More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_2538 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2538  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 210 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.322532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2665  two component transcriptional regulator  99.52 
 
 		 220 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0680  two component transcriptional regulator  96.67 
 
 		 225 aa  381  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.982653 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5949  two component transcriptional regulator  97.14 
 
 		 224 aa  380  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2618  two component transcriptional regulator  97.14 
 
 		 220 aa  380  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2647  two component transcriptional regulator  97.14 
 
 		 224 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0308  DNA-binding response regulator  95.24 
 
 		 220 aa  374  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0850  DNA-binding response regulator  95.24 
 
 		 220 aa  374  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0603  DNA-binding response regulator  95.24 
 
 		 283 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  88.57 
 
 		 220 aa  374  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0845  DNA-binding response regulator  95.24 
 
 		 220 aa  374  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2437  DNA-binding response regulator  95.24 
 
 		 220 aa  374  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0051  DNA-binding response regulator  95.24 
 
 		 220 aa  374  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0673  DNA-binding response regulator  94.76 
 
 		 241 aa  372  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  86.67 
 
 		 220 aa  365  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  89.05 
 
 		 220 aa  361  5.0000000000000005e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_003296  RS02110  two-component response regulator transcription regulator protein  62.56 
 
 		 246 aa  282  3.0000000000000004e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3786  two component transcriptional regulator, winged helix family  62.73 
 
 		 279 aa  281  6.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.898509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4863  two component transcriptional regulator, winged helix family  62.73 
 
 		 244 aa  280  1e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.494797 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5326  two component transcriptional regulator  64.22 
 
 		 235 aa  279  3e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2384  two component transcriptional regulator, winged helix family  62.98 
 
 		 219 aa  276  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23421  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  64.11 
 
 		 219 aa  274  6e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  62.68 
 
 		 219 aa  273  2.0000000000000002e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5798  winged helix family two component transcriptional regulator  62.67 
 
 		 242 aa  270  8.000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0751826 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  60.95 
 
 		 221 aa  261  4e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2298  two component transcriptional regulator  56.19 
 
 		 221 aa  250  1e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5326  two component transcriptional regulator  60.48 
 
 		 221 aa  249  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.575046 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  55.66 
 
 		 232 aa  248  3e-65  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  55.19 
 
 		 223 aa  247  1e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  56.1 
 
 		 220 aa  246  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0998  two component transcriptional regulator  57.28 
 
 		 220 aa  245  3e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333129  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3004  two component transcriptional regulator  55.98 
 
 		 221 aa  244  6e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4039  winged helix family two component transcriptional regulator  55.98 
 
 		 221 aa  244  6e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4978  winged helix family two component transcriptional regulator  55.98 
 
 		 221 aa  244  6e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.140502  normal  0.541541 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  57.49 
 
 		 218 aa  244  6.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5497  DNA-binding response regulator  58.82 
 
 		 221 aa  244  6.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3964  two component transcriptional regulator  63.46 
 
 		 219 aa  244  8e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.04 
 
 		 219 aa  243  9.999999999999999e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  57.56 
 
 		 220 aa  241  5e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2190  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.29 
 
 		 219 aa  241  5e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  55.07 
 
 		 219 aa  241  7e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3456  two component transcriptional regulator  59.31 
 
 		 220 aa  240  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.836579  normal  0.262944 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  57.07 
 
 		 220 aa  240  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3901  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  55.45 
 
 		 225 aa  240  1e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  57.07 
 
 		 220 aa  239  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63150  two-component response regulator  57.84 
 
 		 221 aa  239  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.388672  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  56.1 
 
 		 220 aa  238  4e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2624  two component transcriptional regulator  58.21 
 
 		 239 aa  237  9e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1255  hypothetical protein  52.91 
 
 		 225 aa  236  2e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1254  hypothetical protein  52.91 
 
 		 225 aa  236  2e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0277  two component transcriptional regulator  58.14 
 
 		 235 aa  234  5.0000000000000005e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.344057 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.59 
 
 		 220 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.904967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2032  DNA-binding response regulator  53.59 
 
 		 220 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0270369  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0575  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.76 
 
