More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4225 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4225  winged helix family two component transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1638  two component transcriptional regulator  99.12 
 
 		 227 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3792  two component transcriptional regulator  98.68 
 
 		 227 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.358087  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3550  two component transcriptional regulator  94.71 
 
 		 227 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0188344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3935  two component transcriptional regulator  79.91 
 
 		 226 aa  333  2e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.646675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32580  two-component response regulator  78.76 
 
 		 226 aa  330  8e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.16072 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2759  two-component response regulator  78.32 
 
 		 226 aa  330  1e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358049  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4239  two component transcriptional regulator  63.13 
 
 		 220 aa  275  3e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0202421  normal  0.361244 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2596  two component transcriptional regulator  61.99 
 
 		 233 aa  269  2.9999999999999997e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.606495  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2791  two component transcriptional regulator  66.06 
 
 		 221 aa  247  1e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5497  DNA-binding response regulator  55.14 
 
 		 221 aa  229  3e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1358  two component transcriptional regulator  55.3 
 
 		 222 aa  227  1e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.42964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63150  two-component response regulator  54.67 
 
 		 221 aa  226  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.388672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  53 
 
 		 220 aa  222  3e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2384  two component transcriptional regulator  55.3 
 
 		 222 aa  221  4.9999999999999996e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00270522  hitchhiker  0.0000210023 
 
 
-
 
NC_003296  RS02110  two-component response regulator transcription regulator protein  49.58 
 
 		 246 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  51.83 
 
 		 218 aa  217  8.999999999999998e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  52.34 
 
 		 220 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  51.87 
 
 		 220 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.34 
 
 		 220 aa  216  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  50 
 
 		 232 aa  216  2e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  51.87 
 
 		 220 aa  215  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4829  DNA-binding response regulator  50.22 
 
 		 235 aa  215  4e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00101292  normal  0.0130353 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0136  two component transcriptional regulator  51.39 
 
 		 220 aa  215  5e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.259962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2431  two component transcriptional regulator  53.67 
 
 		 225 aa  215  5e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.806059  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  49.54 
 
 		 223 aa  214  8e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1414  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.92 
 
 		 225 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  51.87 
 
 		 220 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  51.87 
 
 		 220 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  50.47 
 
 		 220 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0675  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.23 
 
 		 219 aa  211  9e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3362  DNA-binding transcriptional regulator QseB  49.77 
 
 		 219 aa  210  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3528  DNA-binding transcriptional regulator QseB  49.77 
 
 		 219 aa  210  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3358  DNA-binding transcriptional regulator QseB  49.77 
 
 		 219 aa  210  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3433  DNA-binding transcriptional regulator QseB  49.77 
 
 		 219 aa  210  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3427  DNA-binding transcriptional regulator QseB  49.77 
 
 		 219 aa  210  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  0.844658 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4863  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.35 
 
 		 244 aa  209  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.494797 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3786  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.35 
 
 		 279 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.898509  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02897  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with QseC  49.77 
 
 		 219 aa  209  3e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203771  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3314  DNA-binding transcriptional regulator QseB  49.77 
 
 		 219 aa  209  3e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.11461 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02847  hypothetical protein  49.77 
 
 		 219 aa  209  3e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.196232  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0672  DNA-binding transcriptional regulator QseB  49.77 
 
 		 219 aa  209  3e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.033173 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3459  DNA-binding transcriptional regulator QseB  49.77 
 
 		 219 aa  209  3e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.469494  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4334  DNA-binding transcriptional regulator QseB  49.77 
 
 		 219 aa  209  4e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  50.93 
 
 		 219 aa  208  6e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3203  DNA-binding transcriptional regulator QseB  49.77 
 
 		 219 aa  208  7e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5798  winged helix family two component transcriptional regulator  49.35 
 
 		 242 aa  208  7e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0751826 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1939  DNA-binding response regulator  53.85 
 
 		 221 aa  207  8e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  50.47 
 
 		 219 aa  207  8e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.4 
 
 		 219 aa  207  9e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4243  response regulator receiver  52.75 
 
