More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4829 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4829  DNA-binding response regulator  100 
 
 		 235 aa  466  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00101292  normal  0.0130353 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1337  two component transcriptional regulator  76.36 
 
 		 249 aa  333  2e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.257065  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2754  two-component system response regulator  60.81 
 
 		 225 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.864218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  55.09 
 
 		 218 aa  228  5e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2596  two component transcriptional regulator  50.85 
 
 		 233 aa  221  7e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.606495  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4177  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.68 
 
 		 223 aa  220  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.622163  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4239  two component transcriptional regulator  53 
 
 		 220 aa  215  4e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0202421  normal  0.361244 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4225  winged helix family two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 227 aa  215  5e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3792  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 227 aa  214  9e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.358087  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2076  OmpR family two-component transcriptional regulator  49.07 
 
 		 224 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000231542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0692  two component transcriptional regulator  49.07 
 
 		 224 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.478389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3550  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 227 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0188344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1535  two component transcriptional regulator  51.85 
 
 		 222 aa  211  7.999999999999999e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3362  DNA-binding transcriptional regulator QseB  49.77 
 
 		 219 aa  211  9e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3427  DNA-binding transcriptional regulator QseB  49.77 
 
 		 219 aa  211  9e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  0.844658 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3358  DNA-binding transcriptional regulator QseB  49.77 
 
 		 219 aa  211  9e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3433  DNA-binding transcriptional regulator QseB  49.77 
 
 		 219 aa  211  9e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3528  DNA-binding transcriptional regulator QseB  49.77 
 
 		 219 aa  211  9e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  49.54 
 
 		 219 aa  211  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.87 
 
 		 219 aa  209  2e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  52.8 
 
 		 220 aa  209  3e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0675  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.39 
 
 		 219 aa  209  4e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1638  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 227 aa  208  6e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  51.85 
 
 		 221 aa  208  6e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3459  DNA-binding transcriptional regulator QseB  48.39 
 
 		 219 aa  207  8e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.469494  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02897  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with QseC  48.39 
 
 		 219 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203771  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0672  DNA-binding transcriptional regulator QseB  48.39 
 
 		 219 aa  207  1e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.033173 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3314  DNA-binding transcriptional regulator QseB  48.39 
 
 		 219 aa  207  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.11461 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02847  hypothetical protein  48.39 
 
 		 219 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.196232  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3203  DNA-binding transcriptional regulator QseB  48.39 
 
 		 219 aa  206  2e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  51.4 
 
 		 220 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0503  two component transcriptional regulator  51.39 
 
 		 227 aa  206  3e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4334  DNA-binding transcriptional regulator QseB  47.93 
 
 		 219 aa  205  4e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3429  DNA-binding transcriptional regulator QseB  49.31 
 
 		 219 aa  205  6e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4240  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.61 
 
 		 220 aa  204  1e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.971314  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3011  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 221 aa  204  1e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  49.07 
 
 		 220 aa  203  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4530  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.61 
 
 		 220 aa  202  3e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0698088  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6335  two component transcriptional regulator  50.46 
 
 		 223 aa  202  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.923263 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5497  DNA-binding response regulator  49.53 
 
 		 221 aa  202  5e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 220 aa  201  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  50 
 
 		 220 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3990  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 220 aa  201  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.300119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63150  two-component response regulator  49.53 
 
 		 221 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.388672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.54 
 
 		 220 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  50.47 
 
 		 220 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  49.53 
 
 		 220 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  44.95 
 
 		 232 aa  196  3e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0439  two component transcriptional regulator  47.25 
 
 		 253 aa  196  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0649  two component transcriptional regulator  47.25 
 
 		 252 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0136  two component transcriptional regulator  48.15 
 
 		 220 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.259962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0498  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 223 aa  195  4.0000000000000005e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00313695 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0575  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 224 aa  195  5.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.21251 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  48.6 
 
 		 219 aa  195  5.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  44.95 
 
 		 223 aa  195  6e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  48.61 
 
 		 219 aa  194  8.000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  48.61 
 
 		 220 aa  194  9e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5197  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.64 
 
 		 223 aa  194  9e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.47869  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.79 
 
 		 260 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0174877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0670  two component transcriptional regulator  47.25 
 
 		 266 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.293028 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1783  two component transcriptional regulator  49.54 
 
 		 220 aa  194  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2042  two component transcriptional regulator  46.79 
 
 		 282 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0143055  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2700  two component transcriptional regulator  46.79 
 
 		 282 aa  193  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.469389  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0429  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  47.25 
 
 		 223 aa  193  2e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.199286  decreased coverage  0.000258733 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5980  two component transcriptional regulator  47.25 
 
 		 273 aa  193  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0635726 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0933  two component transcriptional regulator  51.1 
 
 		 253 aa  193  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2682  two component transcriptional regulator  46.79 
 
 		 242 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0465  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 		 229 aa  193  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0813  DNA-binding response regulator  46.79 
 
 		 247 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0618873  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0809  DNA-binding response regulator  46.79 
 
 		 247 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2653  two component transcriptional regulator  46.79 
 
 		 242 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2574  two component transcriptional regulator  46.79 
 
 		 242 aa  193  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0526  two component transcriptional regulator  45.95 
 
 		 229 aa  192  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0788787  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0124  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.54 
 
 		 220 aa  192  4e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.804654  normal  0.0356027 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0076  two component transcriptional regulator  45.87 
 
 		 223 aa  192  4e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.225452 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0271  DNA-binding response regulator  46.79 
 
 		 247 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3490  DNA-binding transcriptional regulator QseB  46.08 
 
 		 215 aa  192  5e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5866  two component transcriptional regulator  49.07 
 
 		 221 aa  192  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0018  DNA-binding response regulator  46.79 
 
 		 247 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2671  DNA-binding response regulator  46.79 
 
 		 247 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.84234  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2405  DNA-binding response regulator  46.79 
 
 		 250 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0552978  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  49.54 
 
 		 220 aa  191  6e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6226  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 221 aa  191  6e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4632  two component transcriptional regulator  52.23 
 
 		 239 aa  191  9e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.920872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0845  DNA-binding response regulator  50.93 
 
 		 220 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0308  DNA-binding response regulator  50.93 
 
 		 220 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0210  DNA-binding response regulator  45.87 
 
 		 225 aa  191  1e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0642  DNA-binding response regulator  46.79 
 
 		 291 aa  190  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.743353  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0051  DNA-binding response regulator  50.93 
 
 		 220 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0850  DNA-binding response regulator  50.93 
 
 		 220 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2437  DNA-binding response regulator  50.93 
 
 		 220 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0277  two component transcriptional regulator  48.46 
 
 		 235 aa  189  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.344057 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2384  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.3 
 
 		 219 aa  190  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23421  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5326  two component transcriptional regulator  45.02 
 
 		 235 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0673  DNA-binding response regulator  51.4 
 
 		 241 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0680  two component transcriptional regulator  49.54 
 
 		 225 aa  189  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.982653 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4638  two component transcriptional regulator  46.43 
 
 		 224 aa  189  4e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.83 
 
 		 220 aa  188  5.999999999999999e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.904967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2032  DNA-binding response regulator  45.83 
 
 		 220 aa  188  5.999999999999999e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0270369  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0310  DNA-binding transcriptional regulator BasR  45.37 
 
 		 232 aa  188  7e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0214332  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>