More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0644 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0644  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 222 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.553024  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03384  response regulator  61.75 
 
 		 221 aa  282  2.0000000000000002e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000742618  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2786  response regulator  55.83 
 
 		 243 aa  265  5e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  50.92 
 
 		 220 aa  230  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.46 
 
 		 220 aa  227  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  50.92 
 
 		 218 aa  221  8e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003617  DNA-binding response regulator  51.87 
 
 		 218 aa  220  9.999999999999999e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.831618  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 220 aa  214  8e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  47.51 
 
 		 232 aa  213  9.999999999999999e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3741  DNA-binding transcriptional regulator BasR  48.13 
 
 		 220 aa  213  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3980  DNA-binding transcriptional regulator BasR  48.13 
 
 		 220 aa  213  1.9999999999999998e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000564215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3607  DNA-binding transcriptional regulator BasR  48.13 
 
 		 220 aa  213  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000202279  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  47.06 
 
 		 223 aa  212  3.9999999999999995e-54  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2328  two component transcriptional regulator  48.87 
 
 		 227 aa  212  3.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.117296 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0680  two component transcriptional regulator  50.92 
 
 		 225 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.982653 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.66 
 
 		 219 aa  211  1e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2665  two component transcriptional regulator  50.46 
 
 		 220 aa  210  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2647  two component transcriptional regulator  50.46 
 
 		 224 aa  209  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5949  two component transcriptional regulator  50.46 
 
 		 224 aa  209  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2618  two component transcriptional regulator  50.46 
 
 		 220 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5497  DNA-binding response regulator  48.2 
 
 		 221 aa  209  4e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63150  two-component response regulator  48.85 
 
 		 221 aa  208  6e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.388672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1783  two component transcriptional regulator  48.6 
 
 		 220 aa  207  8e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0308  DNA-binding response regulator  49.54 
 
 		 220 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0830  DNA-binding response regulator  49.08 
 
 		 220 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0346205  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0958  DNA-binding response regulator  49.08 
 
 		 220 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000129968  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0051  DNA-binding response regulator  49.54 
 
 		 220 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2208  response regulator protein  49.08 
 
 		 220 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000167641  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0845  DNA-binding response regulator  49.54 
 
 		 220 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0866  DNA-binding response regulator  49.08 
 
 		 220 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.775386  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1570  DNA-binding response regulator  49.08 
 
 		 220 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00189564  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2437  DNA-binding response regulator  49.54 
 
 		 220 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0050  DNA-binding response regulator  49.08 
 
 		 220 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000526726  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0850  DNA-binding response regulator  49.54 
 
 		 220 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5197  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.77 
 
 		 223 aa  204  7e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.47869  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3617  DNA-binding transcriptional regulator BasR  47.49 
 
 		 220 aa  204  7e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000270917  normal  0.430126 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0136  two component transcriptional regulator  49.07 
 
 		 220 aa  204  9e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.259962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3430  transcriptional regulator  47.71 
 
 		 221 aa  204  9e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0310  DNA-binding transcriptional regulator BasR  46.08 
 
 		 232 aa  203  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0214332  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0392  DNA-binding transcriptional regulator BasR  45.62 
 
 		 222 aa  204  1e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.421328  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3075  two component transcriptional regulator  47.71 
 
 		 220 aa  203  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0867071  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 		 219 aa  203  1e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0498  two component transcriptional regulator  51.82 
 
 		 223 aa  202  2e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00313695 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4638  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 224 aa  203  2e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4687  DNA-binding transcriptional regulator BasR  46.73 
 
 		 222 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.20519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4638  DNA-binding transcriptional regulator BasR  46.73 
 
 		 222 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1765  DNA-binding response regulator  48.17 
 
 		 255 aa  202  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.003723  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0673  DNA-binding response regulator  49.54 
 
 		 241 aa  202  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0503  two component transcriptional regulator  48.15 
 
