More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1535 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_1535  two component transcriptional regulator  100 
 
 
222 aa  434  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0503  two component transcriptional regulator  78.08 
 
 
227 aa  331  5e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6226  two component transcriptional regulator  75.69 
 
 
221 aa  328  6e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344594  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6335  two component transcriptional regulator  74.77 
 
 
223 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.923263 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5866  two component transcriptional regulator  74.31 
 
 
221 aa  323  1e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0575  two component transcriptional regulator, winged helix family  72.94 
 
 
224 aa  314  8e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.21251 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2624  two component transcriptional regulator  75 
 
 
239 aa  298  3e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3011  two component transcriptional regulator  70.18 
 
 
221 aa  293  1e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  62.79 
 
 
220 aa  264  7e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  54.55 
 
 
232 aa  251  5.000000000000001e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  54.09 
 
 
223 aa  249  2e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  55.5 
 
 
220 aa  243  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.5 
 
 
220 aa  243  9.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  56.16 
 
 
219 aa  242  3e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  55.96 
 
 
218 aa  242  3.9999999999999997e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  55.05 
 
 
220 aa  236  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63150  two-component response regulator  57.48 
 
 
221 aa  236  2e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.388672  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5497  DNA-binding response regulator  57.94 
 
 
221 aa  234  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0675  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.7 
 
 
219 aa  234  7e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5326  two component transcriptional regulator  53.51 
 
 
235 aa  234  7e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3429  DNA-binding transcriptional regulator QseB  54.17 
 
 
219 aa  233  1.0000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3459  DNA-binding transcriptional regulator QseB  53.24 
 
 
219 aa  232  3e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.469494  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02897  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with QseC  53.24 
 
 
219 aa  232  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203771  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4334  DNA-binding transcriptional regulator QseB  53.24 
 
 
219 aa  232  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3314  DNA-binding transcriptional regulator QseB  53.24 
 
 
219 aa  232  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.11461 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0672  DNA-binding transcriptional regulator QseB  53.24 
 
 
219 aa  232  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.033173 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02847  hypothetical protein  53.24 
 
 
219 aa  232  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.196232  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  56.02 
 
 
220 aa  231  6e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3203  DNA-binding transcriptional regulator QseB  52.78 
 
 
219 aa  230  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4177  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.7 
 
 
223 aa  229  2e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.622163  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.79 
 
 
219 aa  229  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2384  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.42 
 
 
219 aa  228  4e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23421  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1255  hypothetical protein  50.72 
 
 
225 aa  229  4e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1254  hypothetical protein  50.72 
 
 
225 aa  229  4e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5798  winged helix family two component transcriptional regulator  53.36 
 
 
242 aa  228  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0751826 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1765  DNA-binding response regulator  57.08 
 
 
255 aa  227  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.003723  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2665  two component transcriptional regulator  54.59 
 
 
220 aa  226  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4873  two component transcriptional regulator  55.25 
 
 
220 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00274413  hitchhiker  0.0000000776703 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3362  DNA-binding transcriptional regulator QseB  51.85 
 
 
219 aa  225  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3528  DNA-binding transcriptional regulator QseB  51.85 
 
 
219 aa  225  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3427  DNA-binding transcriptional regulator QseB  51.85 
 
 
219 aa  225  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  0.844658 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0680  two component transcriptional regulator  53.67 
 
 
225 aa  226  3e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.982653 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  52.75 
 
 
219 aa  226  3e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3433  DNA-binding transcriptional regulator QseB  51.85 
 
 
219 aa  225  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4356  two component transcriptional regulator  55.25 
 
 
220 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00111042  unclonable  0.00000437588 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3358  DNA-binding transcriptional regulator QseB  51.85 
 
 
219 aa  225  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2618  two component transcriptional regulator  54.13 
 
 
220 aa  225  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2647  two component transcriptional regulator  54.13 
 
 
224 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0051  DNA-binding response regulator  54.13 
 
 
220 aa  224  6e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0308  DNA-binding response regulator  54.13 
 
