More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4240 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_4240  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 220 aa  442  1e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.971314  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4530  two component transcriptional regulator, winged helix family  97.27 
 
 		 220 aa  388  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0698088  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4177  two component transcriptional regulator, winged helix family  78.8 
 
 		 223 aa  352  2e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.622163  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3990  two component transcriptional regulator  76.61 
 
 		 220 aa  329  2e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.300119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3427  DNA-binding transcriptional regulator QseB  71.69 
 
 		 219 aa  323  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  0.844658 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3358  DNA-binding transcriptional regulator QseB  71.69 
 
 		 219 aa  323  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3362  DNA-binding transcriptional regulator QseB  71.69 
 
 		 219 aa  323  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3528  DNA-binding transcriptional regulator QseB  71.69 
 
 		 219 aa  323  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3433  DNA-binding transcriptional regulator QseB  71.69 
 
 		 219 aa  323  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3429  DNA-binding transcriptional regulator QseB  71.23 
 
 		 219 aa  323  2e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3459  DNA-binding transcriptional regulator QseB  69.72 
 
 		 219 aa  318  3e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.469494  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4334  DNA-binding transcriptional regulator QseB  69.72 
 
 		 219 aa  318  6e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0675  two component transcriptional regulator, winged helix family  69.27 
 
 		 219 aa  317  1e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02897  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with QseC  69.27 
 
 		 219 aa  315  3e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203771  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0672  DNA-binding transcriptional regulator QseB  69.27 
 
 		 219 aa  315  3e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.033173 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3314  DNA-binding transcriptional regulator QseB  69.27 
 
 		 219 aa  315  3e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.11461 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02847  hypothetical protein  69.27 
 
 		 219 aa  315  3e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.196232  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3203  DNA-binding transcriptional regulator QseB  68.81 
 
 		 219 aa  314  8e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3490  DNA-binding transcriptional regulator QseB  67.43 
 
 		 215 aa  301  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1535  two component transcriptional regulator  56.02 
 
 		 222 aa  246  1e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2754  two-component system response regulator  54.75 
 
 		 225 aa  240  1e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.864218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2076  OmpR family two-component transcriptional regulator  53.67 
 
 		 224 aa  239  2e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000231542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.24 
 
 		 220 aa  239  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0692  two component transcriptional regulator  53.7 
 
 		 224 aa  239  2.9999999999999997e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.478389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0503  two component transcriptional regulator  54.05 
 
 		 227 aa  238  4e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  56.28 
 
 		 220 aa  236  2e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5326  two component transcriptional regulator  51.77 
 
 		 235 aa  235  4e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  52.31 
 
 		 220 aa  234  7e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6335  two component transcriptional regulator  54.63 
 
 		 223 aa  232  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.923263 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  53.7 
 
 		 218 aa  231  5e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  52.31 
 
 		 220 aa  228  4e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2624  two component transcriptional regulator  54.33 
 
 		 239 aa  228  5e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0575  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.17 
 
 		 224 aa  228  7e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.21251 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5497  DNA-binding response regulator  54.21 
 
 		 221 aa  226  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0845  DNA-binding response regulator  53.7 
 
 		 220 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0308  DNA-binding response regulator  53.7 
 
 		 220 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0850  DNA-binding response regulator  53.7 
 
 		 220 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63150  two-component response regulator  53.74 
 
 		 221 aa  223  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.388672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2437  DNA-binding response regulator  53.7 
 
 		 220 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0680  two component transcriptional regulator  52.78 
 
 		 225 aa  224  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.982653 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0051  DNA-binding response regulator  53.7 
 
 		 220 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6226  two component transcriptional regulator  52.31 
 
 		 221 aa  223  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2618  two component transcriptional regulator  53.24 
 
 		 220 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5949  two component transcriptional regulator  53.24 
 
 		 224 aa  223  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3011  two component transcriptional regulator  53.92 
 
 		 221 aa  222  3e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2647  two component transcriptional regulator  53.24 
 