 		 227 aa  202  3e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4554  DNA-binding transcriptional regulator BasR  46.73 
 
 		 222 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4141  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 220 aa  202  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4547  DNA-binding transcriptional regulator BasR  46.73 
 
 		 222 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4638  DNA-binding transcriptional regulator BasR  46.73 
 
 		 222 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0076  two component transcriptional regulator  51.36 
 
 		 223 aa  201  5e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.225452 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  47.49 
 
 		 220 aa  201  6e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0603  DNA-binding response regulator  49.07 
 
 		 283 aa  201  9e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3004  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 221 aa  201  9e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4039  winged helix family two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 221 aa  201  9e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4978  winged helix family two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 221 aa  201  9e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.140502  normal  0.541541 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0575  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.6 
 
 		 224 aa  200  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.21251 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  44.91 
 
 		 219 aa  200  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2298  two component transcriptional regulator  46.61 
 
 		 221 aa  201  9.999999999999999e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0876  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 224 aa  200  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.478428 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4687  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 223 aa  200  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000526997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3958  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 		 224 aa  200  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0314218 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  46.79 
 
 		 220 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3691  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 		 220 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000843383  normal  0.576087 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1228  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  49.54 
 
 		 218 aa  200  1.9999999999999998e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.169339 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4873  two component transcriptional regulator  47.71 
 
 		 220 aa  199  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00274413  hitchhiker  0.0000000776703 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4356  two component transcriptional regulator  47.71 
 
 		 220 aa  199  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00111042  unclonable  0.00000437588 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5363  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 		 220 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00637832  normal  0.125402 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3443  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 		 220 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0448196  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4924  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 		 220 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000483234  normal  0.0512749 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3901  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  46.79 
 
 		 225 aa  198  5e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3786  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.97 
 
 		 279 aa  198  6e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.898509  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2384  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.87 
 
 		 219 aa  198  7e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23421  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4863  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.97 
 
 		 244 aa  198  7e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.494797 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  46.26 
 
 		 220 aa  197  7.999999999999999e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3999  two component transcriptional regulator  48.86 
 
 		 224 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.901243 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0768  two component transcriptional regulator  48.86 
 
 		 220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00104047  hitchhiker  0.00200685 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3349  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.86 
 
 		 224 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.142225  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3680  histidine kinase A domain-containing protein  46.79 
 
 		 220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.894604 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0357  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 		 226 aa  197  1.0000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3950  two component transcriptional regulator  47.95 
 
 		 224 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0139  DNA-binding response regulator  47.69 
 
 		 218 aa  196  2.0000000000000003e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.315235  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3011  two component transcriptional regulator  47.25 
 
 		 221 aa  196  3e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02110  two-component response regulator transcription regulator protein  44.25 
 
 		 246 aa  196  3e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  44.5 
 
 		 219 aa  196  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  47.22 
 
 		 220 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4177  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.06 
 
 		 223 aa  195  4.0000000000000005e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.622163  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1255  hypothetical protein  47.76 
 
 		 225 aa  195  5.000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1254  hypothetical protein  47.76 
 
 		 225 aa  195  5.000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BasS  46.26 
 
 		 222 aa  194  7e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03945  hypothetical protein  46.26 
 
 		 222 aa  194  7e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5626  DNA-binding transcriptional regulator BasR  46.26 
 
 		 222 aa  194  7e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3914  DNA-binding transcriptional regulator BasR  46.26 
 
 		 222 aa  194  7e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.730701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4353  DNA-binding transcriptional regulator BasR  46.26 
 
 		 222 aa  194  7e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4667  DNA-binding transcriptional regulator BasR  46.26 
 
 		 222 aa  194  7e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4578  DNA-binding transcriptional regulator BasR  46.26 
 
 		 222 aa  194  7e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.800667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3293  two component transcriptional regulator  43.58 
 
 		 221 aa  194  8.000000000000001e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>