 		 224 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.21251 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  54.63 
 
 		 220 aa  232  2.0000000000000002e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3965  two component transcriptional regulator  58.82 
 
 		 220 aa  232  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.702893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5019  two component transcriptional regulator  58.57 
 
 		 221 aa  230  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14757  normal  0.102893 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3404  response regulator transcription regulator protein  60.77 
 
 		 221 aa  229  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0688  two component transcriptional regulator  56.31 
 
 		 220 aa  229  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1765  DNA-binding response regulator  59.71 
 
 		 255 aa  229  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.003723  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.33 
 
 		 221 aa  228  3e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4873  two component transcriptional regulator  58.74 
 
 		 220 aa  228  4e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00274413  hitchhiker  0.0000000776703 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4356  two component transcriptional regulator  58.74 
 
 		 220 aa  228  4e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00111042  unclonable  0.00000437588 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1597  two component transcriptional regulator  59.62 
 
 		 224 aa  228  5e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4924  two component transcriptional regulator  59.22 
 
 		 220 aa  227  8e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000483234  normal  0.0512749 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5363  two component transcriptional regulator  59.22 
 
 		 220 aa  227  8e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00637832  normal  0.125402 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3443  two component transcriptional regulator  59.22 
 
 		 220 aa  227  8e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0448196  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3626  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.85 
 
 		 221 aa  226  1e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6335  two component transcriptional regulator  54.55 
 
 		 223 aa  227  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.923263 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3691  two component transcriptional regulator  58.74 
 
 		 220 aa  226  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000843383  normal  0.576087 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2328  two component transcriptional regulator  53.85 
 
 		 227 aa  225  3e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.117296 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0768  two component transcriptional regulator  58.74 
 
 		 220 aa  225  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00104047  hitchhiker  0.00200685 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0503  two component transcriptional regulator  53.81 
 
 		 227 aa  224  5.0000000000000005e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1894  DNA-binding response regulator  55.12 
 
 		 220 aa  224  6e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0830  DNA-binding response regulator  58.74 
 
 		 220 aa  224  9e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0346205  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0866  DNA-binding response regulator  58.74 
 
 		 220 aa  224  9e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.775386  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2208  response regulator protein  58.74 
 
 		 220 aa  224  9e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000167641  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0050  DNA-binding response regulator  58.74 
 
 		 220 aa  224  9e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000526726  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1570  DNA-binding response regulator  58.74 
 
 		 220 aa  224  9e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00189564  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1535  two component transcriptional regulator  53.37 
 
 		 222 aa  223  1e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0958  DNA-binding response regulator  58.74 
 
 		 220 aa  223  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000129968  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4177  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.46 
 
 		 223 aa  221  4e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.622163  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3511  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  55.61 
 
 		 220 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1183  two component transcriptional regulator  53.85 
 
 		 228 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3550  two component transcriptional regulator  54.9 
 
 		 227 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0188344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3293  two component transcriptional regulator  49.04 
 
 		 221 aa  219  3e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0136  two component transcriptional regulator  55.07 
 
 		 220 aa  218  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.259962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5866  two component transcriptional regulator  52.38 
 
 		 221 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6226  two component transcriptional regulator  52.15 
 
 		 221 aa  218  5e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  53.92 
 
 		 220 aa  218  6e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1939  DNA-binding response regulator  59.05 
 
 		 221 aa  217  8.999999999999998e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3792  two component transcriptional regulator  54.41 
 
 		 227 aa  217  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.358087  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2598  two component transcriptional regulator  55.98 
 
 		 221 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.458585  normal  0.0460703 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0224  two component transcriptional regulator  52.71 
 
 		 221 aa  216  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0104787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4760  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.94 
 
 		 227 aa  215  5e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176778  hitchhiker  0.0056462 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1287  two component transcriptional regulator  53.2 
 
 		 221 aa  213  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00449543  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4983  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.34 
 
 		 218 aa  213  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308886  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3217  two component transcriptional regulator  53.2 
 
 		 221 aa  213  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164246  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4225  winged helix family two component transcriptional regulator  53.43 
 
 		 227 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0675  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.97 
 
 		 219 aa  211  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>