 		 224 aa  222  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2665  two component transcriptional regulator  52.78 
 
 		 220 aa  222  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2384  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.86 
 
 		 219 aa  222  3e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23421  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1337  two component transcriptional regulator  52.97 
 
 		 249 aa  221  4.9999999999999996e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.257065  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0673  DNA-binding response regulator  53.74 
 
 		 241 aa  221  7e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  49.07 
 
 		 220 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  45.41 
 
 		 232 aa  220  9.999999999999999e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  50.93 
 
 		 221 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  45.41 
 
 		 223 aa  219  1.9999999999999999e-56  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4829  DNA-binding response regulator  51.61 
 
 		 235 aa  219  3e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00101292  normal  0.0130353 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  48.4 
 
 		 219 aa  219  3.9999999999999997e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0603  DNA-binding response regulator  53.27 
 
 		 283 aa  218  5e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 219 aa  218  5e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5866  two component transcriptional regulator  51.85 
 
 		 221 aa  218  6e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3550  two component transcriptional regulator  51.14 
 
 		 227 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0188344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 220 aa  217  1e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  49.07 
 
 		 220 aa  215  5e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5798  winged helix family two component transcriptional regulator  48.43 
 
 		 242 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0751826 
 
 
-
 
NC_003296  RS02110  two-component response regulator transcription regulator protein  48.44 
 
 		 246 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  48.61 
 
 		 220 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6233  two component transcriptional regulator  48.4 
 
 		 220 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3792  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 227 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.358087  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  48.61 
 
 		 220 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  48.61 
 
 		 220 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1255  hypothetical protein  47.78 
 
 		 225 aa  212  2.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1254  hypothetical protein  47.78 
 
 		 225 aa  212  2.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3786  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.12 
 
 		 279 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.898509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4863  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.12 
 
 		 244 aa  212  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.494797 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1783  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 220 aa  212  3.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2596  two component transcriptional regulator  49.31 
 
 		 233 aa  212  4.9999999999999996e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.606495  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  48.15 
 
 		 219 aa  211  7.999999999999999e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.03 
 
 		 219 aa  210  1e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0277  two component transcriptional regulator  47.6 
 
 		 235 aa  208  5e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.344057 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2032  DNA-binding response regulator  45.45 
 
 		 220 aa  207  8e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0270369  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.45 
 
 		 220 aa  207  8e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.904967  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4225  winged helix family two component transcriptional regulator  49.32 
 
 		 227 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1894  DNA-binding response regulator  49.07 
 
 		 220 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0688  two component transcriptional regulator  45.83 
 
 		 220 aa  206  2e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2538  two component transcriptional regulator  50.97 
 
 		 210 aa  205  4e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.322532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3964  two component transcriptional regulator  50.46 
 
 		 219 aa  205  4e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003617  DNA-binding response regulator  45.83 
 
 		 218 aa  205  5e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.831618  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0136  two component transcriptional regulator  47.2 
 
 		 220 aa  204  6e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.259962  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1939  DNA-binding response regulator  52.04 
 
 		 221 aa  203  1e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2190  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 219 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3901  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  45.05 
 
 		 225 aa  202  4e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4239  two component transcriptional regulator  47.27 
 
 		 220 aa  202  5e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0202421  normal  0.361244 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2066  two component transcriptional regulator QseB  46.12 
 
 		 223 aa  201  8e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3004  two component transcriptional regulator  43.32 
 
 		 221 aa  201  8e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4039  winged helix family two component transcriptional regulator  43.32 
 
 		 221 aa  201  8e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4978  winged helix family two component transcriptional regulator  43.32 
 
 		 221 aa  201  8e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.140502  normal  0.541541 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2197  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.83 
 
 		 219 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1638  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 227 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2298  two component transcriptional regulator  44.24 
 
 		 221 aa  199  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4760  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.51 
 
 		 227 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176778  hitchhiker  0.0056462 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4356  two component transcriptional regulator  47.25 
 
 		 220 aa  199  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00111042  unclonable  0.00000437588 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>