aa  162  3e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.169339 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  43.44 
 
 		 221 aa  162  3e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  47.49 
 
 		 220 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1393  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.34 
 
 		 223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0533398  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4177  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.32 
 
 		 223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.622163  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  44.86 
 
 		 219 aa  162  4.0000000000000004e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2665  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 220 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0680  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 		 225 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.982653 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0308  DNA-binding response regulator  46.26 
 
 		 220 aa  161  6e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0850  DNA-binding response regulator  46.26 
 
 		 220 aa  161  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0845  DNA-binding response regulator  46.26 
 
 		 220 aa  161  6e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0051  DNA-binding response regulator  46.26 
 
 		 220 aa  161  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2437  DNA-binding response regulator  46.26 
 
 		 220 aa  161  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3610  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.92 
 
 		 221 aa  160  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4687  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.92 
 
 		 221 aa  160  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.195761 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0673  DNA-binding response regulator  46.7 
 
 		 241 aa  159  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.52 
 
 		 220 aa  160  2e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.904967  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>