More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3786 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3786  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 279 aa  558  1e-158  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.898509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4863  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 244 aa  484  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.494797 
 
 
-
 
NC_003296  RS02110  two-component response regulator transcription regulator protein  86.97 
 
 		 246 aa  419  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5326  two component transcriptional regulator  71.05 
 
 		 235 aa  330  1e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5798  winged helix family two component transcriptional regulator  68.24 
 
 		 242 aa  321  7e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0751826 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.35 
 
 		 220 aa  297  1e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  62.17 
 
 		 220 aa  287  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5949  two component transcriptional regulator  64.78 
 
 		 224 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0680  two component transcriptional regulator  63.91 
 
 		 225 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.982653 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  63.91 
 
 		 220 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2665  two component transcriptional regulator  64.35 
 
 		 220 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2618  two component transcriptional regulator  64.35 
 
 		 220 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2647  two component transcriptional regulator  64.35 
 
 		 224 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0308  DNA-binding response regulator  63.91 
 
 		 220 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2437  DNA-binding response regulator  63.91 
 
 		 220 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0051  DNA-binding response regulator  63.91 
 
 		 220 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0850  DNA-binding response regulator  63.91 
 
 		 220 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0845  DNA-binding response regulator  63.91 
 
 		 220 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0673  DNA-binding response regulator  64.04 
 
 		 241 aa  277  1e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0603  DNA-binding response regulator  63.6 
 
 		 283 aa  276  2e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2538  two component transcriptional regulator  63.64 
 
 		 210 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.322532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  56.77 
 
 		 219 aa  257  1e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  57.64 
 
 		 219 aa  255  6e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2384  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.14 
 
 		 219 aa  254  8e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23421  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  57.02 
 
 		 221 aa  251  1e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  54.87 
 
 		 220 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  53.98 
 
 		 220 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  50.21 
 
 		 232 aa  239  4e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.78 
 
 		 219 aa  239  5e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  53.1 
 
 		 220 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  54.42 
 
 		 220 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  53.54 
 
 		 220 aa  235  6e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1597  two component transcriptional regulator  58.77 
 
 		 224 aa  234  9e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  50.22 
 
 		 223 aa  234  1.0000000000000001e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0575  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.56 
 
 		 224 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.21251 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3004  two component transcriptional regulator  51.53 
 
 		 221 aa  232  4.0000000000000004e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4039  winged helix family two component transcriptional regulator  51.53 
 
 		 221 aa  232  4.0000000000000004e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4978  winged helix family two component transcriptional regulator  51.53 
 
 		 221 aa  232  4.0000000000000004e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.140502  normal  0.541541 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  52 
 
 		 220 aa  231  8.000000000000001e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63150  two-component response regulator  52.65 
 
 		 221 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.388672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  52.19 
 
 		 218 aa  230  2e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0998  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 		 220 aa  230  2e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333129  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2298  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 221 aa  229  5e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5497  DNA-binding response regulator  51.95 
 
 		 221 aa  228  6e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5326  two component transcriptional regulator  52.61 
 
 		 221 aa  228  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.575046 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  50.44 
 
 		 219 aa  227  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6335  two component transcriptional regulator  51.5 
 
 		 223 aa  226  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.923263 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3964  two component transcriptional regulator  56.14 
 
 		 219 aa  227  2e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0277  two component transcriptional regulator  52.24 
 
 		 235 aa  222  4.9999999999999996e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.344057 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3550  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 227 aa  221  7e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0188344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5866  two component transcriptional regulator  51.08 
 
 		 221 aa  221  7e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.34 
 
 		 220 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.904967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2032  DNA-binding response regulator  49.34 
 
 		 220 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0270369  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3456  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 220 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.836579  normal  0.262944 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1535  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 		 222 aa  220  1.9999999999999999e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2624  two component transcriptional regulator  51.75 
 
 		 239 aa  219  3e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6233  two component transcriptional regulator  51.3 
 
 		 220 aa  218  6e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4177  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.58 
 
 		 223 aa  218  6e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.622163  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6226  two component transcriptional regulator  51.08 
 
 		 221 aa  218  7e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344594  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1894  DNA-binding response regulator  51.33 
 
 		 220 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3965  two component transcriptional regulator  53.07 
 
 		 220 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.702893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2190  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.88 
 
 		 219 aa  216  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1939  DNA-binding response regulator  55.36 
 
 		 221 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0688  two component transcriptional regulator  50.44 
 
 		 220 aa  215  5e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3901  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  48.05 
 
 		 225 aa  216  5e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2197  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.34 
 
 		 219 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5019  two component transcriptional regulator  52.61 
 
 		 221 aa  215  7e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14757  normal  0.102893 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3792  two component transcriptional regulator  49.17 
 
 		 227 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.358087  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3511  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  52.21 
 
 		 220 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3011  two component transcriptional regulator  51.32 
 
 		 221 aa  213  1.9999999999999998e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.84 
 
 		 221 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1255  hypothetical protein  47.49 
 
 		 225 aa  212  3.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1254  hypothetical protein  47.49 
 
 		 225 aa  212  3.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0503  two component transcriptional regulator  48.09 
 
 		 227 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3871  two component transcriptional regulator  51.9 
 
 		 230 aa  211  7e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3404  response regulator transcription regulator protein  53.28 
 
 		 221 aa  211  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3626  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.4 
 
 		 221 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2066  two component transcriptional regulator QseB  48.91 
 
 		 223 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4225  winged helix family two component transcriptional regulator  48.35 
 
 		 227 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2076  OmpR family two-component transcriptional regulator  46.93 
 
 		 224 aa  207  1e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000231542  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0675  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.03 
 
 		 219 aa  207  2e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1183  two component transcriptional regulator  47.66 
 
 		 228 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 220 aa  206  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0136  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 220 aa  206  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.259962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1638  two component transcriptional regulator  48.95 
 
 		 227 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2596  two component transcriptional regulator  49.11 
 
 		 233 aa  207  2e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.606495  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0692  two component transcriptional regulator  46.93 
 
 		 224 aa  207  2e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.478389  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4983  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.77 
 
 		 218 aa  206  4e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308886  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3459  DNA-binding transcriptional regulator QseB  47.6 
 
 		 219 aa  205  5e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.469494  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4239  two component transcriptional regulator  47.77 
 
 		 220 aa  206  5e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0202421  normal  0.361244 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02897  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with QseC  47.6 
 
 		 219 aa  205  7e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203771  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02847  hypothetical protein  47.6 
 
 		 219 aa  205  7e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.196232  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3314  DNA-binding transcriptional regulator QseB  47.6 
 
 		 219 aa  205  7e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.11461 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0672  DNA-binding transcriptional regulator QseB  47.6 
 
 		 219 aa  205  7e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.033173 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3429  DNA-binding transcriptional regulator QseB  46.9 
 
 		 219 aa  205  8e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3203  DNA-binding transcriptional regulator QseB  47.6 
 
 		 219 aa  204  1e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2328  two component transcriptional regulator  47.39 
 
 		 227 aa  204  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.117296 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3433  DNA-binding transcriptional regulator QseB  47.14 
 
 		 219 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3358  DNA-binding transcriptional regulator QseB  47.14 
 
 		 219 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3362  DNA-binding transcriptional regulator QseB  47.14 
 
 		 219 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>