More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3626 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_3626  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 
221 aa  435  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  99.55 
 
 
221 aa  433  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3404  response regulator transcription regulator protein  88.69 
 
 
221 aa  375  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3004  two component transcriptional regulator  73.64 
 
 
221 aa  338  5.9999999999999996e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4039  winged helix family two component transcriptional regulator  73.64 
 
 
221 aa  338  5.9999999999999996e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4978  winged helix family two component transcriptional regulator  73.64 
 
 
221 aa  338  5.9999999999999996e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.140502  normal  0.541541 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2298  two component transcriptional regulator  73.06 
 
 
221 aa  333  1e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500017  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0998  two component transcriptional regulator  65.45 
 
 
220 aa  294  6e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333129  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5326  two component transcriptional regulator  68.04 
 
 
221 aa  294  9e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.575046 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0688  two component transcriptional regulator  65.61 
 
 
220 aa  290  2e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5019  two component transcriptional regulator  66.67 
 
 
221 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14757  normal  0.102893 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2598  two component transcriptional regulator  66.36 
 
 
221 aa  275  3e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.458585  normal  0.0460703 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2032  DNA-binding response regulator  61.19 
 
 
220 aa  273  2.0000000000000002e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0270369  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.19 
 
 
220 aa  273  2.0000000000000002e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.904967  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3901  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  59.09 
 
 
225 aa  272  3e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.82 
 
 
220 aa  264  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  59.82 
 
 
220 aa  261  4e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  59.36 
 
 
220 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2384  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.91 
 
 
219 aa  243  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23421  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5798  winged helix family two component transcriptional regulator  57.78 
 
 
242 aa  242  3e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0751826 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0680  two component transcriptional regulator  59.45 
 
 
225 aa  240  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.982653 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4760  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.37 
 
 
227 aa  239  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176778  hitchhiker  0.0056462 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2665  two component transcriptional regulator  59.82 
 
 
220 aa  239  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0308  DNA-binding response regulator  59.82 
 
 
220 aa  238  4e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0850  DNA-binding response regulator  59.82 
 
 
220 aa  238  4e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0051  DNA-binding response regulator  59.82 
 
 
220 aa  238  4e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0845  DNA-binding response regulator  59.82 
 
 
220 aa  238  4e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2437  DNA-binding response regulator  59.82 
 
 
220 aa  238  4e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  54.79 
 
 
219 aa  238  5.999999999999999e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5949  two component transcriptional regulator  59.91 
 
 
224 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2647  two component transcriptional regulator  59.45 
 
 
224 aa  237  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2618  two component transcriptional regulator  58.9 
 
 
220 aa  237  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  49.77 
 
 
232 aa  235  4e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0673  DNA-binding response regulator  60.47 
 
 
241 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  49.32 
 
 
223 aa  233  1.0000000000000001e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5326  two component transcriptional regulator  54.15 
 
 
235 aa  233  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0603  DNA-binding response regulator  60 
 
 
283 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  55.25 
 
 
219 aa  232  3e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  54.55 
 
 
221 aa  232  4.0000000000000004e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3110  two component transcriptional regulator  56.82 
 
 
224 aa  230  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.178244 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3786  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.97 
 
 
279 aa  229  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.898509  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4863  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.97 
 
 
244 aa  228  4e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.494797 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2538  two component transcriptional regulator  59.42 
 
 
210 aa  225  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.322532  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02110  two-component response regulator transcription regulator protein  51.32 
 
 
246 aa  225  4e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1765  DNA-binding response regulator  56.82 
 
 
255 aa  219  3e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.003723  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3293  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 
221 aa  218  5e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.32 
 
 
218 aa  218  7e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3964  two component transcriptional regulator  57.08 
 
 
219 aa  217  8.999999999999998e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0830  DNA-binding response regulator  55.91 
 
 
220 aa  217  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0346205  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2208  response regulator protein  55.91 
 