 		 219 aa  207  9e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.376113 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3429  DNA-binding transcriptional regulator QseB  48.85 
 
 		 219 aa  207  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  49.53 
 
 		 219 aa  206  3e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2665  two component transcriptional regulator  53.74 
 
 		 220 aa  205  4e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2076  OmpR family two-component transcriptional regulator  45.87 
 
 		 224 aa  205  5e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000231542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3607  DNA-binding transcriptional regulator BasR  47.69 
 
 		 220 aa  205  5e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000202279  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1783  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 220 aa  205  5e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3980  DNA-binding transcriptional regulator BasR  47.69 
 
 		 220 aa  205  5e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000564215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3741  DNA-binding transcriptional regulator BasR  47.69 
 
 		 220 aa  205  5e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3430  transcriptional regulator  50.91 
 
 		 221 aa  205  6e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6233  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 220 aa  204  7e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  52.34 
 
 		 220 aa  204  8e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3075  two component transcriptional regulator  50.91 
 
 		 220 aa  204  8e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0867071  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0680  two component transcriptional regulator  52.34 
 
 		 225 aa  204  8e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.982653 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0308  DNA-binding response regulator  53.74 
 
 		 220 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2437  DNA-binding response regulator  53.74 
 
 		 220 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0845  DNA-binding response regulator  53.74 
 
 		 220 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0051  DNA-binding response regulator  53.74 
 
 		 220 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0850  DNA-binding response regulator  53.74 
 
 		 220 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  49.08 
 
 		 220 aa  203  2e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4177  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.87 
 
 		 223 aa  203  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.622163  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0692  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 224 aa  202  3e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.478389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5949  two component transcriptional regulator  52.8 
 
 		 224 aa  202  4e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4906  two component transcriptional regulator  53.21 
 
 		 219 aa  202  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.293577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2647  two component transcriptional regulator  52.8 
 
 		 224 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0673  DNA-binding response regulator  54.25 
 
 		 241 aa  202  5e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2618  two component transcriptional regulator  52.8 
 
 		 220 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0210  DNA-binding response regulator  46.61 
 
 		 225 aa  201  5e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1255  hypothetical protein  49 
 
 		 225 aa  201  6e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1254  hypothetical protein  49 
 
 		 225 aa  201  6e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4141  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.46 
 
 		 220 aa  201  8e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0124  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.46 
 
 		 220 aa  201  8e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.804654  normal  0.0356027 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0603  DNA-binding response regulator  53.77 
 
 		 283 aa  201  8e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4359  two component transcriptional regulator  53.67 
 
 		 219 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.133421  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2384  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.2 
 
 		 219 aa  199  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23421  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2754  two-component system response regulator  49.55 
 
 		 225 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.864218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5326  two component transcriptional regulator  47.14 
 
 		 235 aa  198  6e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3871  two component transcriptional regulator  50.9 
 
 		 230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  47.75 
 
 		 221 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1535  two component transcriptional regulator  50.46 
 
 		 222 aa  196  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2197  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.07 
 
 		 219 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3490  DNA-binding transcriptional regulator QseB  48.39 
 
 		 215 aa  196  3e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0277  two component transcriptional regulator  48.9 
 
 		 235 aa  195  4.0000000000000005e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.344057 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2538  two component transcriptional regulator  53.43 
 
 		 210 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.322532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4873  two component transcriptional regulator  48.85 
 
 		 220 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00274413  hitchhiker  0.0000000776703 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4356  two component transcriptional regulator  48.85 
 
 		 220 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00111042  unclonable  0.00000437588 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3691  two component transcriptional regulator  48.85 
 
 		 220 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000843383  normal  0.576087 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1337  two component transcriptional regulator  47.27 
 
 		 249 aa  194  9e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.257065  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1765  DNA-binding response regulator  49.31 
 
 		 255 aa  194  9e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.003723  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0876  two component transcriptional regulator  47.93 
 
 		 224 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.478428 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>