More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0136 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 220 aa  429  1e-119  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1535  two component transcriptional regulator  62.79 
 
 		 222 aa  264  7e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0575  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.86 
 
 		 224 aa  261  4e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.21251 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  62.15 
 
 		 218 aa  259  2e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6335  two component transcriptional regulator  60.93 
 
 		 223 aa  257  1e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.923263 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0503  two component transcriptional regulator  60.75 
 
 		 227 aa  256  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3011  two component transcriptional regulator  61.29 
 
 		 221 aa  251  6e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  52.25 
 
 		 232 aa  251  7e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.8 
 
 		 219 aa  250  1e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  56.22 
 
 		 220 aa  250  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  52.25 
 
 		 223 aa  249  2e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6226  two component transcriptional regulator  58.14 
 
 		 221 aa  247  9e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5866  two component transcriptional regulator  58.6 
 
 		 221 aa  247  9e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2624  two component transcriptional regulator  61.84 
 
 		 239 aa  246  1e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63150  two-component response regulator  59.36 
 
 		 221 aa  246  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.388672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5497  DNA-binding response regulator  59.36 
 
 		 221 aa  246  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.3 
 
 		 220 aa  244  8e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4334  DNA-binding transcriptional regulator QseB  57.01 
 
 		 219 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0675  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.54 
 
 		 219 aa  242  3e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02897  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with QseC  56.54 
 
 		 219 aa  241  5e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203771  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0672  DNA-binding transcriptional regulator QseB  56.54 
 
 		 219 aa  241  5e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.033173 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3314  DNA-binding transcriptional regulator QseB  56.54 
 
 		 219 aa  241  5e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.11461 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02847  hypothetical protein  56.54 
 
 		 219 aa  241  5e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.196232  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  57.67 
 
 		 219 aa  241  5e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1255  hypothetical protein  56.37 
 
 		 225 aa  241  7e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1254  hypothetical protein  56.37 
 
 		 225 aa  241  7e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  55.35 
 
 		 220 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3203  DNA-binding transcriptional regulator QseB  56.54 
 
 		 219 aa  240  1e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5326  two component transcriptional regulator  53.78 
 
 		 235 aa  239  2e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3459  DNA-binding transcriptional regulator QseB  56.07 
 
 		 219 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.469494  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2618  two component transcriptional regulator  56.74 
 
 		 220 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2647  two component transcriptional regulator  56.74 
 
 		 224 aa  237  8e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0680  two component transcriptional regulator  56.28 
 
 		 225 aa  237  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.982653 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4177  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.07 
 
 		 223 aa  237  1e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.622163  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0850  DNA-binding response regulator  56.28 
 
 		 220 aa  236  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0308  DNA-binding response regulator  56.28 
 
 		 220 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0845  DNA-binding response regulator  56.28 
 
 		 220 aa  236  3e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3429  DNA-binding transcriptional regulator QseB  57.01 
 
 		 219 aa  236  3e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0051  DNA-binding response regulator  56.28 
 
 		 220 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2437  DNA-binding response regulator  56.28 
 
 		 220 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2665  two component transcriptional regulator  56.28 
 
 		 220 aa  236  3e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5949  two component transcriptional regulator  56.28 
 
 		 224 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3358  DNA-binding transcriptional regulator QseB  55.61 
 
 		 219 aa  234  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3362  DNA-binding transcriptional regulator QseB  55.61 
 
 		 219 aa  234  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3427  DNA-binding transcriptional regulator QseB  55.61 
 
 		 219 aa  234  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  0.844658 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3433  DNA-binding transcriptional regulator QseB  55.61 
 
 		 219 aa  234  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3528  DNA-binding transcriptional regulator QseB  55.61 
 
 		 219 aa  234  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5798  winged helix family two component transcriptional regulator  53.6 
 
 		 242 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0751826 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  54.84 
 
 		 220 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2384  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.02 
 
 		 219 aa  233  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23421  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  56.54 
 