 
220 aa  217  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000167641  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0866  DNA-binding response regulator  55.91 
 
 
220 aa  217  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.775386  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0050  DNA-binding response regulator  55.91 
 
 
220 aa  217  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000526726  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1570  DNA-binding response regulator  55.91 
 
 
220 aa  217  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00189564  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0277  two component transcriptional regulator  53.54 
 
 
235 aa  217  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.344057 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0958  DNA-binding response regulator  55.91 
 
 
220 aa  216  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000129968  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4983  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.22 
 
 
218 aa  215  5e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308886  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2190  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.55 
 
 
219 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4098  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.21 
 
 
219 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.46 
 
 
219 aa  213  9.999999999999999e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3965  two component transcriptional regulator  53.64 
 
 
220 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.702893  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4873  two component transcriptional regulator  54.55 
 
 
220 aa  211  9e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00274413  hitchhiker  0.0000000776703 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4356  two component transcriptional regulator  54.55 
 
 
220 aa  211  9e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00111042  unclonable  0.00000437588 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1535  two component transcriptional regulator  50.91 
 
 
222 aa  210  1e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3691  two component transcriptional regulator  55 
 
 
220 aa  210  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000843383  normal  0.576087 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3456  two component transcriptional regulator  52.51 
 
 
220 aa  209  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.836579  normal  0.262944 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  48.61 
 
 
220 aa  208  4e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1597  two component transcriptional regulator  54.22 
 
 
224 aa  208  5e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1783  two component transcriptional regulator  52.09 
 
 
220 aa  208  6e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4924  two component transcriptional regulator  54.55 
 
 
220 aa  207  9e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000483234  normal  0.0512749 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5363  two component transcriptional regulator  54.55 
 
 
220 aa  207  9e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00637832  normal  0.125402 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3443  two component transcriptional regulator  54.55 
 
 
220 aa  207  9e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0448196  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0768  two component transcriptional regulator  54.55 
 
 
220 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00104047  hitchhiker  0.00200685 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0503  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 
227 aa  205  4e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  47.49 
 
 
219 aa  202  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6335  two component transcriptional regulator  50.68 
 
 
223 aa  202  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.923263 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0575  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.68 
 
 
224 aa  200  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.21251 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1183  two component transcriptional regulator  47.95 
 
 
228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1939  DNA-binding response regulator  55.91 
 
 
221 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2786  response regulator  43.39 
 
 
243 aa  196  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1255  hypothetical protein  47.6 
 
 
225 aa  196  2.0000000000000003e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1254  hypothetical protein  47.6 
 
 
225 aa  196  2.0000000000000003e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2624  two component transcriptional regulator  50.25 
 
 
239 aa  196  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5497  DNA-binding response regulator  47 
 
 
221 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2328  two component transcriptional regulator  47.95 
 
 
227 aa  196  3e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.117296 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03384  response regulator  45.45 
 
 
221 aa  195  4.0000000000000005e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000742618  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1075  two component transcriptional regulator  51.61 
 
 
220 aa  194  8.000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63150  two-component response regulator  47 
 
 
221 aa  194  9e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.388672  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  44.5 
 
 
220 aa  194  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3011  two component transcriptional regulator  48.86 
 
 
221 aa  194  1e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  45.16 
 
 
220 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  45.16 
 
 
220 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0675  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.62 
 
 
219 aa  191  5e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6233  two component transcriptional regulator  47.49 
 
 
220 aa  191  5e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2197  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.65 
 
 
219 aa  191  6e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  45.16 
 
 
220 aa  191  6e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4177  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.24 
 
 
223 aa  191  9e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.622163  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4334  DNA-binding transcriptional regulator QseB  45.16 
 
 
219 aa  191  9e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  44.7 
 
 
220 aa  191  9e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3459  DNA-binding transcriptional regulator QseB  45.16 
 
 
219 aa  190  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.469494  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0644  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 
222 aa  189  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.553024  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>