 
220 aa  224  6e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0850  DNA-binding response regulator  54.13 
 
 
220 aa  224  6e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5949  two component transcriptional regulator  54.13 
 
 
224 aa  224  6e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2437  DNA-binding response regulator  54.13 
 
 
220 aa  224  6e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0845  DNA-binding response regulator  54.13 
 
 
220 aa  224  6e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  50.46 
 
 
220 aa  224  8e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02110  two-component response regulator transcription regulator protein  50.22 
 
 
246 aa  224  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4240  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.02 
 
 
220 aa  223  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.971314  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4530  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.56 
 
 
220 aa  222  3e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0698088  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4924  two component transcriptional regulator  55.71 
 
 
220 aa  222  3e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000483234  normal  0.0512749 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5363  two component transcriptional regulator  55.71 
 
 
220 aa  222  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00637832  normal  0.125402 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3443  two component transcriptional regulator  55.71 
 
 
220 aa  222  3e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0448196  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0830  DNA-binding response regulator  56.16 
 
 
220 aa  222  4e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0346205  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0866  DNA-binding response regulator  56.16 
 
 
220 aa  222  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.775386  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2208  response regulator protein  56.16 
 
 
220 aa  222  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000167641  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0050  DNA-binding response regulator  56.16 
 
 
220 aa  222  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000526726  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2754  two-component system response regulator  55.05 
 
 
225 aa  222  4e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.864218  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0768  two component transcriptional regulator  55.71 
 
 
220 aa  222  4e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00104047  hitchhiker  0.00200685 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0958  DNA-binding response regulator  56.16 
 
 
220 aa  222  4e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000129968  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1570  DNA-binding response regulator  56.16 
 
 
220 aa  222  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00189564  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0673  DNA-binding response regulator  54.17 
 
 
241 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  52.29 
 
 
219 aa  222  4.9999999999999996e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2197  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.83 
 
 
219 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3990  two component transcriptional regulator  53.7 
 
 
220 aa  220  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.300119  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6233  two component transcriptional regulator  50.92 
 
 
220 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  51.14 
 
 
221 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3490  DNA-binding transcriptional regulator QseB  51.39 
 
 
215 aa  219  3e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0603  DNA-binding response regulator  53.7 
 
 
283 aa  219  3e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3691  two component transcriptional regulator  54.79 
 
 
220 aa  219  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000843383  normal  0.576087 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2066  two component transcriptional regulator QseB  52.29 
 
 
223 aa  219  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3786  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 
279 aa  219  3e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.898509  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3004  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 
221 aa  219  3e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4039  winged helix family two component transcriptional regulator  50.45 
 
 
221 aa  219  3e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4978  winged helix family two component transcriptional regulator  50.45 
 
 
221 aa  219  3e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.140502  normal  0.541541 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4239  two component transcriptional regulator  53.24 
 
 
220 aa  219  3.9999999999999997e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0202421  normal  0.361244 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4863  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 
244 aa  218  5e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.494797 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2190  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.67 
 
 
219 aa  217  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1228  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  47.25 
 
 
218 aa  216  2e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.169339 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 
220 aa  215  5e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1183  two component transcriptional regulator  50.46 
 
 
228 aa  215  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 
220 aa  215  5e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3901  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  46.82 
 
 
225 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  49.77 
 
 
220 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0277  two component transcriptional regulator  51.98 
 
 
235 aa  213  1.9999999999999998e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.344057 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2298  two component transcriptional regulator  47.96 
 
 
221 aa  212  2.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500017  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0136  two component transcriptional regulator  53.46 
 
 
220 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.259962  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3456  two component transcriptional regulator  53.67 
 
 
220 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.836579  normal  0.262944 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  49.31 
 
 
220 aa  211  7e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1783  two component transcriptional regulator  52.31 
 
 
220 aa  211  7e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4829  DNA-binding response regulator  51.85 
 
 
235 aa  211  7e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00101292  normal  0.0130353 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2538  two component transcriptional regulator  53.37 
 
 
210 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.322532  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>