 		 220 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0673  DNA-binding response regulator  56.34 
 
 		 241 aa  232  3e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3786  two component transcriptional regulator, winged helix family  52 
 
 		 279 aa  232  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.898509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0603  DNA-binding response regulator  55.87 
 
 		 283 aa  231  6e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  53.49 
 
 		 221 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4863  two component transcriptional regulator, winged helix family  52 
 
 		 244 aa  231  8.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.494797 
 
 
-
 
NC_003296  RS02110  two-component response regulator transcription regulator protein  50.89 
 
 		 246 aa  230  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  52.56 
 
 		 219 aa  230  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  54.63 
 
 		 220 aa  229  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  54.63 
 
 		 220 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  53.02 
 
 		 219 aa  228  4e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3490  DNA-binding transcriptional regulator QseB  54.67 
 
 		 215 aa  228  4e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  54.17 
 
 		 220 aa  228  4e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3871  two component transcriptional regulator  56.5 
 
 		 230 aa  228  7e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2328  two component transcriptional regulator  53.7 
 
 		 227 aa  227  1e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.117296 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  53.7 
 
 		 220 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3990  two component transcriptional regulator  56.07 
 
 		 220 aa  224  9e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.300119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0933  two component transcriptional regulator  53.54 
 
 		 253 aa  223  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2538  two component transcriptional regulator  54.63 
 
 		 210 aa  222  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.322532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4632  two component transcriptional regulator  56.5 
 
 		 239 aa  221  7e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.920872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1765  DNA-binding response regulator  54.21 
 
 		 255 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.003723  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0136  two component transcriptional regulator  55.25 
 
 		 220 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.259962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1183  two component transcriptional regulator  54.42 
 
 		 228 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3004  two component transcriptional regulator  49.54 
 
 		 221 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4039  winged helix family two component transcriptional regulator  49.54 
 
 		 221 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4978  winged helix family two component transcriptional regulator  49.54 
 
 		 221 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.140502  normal  0.541541 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2754  two-component system response regulator  54.09 
 
 		 225 aa  218  6e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.864218  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4530  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.81 
 
 		 220 aa  216  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0698088  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4240  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.28 
 
 		 220 aa  216  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.971314  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0830  DNA-binding response regulator  53.27 
 
 		 220 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0346205  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2208  response regulator protein  53.27 
 
 		 220 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000167641  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0050  DNA-binding response regulator  53.27 
 
 		 220 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000526726  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0688  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 220 aa  215  2.9999999999999998e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1783  two component transcriptional regulator  52.75 
 
 		 220 aa  216  2.9999999999999998e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0866  DNA-binding response regulator  53.27 
 
 		 220 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.775386  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1570  DNA-binding response regulator  53.27 
 
 		 220 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00189564  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6233  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 220 aa  214  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4873  two component transcriptional regulator  52.8 
 
 		 220 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00274413  hitchhiker  0.0000000776703 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2298  two component transcriptional regulator  47.71 
 
 		 221 aa  214  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4356  two component transcriptional regulator  52.8 
 
 		 220 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00111042  unclonable  0.00000437588 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2032  DNA-binding response regulator  48.84 
 
 		 220 aa  213  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0270369  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2197  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.02 
 
 		 219 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.84 
 
 		 220 aa  213  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.904967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3964  two component transcriptional regulator  55.81 
 
 		 219 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5363  two component transcriptional regulator  53.27 
 
 		 220 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00637832  normal  0.125402 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2076  OmpR family two-component transcriptional regulator  47.47 
 
 		 224 aa  213  1.9999999999999998e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000231542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4924  two component transcriptional regulator  53.27 
 
 		 220 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000483234  normal  0.0512749 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0768  two component transcriptional regulator  53.27 
 
 		 220 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00104047  hitchhiker  0.00200685 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4239  two component transcriptional regulator  51.4 
 
 		 220 aa  213  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0202421  normal  0.361244 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3443  two component transcriptional regulator  53.27 
 
 		 220 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0448196  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>