More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2586 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2586  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 227 aa  465  9.999999999999999e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0130561 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2732  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 225 aa  236  3e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4882  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 224 aa  229  2e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0465  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.09 
 
 		 225 aa  223  2e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2540  response regulator receiver  48.68 
 
 		 231 aa  223  2e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.255276  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3158  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.3 
 
 		 225 aa  222  3e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3534  two-component system response regulator  46.43 
 
 		 225 aa  219  1.9999999999999999e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.524315 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6964  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.19 
 
 		 226 aa  217  1e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.043471  normal  0.107802 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6736  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.67 
 
 		 226 aa  214  9e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.973659  normal  0.523736 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4933  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.58 
 
 		 224 aa  214  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.742602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1449  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.69 
 
 		 223 aa  209  3e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1332  response regulator receiver  47.32 
 
 		 224 aa  208  5e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0720  DNA-binding response regulator  42.79 
 
 		 229 aa  200  1.9999999999999998e-50  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.503154 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4553  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.05 
 
 		 227 aa  196  4.0000000000000005e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.130056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3049  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 		 224 aa  189  2.9999999999999997e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1620  two component transcriptional regulator  42.6 
 
 		 228 aa  188  5.999999999999999e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1185  response regulator receiver  41.52 
 
 		 225 aa  177  1e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2454  transcriptional regulator domain protein  38.46 
 
 		 224 aa  175  5e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.02572  normal  0.811367 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4261  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.73 
 
 		 224 aa  171  9e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.906422  normal  0.0109867 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4222  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.73 
 
 		 224 aa  169  3e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.67 
 
 		 224 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0196  two component transcriptional regulator  39.01 
 
 		 226 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5580  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.97 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.85465 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1416  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.95 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1445  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.95 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4085  two component transcriptional regulator  40.89 
 
 		 225 aa  161  9e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2927  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.73 
 
 		 224 aa  160  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4628  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.61 
 
 		 224 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000289587 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5018  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.16 
 
 		 226 aa  159  5e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3607  DNA-binding transcriptional regulator BasR  37.39 
 
 		 220 aa  158  6e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000202279  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3980  DNA-binding transcriptional regulator BasR  37.39 
 
 		 220 aa  158  6e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000564215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3741  DNA-binding transcriptional regulator BasR  37.39 
 
 		 220 aa  158  6e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  37.33 
 
 		 222 aa  157  9e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2177  response regulator receiver protein  40.27 
 
 		 223 aa  155  6e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00323539  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.67 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  35.45 
 
 		 240 aa  153  2.9999999999999998e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2941  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  34.8 
 
 		 652 aa  152  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2264  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 		 231 aa  151  1e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00910741  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1845  DNA-binding response regulator  38.46 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  38.18 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  38.91 
 
 		 224 aa  149  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0293  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.59 
 
 		 226 aa  149  4e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.591061  normal  0.658536 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1435  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.65 
 
 		 233 aa  149  5e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2056  DNA-binding response regulator  36.56 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.413172  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2212  DNA-binding response regulator  36.56 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.55 
 
 		 225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2240  DNA-binding response regulator  36.56 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.85177e-28 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.73 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3617  DNA-binding transcriptional regulator BasR  36.61 
 
 		 220 aa  147  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000270917  normal  0.430126 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0436  two component transcriptional regulator  38.03 
 
 		 245 aa  146  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.18923  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3453  two component transcriptional regulator  33.04 
 
 		 224 aa  146  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  38.01 
 
 		 224 aa  146  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_11471  two-component response regulator, phosphate  38.89 
 
 		 245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0202491 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0513  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.56 
 
 		 228 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  37.56 
 
 		 223 aa  145  5e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2122  DNA-binding response regulator  35.75 
 
 		 223 aa  145  7.0000000000000006e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0644  two component transcriptional regulator  35.37 
 
 		 222 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.553024  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2605  two component transcriptional regulator  37.1 
 
 		 233 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2929  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.74 
 
 		 230 aa  145  7.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0551332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4347  two component transcriptional regulator  34.93 
 
 		 236 aa  144  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0528  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.29 
 
 		 230 aa  144  1e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2027  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.02 
 
 		 240 aa  144  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.51435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1533  two component transcriptional regulator  36.65 
 
 		 223 aa  143  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5331  transcriptional regulator two components regulatory system  31.56 
 
 		 225 aa  143  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0274603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2762  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.56 
 
 		 225 aa  143  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.75 
 
 		 226 aa  143  2e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000154116  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0086  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.14 
 
 		 223 aa  142  3e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000430601  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3336  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.65 
 
 		 233 aa  142  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.523001 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3527  two component response regulator  37.1 
 
 		 233 aa  142  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3079  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.65 
 
 		 233 aa  142  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0933  two component transcriptional regulator  36.05 
 
 		 253 aa  142  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2492  two component transcriptional regulator  34.84 
 
 		 224 aa  142  4e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.22217  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1480  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.61 
 
 		 219 aa  142  4e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000681553  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2672  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.5 
 
 		 229 aa  142  5e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.665859  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2194  DNA-binding response regulator  35.14 
 
 		 227 aa  142  5e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00702475  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6127  two component transcriptional regulator  35.29 
 
 		 233 aa  142  5e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1157  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.99 
 
 		 233 aa  142  6e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.01 
 
 		 224 aa  142  6e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3075  two component transcriptional regulator  35.11 
 
 		 220 aa  142  6e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0867071  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0985  DNA-binding response regulator CiaR  35.45 
 
 		 226 aa  141  7e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.447626  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2752  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  33.48 
 
 		 799 aa  141  8e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3430  transcriptional regulator  35.11 
 
 		 221 aa  141  8e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0747  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.24 
 
 		 233 aa  141  8e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.485257  normal  0.934966 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2223  winged helix family two component transcriptional regulator  34.22 
 
 		 229 aa  141  8e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.335669  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1244  DNA-binding response regulator  34.08 
 
 		 219 aa  141  9e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000551267  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.01 
 
 		 224 aa  141  9e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2675  DNA-binding response regulator  33.94 
 
 		 224 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0180828  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  35.91 
 
 		 227 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2174  two component transcriptional regulator  35.75 
 
 		 235 aa  140  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.77199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0535  two component transcriptional regulator  37.73 
 
 		 223 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.660155  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1620  two component transcriptional regulator  38.01 
 
 		 227 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000174219  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1569  two component transcriptional regulator  35.29 
 
 		 232 aa  140  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1969  response regulator receiver domain-containing protein  38.12 
 
 		 219 aa  141  9.999999999999999e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.478098  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  38.01 
 
 		 224 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1026  two component transcriptional regulator  33.94 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5573  two component transcriptional regulator  35.29 
 
 		 233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.30933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1465  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.8 
 
 		 223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.556647  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3946  two component transcriptional regulator  35.29 
 
 		 233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.26309  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0583  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0841609  normal  0.467543 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13160  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  32.59 
 
 		 228 aa  140  1.9999999999999998e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.719024 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>